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- PDB-4xxf: L-fuculose 1-phosphate aldolase from Glaciozyma antarctica PI12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxf
タイトルL-fuculose 1-phosphate aldolase from Glaciozyma antarctica PI12
要素Fuculose-1-phosphate aldolase
キーワードLYASE / fuculose 1-phosphate aldolase / psychrophiles / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fuculose-1-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Glaciozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Jaafar, N.R. / Abu Bakar, F.D. / Abdul Murad, A.M. / Illias, R. / Littler, D. / Beddoe, T. / Rossjohn, J. / Mahadi, M.N.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
マレーシア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of fuculose aldolase from the Antarctic psychrophilic yeast Glaciozyma antarctica PI12.
著者: Jaafar, N.R. / Littler, D. / Beddoe, T. / Rossjohn, J. / Illias, R.M. / Mahadi, N.M. / Mackeen, M.M. / Murad, A.M. / Abu Bakar, F.D.
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Data collection
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fuculose-1-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2372
ポリマ－28,1711
非ポリマー651
水4,179232
1
A: Fuculose-1-phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose-1-phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose-1-phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fuculose-1-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9468
ポリマ－112,6854
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area35520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.330, 84.330, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

21A-619-

HOH

詳細gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Fuculose-1-phosphate aldolase


分子量: 28171.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaciozyma antarctica (菌類) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0J9X279*PLUS, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→37.71 Å / Num. obs: 61957 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 11.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.34→1.41 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4精密化
Cootデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OCR

3ocr


解像度: 1.34→37.71 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.75 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 3132 5.07 %
Rwork0.1714 971734 -
obs0.1722 61814 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→37.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 1 232 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0632790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.799741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.3610.21691030.25172043X-RAY DIFFRACTION75
1.361-1.38330.25771180.23522184X-RAY DIFFRACTION81
1.3833-1.40710.28461230.23232344X-RAY DIFFRACTION87
1.4071-1.43270.23431580.2332458X-RAY DIFFRACTION91
1.4327-1.46030.24561570.20522627X-RAY DIFFRACTION97
1.4603-1.49010.20361420.18632710X-RAY DIFFRACTION100
1.4901-1.52250.17461330.17392739X-RAY DIFFRACTION100
1.5225-1.55790.18961380.15692737X-RAY DIFFRACTION100
1.5579-1.59690.17761490.1522734X-RAY DIFFRACTION100
1.5969-1.640.17741450.15472720X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.68830.1461410.15612755X-RAY DIFFRACTION100
1.6883-1.74280.17091430.16222736X-RAY DIFFRACTION100
1.7428-1.80510.19211570.15852739X-RAY DIFFRACTION100
1.8051-1.87730.16761380.17042757X-RAY DIFFRACTION100
1.8773-1.96280.24721440.20032714X-RAY DIFFRACTION98
1.9628-2.06630.18721440.16232758X-RAY DIFFRACTION100
2.0663-2.19570.17421500.15752763X-RAY DIFFRACTION100
2.1957-2.36520.18761450.17932724X-RAY DIFFRACTION99
2.3652-2.60320.19091590.16922797X-RAY DIFFRACTION100
2.6032-2.97970.18641510.17872815X-RAY DIFFRACTION100
2.9797-3.75360.17731500.16852847X-RAY DIFFRACTION100
3.7536-37.72840.1741440.15992981X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38623.14543.15043.25792.43677.1930.025-0.22210.3335-0.1415-0.43030.7236-0.0476-0.43710.38620.14410.05910.07130.2246-0.05470.303516.542120.233729.888
22.1977-2.0359-1.10483.09851.2361.6435-0.0058-0.03880.14360.1080.00830.0589-0.067-0.09950.01330.11170.00750.01180.0971-0.00890.125131.341321.541230.4386
31.8937-0.1918-0.19561.57450.23261.8703-0.0443-0.02180.2653-0.0060.0788-0.0237-0.1708-0.0198-0.03830.14260.01320.00130.13210.00920.140836.428625.453522.3279
41.5156-0.122-0.00681.9026-0.07221.04790.0009-0.01290.2062-0.05930.01610.0457-0.14770.0467-0.00870.1254-0.00180.010.1074-0.02110.151940.658825.840528.5557
54.6979-2.5815-0.0796.2339-1.65894.2295-0.03920.04770.3520.1520.0865-0.068-0.34880.15210.01530.1702-0.0455-0.00660.1276-0.03240.225244.61332.747628.2604
61.8870.78830.16950.49690.20361.3834-0.10320.0490.5285-0.02780.0441-0.0193-0.23370.06780.0460.18290.0057-0.00760.14380.03120.237434.281128.892516.3695
72.7542-0.2490.28160.79890.3950.63020.01210.10130.0158-0.08720.00910.0946-0.0341-0.0748-0.02350.15870.0086-0.01840.16340.03330.130931.365813.51744.8224
83.9374-3.01430.97195.93263.32939.1545-0.07430.13110.3256-0.36380.2312-1.0914-0.03611.1827-0.12550.24930.01930.03910.2970.06740.334936.287129.87065.5008
90.7879-0.2814-0.38331.0990.5780.91140.0230.06610.0758-0.0836-0.00380.046-0.0584-0.0511-0.02350.12480.0099-0.0060.1220.02260.111232.106716.105510.4086
103.5184-2.15020.31163.69791.81461.70970.15140.17330.0996-0.2601-0.20560.2394-0.0704-0.28970.08930.1430.0042-0.02320.1560.05930.166118.824110.41824.0309
112.21410.33920.68142.15330.03652.30150.05-0.1510.00110.12720.01390.04010.0082-0.075-0.06770.11810.00510.03280.1036-0.00510.115429.215112.910229.426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 80 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 120 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 121 through 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 146 through 175 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 176 through 195 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 196 through 238 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 239 through 258 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 259 through 283 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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