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- PDB-4xxi: Crystal structure of the Bilin-binding domain of phycobilisome co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxi
タイトルCrystal structure of the Bilin-binding domain of phycobilisome core-membrane linker ApcE
要素Phycobiliprotein ApcE
キーワードTRANSFERASE / ApcE / phycobilisome / phycocyanobilin attachment
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ） / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily ...Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycobiliprotein ApcE
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tang, K. / Ding, W.-L. / Hoppner, A. / Gartner, W. / Zhao, K.-H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The terminal phycobilisome emitter, LCM: A light-harvesting pigment with a phytochrome chromophore
著者: Tang, K. / Ding, W.-L. / Hoppner, A. / Zhao, C. / Zhang, L. / Hontani, Y. / Kennis, J.T.M. / Gartner, W. / Scheer, H. / Zhou, M. / Zhao, K.-H.
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycobiliprotein ApcE
B: Phycobiliprotein ApcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5324
ポリマ－35,3542
非ポリマー1,1772
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.356, 80.552, 115.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE / Anchor polypeptide / PBS-anchor protein / Phycobilisome linker polypeptide


分子量: 17677.100 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 20-240, with deletion of residues 77-153
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: apcE, alr0020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P80559
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 HEPES, pH 7.0, 29% (w/v) PEG400, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97092 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17930 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XXK

4xxk


解像度: 2.2→40.276 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 929 5.19 %random
Rwork0.1855 ---
obs0.189 17890 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 86 62 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.483286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.093896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2004-2.31640.29761190.18722357X-RAY DIFFRACTION100
2.3164-2.46150.25081360.19682377X-RAY DIFFRACTION100
2.4615-2.65150.27091360.19372382X-RAY DIFFRACTION100
2.6515-2.91830.30731070.21342414X-RAY DIFFRACTION100
2.9183-3.34040.31091320.21762421X-RAY DIFFRACTION100
3.3404-4.20790.23681360.17182445X-RAY DIFFRACTION100
4.2079-40.28270.20991630.16322565X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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