PDB-4xwu: Structure of the IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xwu

タイトル

Structure of the IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / Ashbya gossypii

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ashbya gossypii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Increased riboflavin production by manipulation of inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in Ashbya gossypii.
著者: Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

履歴

登録	2015年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xwu.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xwu.ent.gz	143.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xwu_validation.pdf.gz	422.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xwu_full_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示
XML形式データ	4xwu_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4xwu_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xtdC 4xtiC 4avfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eep-1 5zbm-1 1b3o-1 2p56-1 2p2v-1 1eep-2 2a1y-1 2x61-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.787, 106.787, 69.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 44528.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-119,UNP residues 236-522 変異: The CBS domain (residues 120-325) has been replaced by the sequence stretch SQDG. Residues numbered according to the full-length wild-type sequence,The CBS domain (residues 120-325) has been ...変異: The CBS domain (residues 120-325) has been replaced by the sequence stretch SQDG. Residues numbered according to the full-length wild-type sequence,The CBS domain (residues 120-325) has been replaced by the sequence stretch SQDG. Residues numbered according to the full-length wild-type sequence 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類) 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 44528.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-119,UNP residues 236-522
変異: The CBS domain (residues 120-325) has been replaced by the sequence stretch SQDG. Residues numbered according to the full-length wild-type sequence,The CBS domain (residues 120-325) has been ...
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類)
遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 40% PEG-300, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.39 Å / Num. obs: 39565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.0397 / Net I/σ(I): 30.28
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4avf

4avf

解像度: 1.75→39.39 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	1946	4.92 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1683	39552	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2264	0	0	95	2359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	3116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.566	803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	403

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.7938	0.3387	140	0.3491	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7938-1.8423	0.3043	164	0.2785	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.8965	0.2243	115	0.2223	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8965-1.9577	0.2632	157	0.2204	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.0277	0.2133	129	0.1746	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0277-2.1089	0.1982	149	0.1742	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1089-2.2049	0.2123	129	0.1555	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2049-2.3211	0.2151	122	0.1586	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.4665	0.1668	140	0.1471	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4665-2.6569	0.196	134	0.1632	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6569-2.9242	0.1716	164	0.1658	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9242-3.3471	0.196	141	0.1739	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3471-4.2163	0.1846	121	0.1565	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2163-39.4027	0.1816	141	0.1618	2765	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0697	1.2069	-0.3852	0.9955	-0.2598	0.8551	0.0609	-0.1326	0.3895	0.0113	0.078	0.0221	-0.1669	-0.1455	-0.0001	0.3469	0.0753	0.0379	0.3499	-0.0053	0.2908	99.8589	128.6958	14.2783
2	1.1741	0.2828	0.4375	0.0925	0.113	0.1726	-0.3105	1.3852	0.2427	-0.9263	0.4421	0.322	0.2223	-0.7513	0.0627	0.6467	-0.0648	0.1415	0.6664	0.2004	0.4928	118.2695	140.8435	-8.1094
3	0.6271	0.2883	0.5096	0.233	0.095	0.5228	-0.2403	0.6086	0.5029	-0.5153	0.305	-0.2274	-0.2094	-0.0598	-0.0098	0.6517	-0.0657	0.2053	0.513	0.1666	0.5372	125.8622	144.772	-7.0027
4	1.4557	1.4545	-0.9229	1.7561	-0.5495	2.5185	0.1708	0.0642	0.4952	-0.2142	-0.1056	-0.2748	-0.2947	0.1155	0.0003	0.4162	-0.0783	0.106	0.3225	0.051	0.5487	129.3927	142.3507	3.3985
5	3.1615	0.4333	-0.3731	2.5656	-0.4262	1.6844	0.1249	0.1542	0.2978	0.05	0.0384	-0.0767	-0.1835	0.0679	0.0002	0.3456	-0.0241	0.0451	0.2759	-0.0088	0.2718	118.7495	131.3213	10.2819
6	0.055	0.0082	-0.0299	0.0329	-0.0236	0.0389	-0.2343	1.444	0.044	-0.2702	0.5572	0.495	0.1983	-0.5861	0.0001	0.6978	-0.1357	-0.0119	0.8258	0.1456	0.4446	112.4286	136.0277	-12.2795
7	2.5201	0.9434	-0.7073	1.025	-0.5496	0.6041	-0.0556	0.459	0.5701	-0.2243	0.1895	0.3651	0.0262	-0.3495	-0.0036	0.3978	0.0124	0.0107	0.4114	0.0877	0.4146	101.2219	133.5426	7.8329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 90 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 389 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 390 through 459 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 460 through 500 )

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新型コロナ情報

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