[日本語] English
万見
- PDB-4xxa: Crystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxa
タイトルCrystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin
要素Seed lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / legume / recombinant lectin / Vatairea
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vatairea macrocarpa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sousa, B.L. / Silva-Filho, J.C. / Kumar, P. / Lyskowski, A. / Bezerra, G.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cunha, R.M.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin
著者: Sousa, B.L. / Silva-Filho, J.C. / Kumar, P. / Lyskowski, A. / Bezerra, G.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cunha, R.M.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Seed lectin
B: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,84210
ポリマ－54,9912
非ポリマー8518
水2,756153
1
A: Seed lectin
B: Seed lectin
ヘテロ分子

A: Seed lectin
B: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,68320
ポリマ－109,9824
非ポリマー1,70216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area9170 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area34610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.083, 96.083, 85.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Seed lectin / VML


分子量: 27495.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vatairea macrocarpa (マメ科) / 器官: Seed / プラスミド: pET-28a / 詳細 (発現宿主): C-terminal histag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P81371

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Cubic-like crystals / PH範囲: 7.0 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→83.21 Å / Num. all: 36249 / Num. obs: 36249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.039 / Net I/av σ(I): 10.023 / Net I/σ(I): 31 / Num. measured all: 359699
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-29.60.2273.45037652390.0770.2278.999.6
2-2.1210.30.1495.25083349230.0490.14913.5100
2.12-2.2710.40.1037.34827246570.0340.10318.8100
2.27-2.459.70.089.34200043470.0270.0822.499.9
2.45-2.6810.40.06111.84202640370.020.06129.3100
2.68-310.20.04614.83718636390.0150.04638.9100
3-3.479.70.03517.83131132390.0120.03551.6100
3.47-4.259.80.0320.62704527550.010.0363.5100
4.25-69.20.02918.91983821610.010.02966.1100
6-48.0428.60.03171081212520.0110.0363.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.92 Å48.04 Å
Translation6.92 Å48.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U2A

4u2a


解像度: 1.9→83.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2485 / WRfactor Rwork: 0.199 / FOM work R set: 0.829 / SU B: 7.333 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.1636 / SU Rfree: 0.1504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1764 4.9 %RANDOM
Rwork0.1916 34457 --
obs0.1937 36221 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.92 Å2 / Biso mean: 33.963 Å2 / Biso min: 20.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0.36 Å2-0 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→83.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 0 37 153 3810
Biso mean--35.21 29.94 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.9325077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87637877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39424.875160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83415573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4871510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7782.4691873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7792.4691872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1443.6872336
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 134 -
Rwork0.21 2490 -
all-2624 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40860.22360.03791.7982-0.14851.0081-0.06720.1770.0751-0.1380.0325-0.1533-0.02340.17990.03480.0204-0.02280.00220.0630.01880.024253.2188.853612.534
21.0923-0.0094-0.01630.79690.06971.4149-0.01030.11940.024-0.06520.00980.1632-0.038-0.08270.00050.0391-0.0235-0.05920.03460.03840.098221.3384.506710.7918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 236

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る