PDB-4y1g: SAV1875-E17N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1g

タイトル

SAV1875-E17N

要素

Uncharacterized protein SAV1875

キーワード

HYDROLASE / DJ-1/PFPI/THIJ FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional insight into the different oxidation states of SAV1875 from Staphylococcus aureus
著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

履歴

登録	2015年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1g.cif.gz	142.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1g.ent.gz	112.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y1g_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y1g_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	4y1g_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	4y1g_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0nSC 4y1eC 4y1fC 4y1rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y0n-d 7ckv-d 2ipm-d 5xfd-d 5ghm-d 1jk3-3 3m3c-d 3h95-1 6ili-d 1ww7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAV1875

B: Uncharacterized protein SAV1875

39.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.353, 95.647, 41.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAV1875 分子量: 19724.904 Da / 分子数: 2 / 変異: E17N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PPG400, GnCl, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 26532 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 3.202 / Net I/av σ(I): 55.051 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 251442

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	10.2	0.418	1290	0.965	0.136	0.44	1.903	100
1.93-1.97	10.1	0.351	1322	0.974	0.115	0.37	2.063	100
1.97-2.01	10.1	0.289	1310	0.978	0.095	0.304	2.2	100
2.01-2.05	10.2	0.264	1296	0.984	0.086	0.278	2.32	100
2.05-2.09	10.1	0.236	1300	0.985	0.077	0.249	2.437	99.9
2.09-2.14	10	0.196	1308	0.989	0.065	0.206	2.613	100
2.14-2.19	10	0.172	1316	0.99	0.057	0.182	2.759	99.8
2.19-2.25	10	0.156	1293	0.992	0.052	0.165	2.898	99.9
2.25-2.32	9.9	0.145	1327	0.992	0.049	0.154	2.925	100
2.32-2.39	9.9	0.134	1288	0.993	0.044	0.141	3.068	100
2.39-2.48	9.8	0.121	1336	0.995	0.041	0.128	3.269	100
2.48-2.58	9.8	0.112	1324	0.995	0.038	0.119	3.384	100
2.58-2.7	9.6	0.098	1313	0.996	0.033	0.104	3.629	100
2.7-2.84	9.5	0.091	1321	0.995	0.031	0.096	3.771	100
2.84-3.02	9.3	0.085	1336	0.996	0.029	0.09	4.022	100
3.02-3.25	8.8	0.075	1341	0.997	0.027	0.08	4.346	100
3.25-3.58	8.2	0.068	1336	0.996	0.025	0.073	4.691	100
3.58-4.09	7.9	0.063	1358	0.997	0.023	0.067	4.769	99.9
4.09-5.15	8.3	0.059	1382	0.998	0.021	0.062	4.497	99.8
5.15-40	8.2	0.052	1435	0.996	0.019	0.056	3.565	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y0N

4y0n

解像度: 1.9→34.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 6.213 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21642	1339	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18754	-	-	-
obs	0.18901	25147	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2656	0	0	46	2702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.178	1.958	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.009	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.731	25.714	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.759	15	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.135	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	90	-
R_work	0.208	1651	-
obs	-	-	98.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2931	0.1769	-0.003	0.9961	-0.3577	0.1421	0.0014	0.0596	0.1123	0.0385	0.0656	0.1273	-0.007	-0.0076	-0.0669	0.0418	0.0151	-0.0015	0.0711	0.0254	0.1046	4.321	-19.138	-17.948
2	0.2016	-0.1985	-0.1732	0.7056	0.0774	0.6526	-0.0558	0.0232	-0.0454	0.1032	0.0482	-0.0355	-0.0069	-0.0224	0.0076	0.0754	0.0186	-0.0151	0.076	0.0033	0.0546	17.811	-43.83	-6.679
3	0.3564	-0.3672	0.195	0.7573	-0.3318	0.153	-0.0291	0.054	-0.015	0.0603	0.0422	0.0311	-0.0315	-0.0001	-0.0131	0.0725	0.0071	-0.0106	0.0789	0.0294	0.0633	13.418	-33.625	-13.864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	201 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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