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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xy6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of mutant (Thr68Ala) Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851 from Streptococcus pneumoniae TIGR4 | ||||||
![]() | Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Thioesterase / Hot dog fold / Streptococcus pneumonia / Mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of mutant (Thr68Ala) Hypothetical Thioesterase Protein SP_1851 from Streptococcus pneumoniae TIGR4 著者: Khandokar, Y.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4i82S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15205.249 Da / 分子数: 1 / 変異: T68A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1851 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 14% PEG3350, 100mM Tris pH6.0, 200mM magnesium chloride. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30.17 Å / Num. obs: 9368 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4I82 解像度: 2→25.576 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25.576 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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