PDB-4xzv: Crystal Structure of SLMO1-TRIAP1 Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xzv

タイトル

Crystal Structure of SLMO1-TRIAP1 Complex

要素

Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
Protein slowmo homolog 1

キーワード

APOPTOSIS / lipid transport / mitochondria / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of membrane lipid distribution / phosphatidic acid transfer activity / positive regulation of phospholipid transport / phospholipid transport / phospholipid translocation / detection of maltose stimulus / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / maltose transport complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / carbohydrate transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.58 Å

データ登録者

Miliara, X. / Garnett, J.A. / Matthews, S.J.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into the TRIAP1/PRELI-like domain family of mitochondrial phospholipid transfer complexes.
著者: Miliara, X. / Garnett, J.A. / Tatsuta, T. / Abid Ali, F. / Baldie, H. / Perez-Dorado, I. / Simpson, P. / Yague, E. / Langer, T. / Matthews, S.

履歴

登録	2015年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xzv.cif.gz	886.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xzv.ent.gz	747.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xzv_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xzv_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4xzv_validation.xml.gz	86.2 KB	表示
CIF形式データ	4xzv_validation.cif.gz	115.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xzsSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gwf-1 2aai-d 6irz-d 3daa-d 4dgx-d 6dgv-d 2daa-d 6dm8-1 2pk9-2 1j18-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

B: Protein slowmo homolog 1

C: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

D: Protein slowmo homolog 1

E: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

F: Protein slowmo homolog 1

G: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

H: Protein slowmo homolog 1

ヘテロ分子

281 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

B: Protein slowmo homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

D: Protein slowmo homolog 1

ヘテロ分子

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70.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

F: Protein slowmo homolog 1

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4

G: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

H: Protein slowmo homolog 1

ヘテロ分子

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70.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.620, 80.680, 98.020
Angle α, β, γ (deg.)	87.25, 85.62, 89.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	1 - 425	2 - 426
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	C	C	1 - 425	2 - 426
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	4 - 424	5 - 425
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	4 - 424	5 - 425
1	3	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	1 - 423	2 - 424
2	3	LYS	LYS	GLU	GLU	G	G	1 - 423	2 - 424
1	4	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 167	15 - 181
2	4	MET	MET	SER	SER	D	D	1 - 167	15 - 181
1	5	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 167	15 - 181
2	5	MET	MET	SER	SER	F	F	1 - 167	15 - 181
1	6	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 167	15 - 181
2	6	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 167	15 - 181
1	7	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	4 - 424	5 - 425
2	7	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	4 - 424	5 - 425
1	8	LYS	LYS	GLU	GLU	C	C	1 - 423	2 - 424
2	8	LYS	LYS	GLU	GLU	G	G	1 - 423	2 - 424
1	9	MET	MET	SER	SER	D	D	1 - 167	15 - 181
2	9	MET	MET	SER	SER	F	F	1 - 167	15 - 181
1	10	MET	MET	SER	SER	D	D	1 - 167	15 - 181
2	10	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 167	15 - 181
1	11	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	4 - 423	5 - 424
2	11	GLU	GLU	GLU	GLU	G	G	4 - 423	5 - 424
1	12	MET	MET	SER	SER	F	F	1 - 167	15 - 181
2	12	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 167	15 - 181

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質

Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Protein 15E1.1 / WF-1 / p53-inducible cell-survival ...

分子量: 48939.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, TRIAP1, 15E1.1, HSPC132 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O43715

#2: タンパク質

Protein slowmo homolog 1

分子量: 20989.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLMO1, C18orf43 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96N28

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM sodium formate, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.58→97.62 Å / Num. obs: 28326 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 3.58→3.67 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XZS

4xzs

解像度: 3.58→97.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.869 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.812 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30927	1499	5.3 %	RANDOM
R_work	0.27342	-	-	-
obs	0.27528	26826	98.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.48 Å²	-1.88 Å²	-3.17 Å²
2-	-	0.03 Å²	0.34 Å²
3-	-	-	-5.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.58→97.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17156	0	92	0	17248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	17637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	16691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.958	23966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.589	3	38447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.912	5	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.912	25.213	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.251	15	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.14	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	19789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.945	10.748	8843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.945	10.747	8842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.061	16.099	11003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.061	16.1	11004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.106	10.914	8794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.106	10.914	8794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.282	16.244	12964
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.882		74834
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.882		74828
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2643	0.07
1	2	C	2643	0.07
2	1	A	2620	0.07
2	2	E	2620	0.07
3	1	A	2616	0.06
3	2	G	2616	0.06
4	1	B	753	0.18
4	2	D	753	0.18
5	1	B	762	0.14
5	2	F	762	0.14
6	1	B	711	0.14
6	2	H	711	0.14
7	1	C	2633	0.05
7	2	E	2633	0.05
8	1	C	2632	0.05
8	2	G	2632	0.05
9	1	D	773	0.16
9	2	F	773	0.16
10	1	D	708	0.17
10	2	H	708	0.17
11	1	E	2611	0.04
11	2	G	2611	0.04
12	1	F	720	0.14
12	2	H	720	0.14

