PDB-4y1e: SAV1875-C105D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1e

タイトル

SAV1875-C105D

要素

Uncharacterized protein SAV1875

キーワード

HYDROLASE / PFPI/THIJ FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional insight into the different oxidation states of SAV1875 from Staphylococcus aureus
著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

履歴

登録	2015年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1e.cif.gz	144.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1e.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y1e_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y1e_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	4y1e_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	4y1e_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0nC 4y1fC 4y1gC 4y1rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y1f-d 2p5q-1 5gyn-d 3mep-1 7acf-1 4otz-1 2cfs-d 1tm2-d 3re0-1 4zcd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAV1875

B: Uncharacterized protein SAV1875

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.055, 93.946, 42.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAV1875 分子量: 19735.859 Da / 分子数: 2 / 変異: C105D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein SAV1875

分子量: 19735.859 Da / 分子数: 2 / 変異: C105D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV1875 / プラスミド: pET21a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PPG400, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 31130 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 3.452 / Net I/av σ(I): 66.941 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 422814

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	13.9	0.395	1510	0.966	0.109	0.41	2.468	98.2
1.83-1.86	13.6	0.358	1544	0.974	0.099	0.371	2.584	98
1.86-1.9	13.9	0.32	1487	0.98	0.088	0.332	2.687	98.7
1.9-1.94	13.6	0.273	1545	0.986	0.076	0.284	2.902	98.7
1.94-1.98	13.6	0.236	1512	0.986	0.066	0.245	3.141	98.6
1.98-2.03	13.5	0.209	1524	0.991	0.058	0.217	3.261	98.7
2.03-2.08	13.5	0.192	1535	0.99	0.054	0.199	3.396	98.8
2.08-2.13	13.3	0.173	1545	0.992	0.049	0.18	3.517	98.8
2.13-2.2	13.4	0.152	1541	0.994	0.043	0.158	3.677	99.1
2.2-2.27	13.1	0.142	1534	0.993	0.041	0.148	3.679	98.7
2.27-2.35	13.4	0.134	1545	0.995	0.038	0.139	3.814	98.8
2.35-2.44	13.4	0.121	1543	0.995	0.034	0.126	3.891	99.5
2.44-2.55	13.4	0.113	1561	0.996	0.032	0.117	3.903	99.6
2.55-2.69	13.5	0.102	1572	0.997	0.029	0.106	4.118	99.4
2.69-2.86	13.7	0.094	1564	0.997	0.026	0.098	3.992	99.6
2.86-3.08	13.9	0.086	1572	0.997	0.024	0.089	4.116	99.7
3.08-3.39	13.9	0.074	1580	0.998	0.02	0.077	4.139	99.9
3.39-3.88	14	0.066	1613	0.998	0.018	0.068	4.011	99.8
3.88-4.88	13.9	0.056	1622	0.998	0.015	0.058	3.423	99.8
4.88-40	13.1	0.045	1681	0.999	0.013	0.047	2.248	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAV1875

解像度: 1.8→31.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.213 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21765	1574	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18463	-	-	-
obs	0.18627	29520	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2628	0	0	136	2764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.959	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.207	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.286	25.789	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.9	15	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.141	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	107	-
R_work	0.226	1867	-
obs	-	-	92.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5698	-0.2486	-0.0003	0.6372	-0.2569	0.128	-0.0208	0.0077	0.0324	0.0412	0.0343	0.003	-0.0119	-0.0057	-0.0136	0.0641	0.0098	-0.0102	0.0625	-0.0011	0.0544	4.721	-18.038	-19.155
2	0.3425	-0.4407	0.0422	0.7522	-0.1265	0.3429	-0.1288	-0.0333	-0.0116	0.1095	0.1106	-0.0342	-0.0136	-0.0344	0.0182	0.1051	0.0227	-0.0002	0.0734	-0.0079	0.0473	18.201	-40.661	-5.679
3	0.3174	-0.4032	0.1297	0.5843	-0.1604	0.1994	-0.07	-0.0155	-0.0077	0.0659	0.0743	0.0091	-0.006	-0.0126	-0.0043	0.0656	0.0069	-0.0124	0.0625	0.0103	0.057	10.44	-29.741	-14.618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	201 - 266

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