PDB-4y1n: Oceanobacillus iheyensis group II intron domain 1 with iridium he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1n

タイトル

Oceanobacillus iheyensis group II intron domain 1 with iridium hexamine

要素

group II intron, domain 1

キーワード

rna / transferase / group II intron / domain 1 / iridium hexamine

機能・相同性

IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhao, C. / Rajashankar, K.R. / Marcia, M. / Pyle, A.M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of group II intron domain 1 reveals a template for RNA assembly.
著者: Zhao, C. / Rajashankar, K.R. / Marcia, M. / Pyle, A.M.

履歴

登録	2015年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1n.cif.gz	572.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1n.ent.gz	468.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4y1n_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y1n_full_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示
XML形式データ	4y1n_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	4y1n_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1n	HTTPS FTP

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: group II intron, domain 1

B: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

187 kDa, 2 ポリマー
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1

A: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.738, 131.200, 84.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: RNA鎖	group II intron, domain 1 分子量: 89198.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア) 参照: GenBank: 42632302
#2: 化合物	... ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION 分子量: 294.400 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₈IrN₆
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 80 mM NaCl, 24 mM KCl, 5 mM MgCl2, 40 mM NaCacodylate, 18% MPD, 8 mM spermine-4HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→44.44 Å / Num. obs: 71447 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 84.6 Å² / Net I/σ(I): 17.68
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 98.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
SHELXDE	2013/2	位相決定
PHENIX	(phenix.autosol: 1.9_1678)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→44.438 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.44 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	3578	5.01 %
R_work	0.1828	-	-
obs	0.1861	71447	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→44.438 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	10910	205	1	11116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.339	19446
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.28	6060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.0395	0.428	134	0.3716	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0395-3.0812	0.3959	135	0.3301	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0812-3.1252	0.3505	114	0.2798	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1252-3.1718	0.3374	135	0.2584	2530	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1718-3.2214	0.3192	124	0.2335	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2214-3.2742	0.3029	143	0.226	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2742-3.3306	0.2964	151	0.2201	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3306-3.3911	0.2842	124	0.2146	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3911-3.4563	0.307	116	0.1973	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4563-3.5269	0.2568	153	0.1996	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5269-3.6035	0.2545	136	0.1876	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6035-3.6873	0.2654	169	0.1871	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6873-3.7795	0.2517	169	0.1715	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7795-3.8816	0.2934	133	0.1833	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8816-3.9958	0.2592	149	0.1757	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9958-4.1246	0.2437	109	0.1643	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1246-4.2719	0.2338	117	0.1594	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2719-4.4428	0.2595	137	0.1633	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4428-4.6448	0.2217	140	0.1617	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6448-4.8894	0.2382	123	0.1538	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8894-5.1953	0.2083	152	0.1557	2566	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1953-5.5958	0.227	127	0.1444	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5958-6.1576	0.2174	128	0.1563	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1576-7.0455	0.2016	144	0.1719	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0455-8.8651	0.2277	140	0.1888	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