LS精密化シェル

解像度: 3.58→3.673 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	92	-
R_work	0.34	2015	-
obs	-	-	98.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9646	-1.0553	0.4828	2.1763	0.2538	5.4712	0.1409	0.2907	0.0539	-0.2672	-0.0565	-0.2108	0.1525	0.4058	-0.0845	0.0458	0.041	0.0936	0.1098	0.2105	0.7348	-155.758	-30.339	-53.379
2	8.5096	2.2865	3.3173	11.3835	-0.4983	9.1755	0.3794	0.2667	-0.4274	0.386	-0.0742	0.263	0.5429	-0.2079	-0.3053	0.0564	0.0274	0.0546	0.5177	0.1625	0.7178	-181.684	-26.914	-50.405
3	3.3833	-1.3384	0.974	6.0631	0.2375	7.9611	0.09	0.2087	0.2784	-0.409	-0.2449	0.8771	-0.5329	-0.418	0.1548	0.3569	0.2411	-0.0297	0.6282	-0.0555	1.0201	-191.01	-13.183	-59.545
4	3.4014	0.4373	0.2136	2.3365	0.0966	5.9045	-0.067	-0.0532	-0.0666	0.2667	0.2944	-0.4075	-0.5233	0.4703	-0.2274	0.1111	0.0177	0.0309	0.1155	0.0976	0.8748	-116.31	-35.438	-10.051
5	11.2731	-1.8928	-0.1521	8.7671	-0.648	6.491	0.2406	-0.1163	0.2266	-1.0095	0.1673	-0.5879	-0.2503	-0.5835	-0.408	0.1739	0.1217	0.1125	0.428	0.3014	0.7522	-142.102	-38.426	-13.794
6	6.0588	1.1087	-0.537	5.7538	-1.1951	7.5558	0.0948	-0.6304	-0.5983	0.3285	0.2523	0.4813	0.5517	-0.4695	-0.3471	0.3931	-0.0447	-0.0126	0.8027	0.3426	0.8764	-152.191	-51.534	-4.4
7	4.8536	0.914	0.6029	2.6413	-0.5304	5.0528	0.7921	0.3799	-0.3644	-0.1174	-0.04	-0.0465	0.935	-0.0938	-0.7522	1.0865	0.1621	-0.2898	0.1081	0.1773	0.9213	-131.361	-5.483	-9.74
8	8.1125	-0.7606	1.4094	8.7354	1.8697	7.1966	0.4164	0.4426	-0.5576	-1.3342	-0.0907	-0.6255	1.1027	-0.0313	-0.3257	0.9966	0.2834	-0.0034	0.6531	0.0296	1.251	-105.051	-2.736	-9.195
9	3.088	2.3694	1.3655	5.181	-0.0254	5.2268	0.4602	0.1282	0.2016	-0.1771	-0.1732	-0.2525	0.5195	0.6304	-0.2871	0.8054	0.1115	0.0908	0.849	-0.0137	1.4932	-96.783	11.451	0.991
10	3.6136	0.1331	-0.4105	4.3458	-0.0204	3.4033	0.0861	0.459	0.1516	0.2511	0.294	0.4826	0.1064	-0.2988	-0.3802	0.4117	0.0718	0.0437	0.3609	0.2157	1.1651	-169.528	20.994	-52.805
11	7.5103	5.1741	0.3186	9.8063	6.168	7.9046	0.2437	0.123	-0.1498	0.7412	0.4059	-0.2706	-0.9858	0.1816	-0.6496	1.1428	0.1353	0.195	0.7305	-0.1637	1.3777	-143.368	17.6	-53.301
12	3.4343	-0.6028	-0.5471	3.9868	0.5699	5.5438	-0.4389	0.5846	-0.7301	-0.5041	1.027	-1.0279	0.011	-0.0478	-0.5882	0.7213	0.091	0.0819	1.1347	-0.422	1.7878	-135.312	3.528	-63.517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 370
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	371 - 425
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 370
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	371 - 425
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	1 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	4 - 370
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	371 - 425
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	1 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	1 - 370
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	371 - 424
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	1 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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