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- PDB-4y0m: The reduced form of OxyR regulatory domain from Psedomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0m
タイトルThe reduced form of OxyR regulatory domain from Psedomonas aeruginosa
要素OxyR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OxyR / peroxide / Transcription regulator / LysR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to reactive oxygen species / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of cell motility / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogen peroxide-inducible genes activator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jo, I. / Kim, J.S. / Ha, N.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural details of the OxyR peroxide-sensing mechanism
著者: Jo, I. / Chung, I.Y. / Bae, H.W. / Kim, J.S. / Song, S. / Cho, Y.H. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OxyR
B: OxyR
C: OxyR
D: OxyR
E: OxyR
F: OxyR
G: OxyR
H: OxyR
I: OxyR
J: OxyR
K: OxyR
L: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,82312
ポリマ－303,82312
非ポリマー00
水5,693316
1
A: OxyR
B: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
2
C: OxyR
D: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
3
E: OxyR
F: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
4
G: OxyR
H: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
5
I: OxyR
J: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
6
K: OxyR
L: OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6372
ポリマ－50,6372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.355, 151.355, 218.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-408-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
OxyR


分子量: 25318.561 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 88-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: oxyR, PA5344 / プラスミド: pProEx-Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTL4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl(pH8.5), 24% PEG 4k, 2mM TCEP / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 127000 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.2 % / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.888 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 6321 5.02 %
Rwork0.2167 --
obs0.2194 125942 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19167 0 0 316 19483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16626958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0337216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3004-2.32650.34192120.30453865X-RAY DIFFRACTION96
2.3265-2.35390.34072140.28863947X-RAY DIFFRACTION99
2.3539-2.38260.33811960.27983935X-RAY DIFFRACTION99
2.3826-2.41270.29352160.26553954X-RAY DIFFRACTION99
2.4127-2.44450.34412180.26743963X-RAY DIFFRACTION99
2.4445-2.4780.32922030.26873964X-RAY DIFFRACTION99
2.478-2.51340.32442000.26134007X-RAY DIFFRACTION100
2.5134-2.55090.32382020.25583942X-RAY DIFFRACTION99
2.5509-2.59070.29692040.24943983X-RAY DIFFRACTION99
2.5907-2.63320.30422020.24244000X-RAY DIFFRACTION99
2.6332-2.67860.31691870.24943975X-RAY DIFFRACTION99
2.6786-2.72730.32482220.24143996X-RAY DIFFRACTION100
2.7273-2.77970.26932220.22973962X-RAY DIFFRACTION100
2.7797-2.83640.30972230.23443989X-RAY DIFFRACTION100
2.8364-2.89810.30992140.23783985X-RAY DIFFRACTION100
2.8981-2.96550.30252040.24254039X-RAY DIFFRACTION100
2.9655-3.03960.28112290.25083948X-RAY DIFFRACTION100
3.0396-3.12180.34332100.24733992X-RAY DIFFRACTION100
3.1218-3.21360.28642200.24334013X-RAY DIFFRACTION100
3.2136-3.31720.2892090.23374022X-RAY DIFFRACTION100
3.3172-3.43570.26072080.22863995X-RAY DIFFRACTION100
3.4357-3.57320.27831900.21984013X-RAY DIFFRACTION100
3.5732-3.73570.26512100.21674045X-RAY DIFFRACTION100
3.7357-3.93240.2552290.19733992X-RAY DIFFRACTION100
3.9324-4.17850.23182150.18434025X-RAY DIFFRACTION100
4.1785-4.50070.22262160.1694039X-RAY DIFFRACTION100
4.5007-4.95270.21642210.15994024X-RAY DIFFRACTION100
4.9527-5.66730.21062190.17424039X-RAY DIFFRACTION100
5.6673-7.13240.25151890.1994099X-RAY DIFFRACTION100
7.1324-37.89340.22642170.17693869X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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