8.8651-44.4431	0.2227	176	0.1955	2555	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0314	0.1021	-0.1899	0.0952	0.1156	-0.0077	-0.4449	0.0058	-0.0217	0.6599	0.2026	0.4844	0.4334	0.3884	-0.0296	1.1424	0.1203	0.2375	0.6794	0.0276	0.8589	-14.7158	-60.4879	-60.0105
2	1.0913	-0.8272	-0.0278	1.3085	0.6715	0.6957	-0.419	-0.209	0.1768	0.4126	0.4031	-0.1844	0.1668	0.1358	0.0003	0.6757	0.0956	-0.1038	0.6519	0.005	0.5542	-32.2275	-31.9311	-43.2576
3	0.823	0.471	1.0131	0.4746	-0.0033	0.8099	-0.3403	-0.0364	0.5142	-0.1841	0.0912	0.0269	-0.1707	0.1516	-0	0.6006	-0.0209	-0.1346	0.7661	-0.117	0.9275	9.9513	-41.8095	-71.5109
4	0.0477	-0.6069	0.0809	1.246	0.3348	0.6141	0.1607	0.312	-0.1802	-0.2435	-0.185	-0.245	0.3676	0.5101	0.0108	0.4793	-0	0.099	0.7433	0.0116	0.499	-34.3667	-39.2217	-75.3445
5	-0.3593	-0.7066	0.4612	-0.2243	0.507	1.0308	0.0267	0.1394	0.3205	0.049	-0.0977	-0.1649	-0.118	0.3053	0	0.6652	0.006	0.0612	0.7329	0.152	0.7173	-35.9277	-22.3159	-73.0756
6	1.1314	-0.1128	-0.024	-0.692	0.0929	0.0725	-0.1167	0.1939	0.1498	0.1326	-0.0349	-0.0368	-0.1634	0.0609	0.0001	0.701	-0.0416	-0.0194	0.5977	0.1254	0.5807	-41.4073	-25.2338	-68.7905
7	1.1467	-1.0218	0.3696	-0.2184	0.3167	0.6165	-0.7156	-0.2451	-0.3057	0.2992	0.3905	0.3129	0.5692	0.5119	-0.0293	0.8151	-0.0558	0.0924	0.2922	0.0486	0.6943	-12.4996	-58.4475	-63.8515
8	0.4633	-0.5142	-0.4394	0.1354	0.2812	-0.7736	0.2068	-0.3087	-0.242	-0.0613	-0.5182	-0.3162	0.261	0.8136	-0.0074	0.6363	-0.0719	-0.1224	0.8689	-0.0771	0.5184	10.0237	-41.9863	-28.7965
9	-0.6835	-0.8724	0.123	1.6081	0.2626	1.0096	0.3117	0.0558	0.0354	-0.3812	-0.2383	0.3965	0.0693	0.108	-0.0003	0.5784	0.0109	-0.136	0.7219	-0.0552	0.7494	-0.5457	-19.0344	-47.0002
10	-0.7693	0.0142	-0.0946	0.8751	0.3583	-0.1484	0.1548	0.0654	0.2938	0.1543	0.1203	0.4296	-0.0792	-0.2994	0.0005	0.6838	-0.1391	-0.0906	0.7134	0.0983	0.7853	-11.4685	-52.9048	-22.0153
11	-0.1142	0.497	0.5088	-0.0112	0.3068	0.4032	0.0577	-0.0491	-0.3301	0.5113	0.0049	0.0661	0.2275	-0.0254	-0.0003	1.0074	0.1081	0.0127	0.6647	0.0022	0.7266	7.2675	-18.4681	-9.1921
12	0.2217	-0.4474	-0.2532	0.9923	0.4693	-0.0095	-0.039	-0.3077	0.3713	0.5061	-0.0139	-0.3029	0.9142	-0.8545	-0.0352	0.9426	-0.2459	0.3158	0.9615	0.0693	0.5463	-10.5777	-7.4345	-3.7769
13	0.5569	-0.3373	-0.1136	0.4511	1.2064	0.2491	-0.1693	-0.3435	0.1347	0.0926	-0.0515	0.2207	-0.0834	-0.1933	-0.1267	0.6392	-0.0194	0.0535	0.8163	-0.0434	0.8101	-12.6362	-6.0238	-29.2628
14	1.1152	0.2032	0.2234	1.166	0.609	0.3813	-0.0421	-0.407	0.0334	0.0094	-0.3864	0.544	0.3766	-0.1944	-1.0843	0.6666	-0.1469	0.1277	0.8131	-0.2444	0.7956	-19.1588	-1.5742	-11.708
15	0.1982	-0.2667	0.2059	0.4078	0.6692	-0.2104	-0.1148	-0.1238	-0.158	0.2904	0.1852	-0.124	0.6458	0.1297	0.0002	0.7342	0.0077	0.0469	0.5595	-0.0429	0.663	9.9848	-14.4229	-22.4984
16	-0.6273	-0.2837	0.0034	0.1548	0.1505	0.4576	0.1062	0.0205	-0.1371	-0.0266	-0.1206	0.3	0.4559	-0.3146	-0.0001	0.7597	-0.0079	-0.0117	0.8183	-0.0313	0.7003	12.9143	-46.9061	-23.1301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 113 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 114 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 186 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 187 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 246 through 270 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -3 through 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 25 through 78 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 79 through 120 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 121 through 144 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 145 through 160 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 161 through 208 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 209 through 224 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 225 through 246 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 247 through 270 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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