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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xwi
タイトルX-ray Crystal structure of CMP-KDO Synthase from Pseudomonas aeruginosa
要素3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CMP-KDO synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal structure of CMP-KDO Synthase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Staker, B.L.
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6325
ポリマ－57,4172
非ポリマー2153
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.370, 71.370, 231.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細biological unit is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: -x+1, -y, z

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthase / CMP-KDO synthase


分子量: 28708.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: kdsB, PA2979 / プラスミド: PsaeA.01328.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HZM5, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus well C12 - 37.5% each of MPD, PEG1000, and PEG3350 + 0.1 M TRIS/Bicine, pH 8.50, + 0.09M each of sodium nitrate, dibasic sodium phosphate, and ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 53400 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.57 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 13.74 / Num. measured all: 244478
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.92-1.970.9280.4822.6118061390838990.54499.8
1.97-2.020.950.383.3217416377337680.42999.9
2.02-2.080.960.3253.8816988368036750.36699.9
2.08-2.150.980.2355.0716615359135890.26599.9
2.15-2.220.9880.186.2716033347634710.20399.9
2.22-2.290.9850.1657.2315715339433910.18599.9
2.29-2.380.9910.1338.6815149326832670.15100
2.38-2.480.9930.1110.3114359310731070.123100
2.48-2.590.9940.09811.8114009302730210.1199.8
2.59-2.720.9950.08314.1113325288928880.093100
2.72-2.860.9960.07116.3112836278127800.079100
2.86-3.040.9970.0619.2411926258925890.068100
3.04-3.250.9980.05122.4211378249124890.05799.9
3.25-3.510.9980.04526.5610482229222890.0599.9
3.51-3.840.9980.04228.579638212921260.04799.9
3.84-4.290.9980.04130.758705194119380.04699.8
4.29-4.960.9980.04132.477718174317410.04699.9
4.96-6.070.9980.03831.816506148614820.04399.7
6.07-8.590.9970.03831.925015118511850.043100
8.590.9970.03531.1326047297050.04196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1932)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→48.239 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 2000 3.65 %RANDOM
Rwork0.1734 52851 --
obs0.1746 53223 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.09 Å2 / Biso mean: 42.7774 Å2 / Biso min: 21.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→48.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 11 355 3994
Biso mean--120.78 47.01 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0155173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1221368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.94740.32851390.30093700383999
1.9474-2.00010.30191430.27163694383799
2.0001-2.0590.27251410.23793700384199
2.059-2.12540.25291370.218837073844100
2.1254-2.20140.22831390.20083726386599
2.2014-2.28950.2741430.191837303873100
2.2895-2.39370.27891450.185637533898100
2.3937-2.51990.24691420.177637453887100
2.5199-2.67780.20481400.175837503890100
2.6778-2.88450.19141430.183337883931100
2.8845-3.17470.22891410.191838093950100
3.1747-3.6340.191480.16538163964100
3.634-4.57790.1721490.137838704019100
4.5779-48.25440.1571500.14824063421399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61360.13470.04636.70214.24342.8966-0.0578-0.44760.30840.6534-0.05340.6983-0.0873-0.01460.08850.2879-0.10770.08360.2534-0.0740.2259-2.208957.19315.7148
21.8773-0.32510.58334.0028-0.30522.3009-0.03850.04480.1282-0.1433-0.04340.0316-0.14370.22080.08740.2715-0.06720.04750.2291-0.03140.1642.429456.5697-1.3204
37.10254.368-2.62723.5677-4.17088.38860.188-0.43190.53640.42070.04490.2757-0.7832-0.5191-0.21350.4054-0.0359-0.00040.2699-0.03750.2667-10.256350.34464.0885
43.01971.4214-0.15142.203-1.20524.96360.1832-0.2084-0.16890.3048-0.202-0.07210.08350.3710.03670.29480.00330.02590.30130.02690.24353.720946.82711.0598
51.405-0.92350.47821.65930.37152.8054-0.2755-0.04480.167-0.04350.1858-0.2004-0.69440.54450.08480.4629-0.1703-0.04140.41060.05420.24292.977854.117428.2202
63.1048-1.0436-0.56961.37761.49812.403-0.336-0.35041.05010.311-0.0728-0.3952-1.29610.52830.35330.8964-0.2469-0.18430.5644-0.0780.53768.686162.553240.3872
72.0124-0.2666-0.69490.8743-0.09563.3995-0.0805-0.2542-0.0161-0.1079-0.00390.0027-0.17620.01560.08140.4057-0.0868-0.02920.34480.03640.2232-6.516748.40721.6387
84.0162-1.50350.97216.3153-2.96083.71230.1216-0.24190.19690.5075-0.2873-0.4715-0.27480.46380.12570.4042-0.16160.01190.3777-0.03010.252310.212164.77599.7184
97.39014.12541.77027.68993.04537.0127-0.296-0.14680.8401-0.39330.07590.3044-1.3203-0.69580.24780.50240.1523-0.07020.51860.11440.3196-6.653346.954361.6778
101.3428-0.02461.26012.78110.2966.4952-0.01560.13320.1591-0.09820.0516-0.0358-0.4037-0.3424-0.03240.2708-0.00130.03920.430.1220.2548-4.689142.440960.1141
111.253-0.45030.56283.3812-1.93593.249-0.1509-0.25180.04540.12010.13950.1305-0.3285-0.13620.00720.3806-0.0193-0.01920.45880.01310.2209-6.472550.904940.9379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:20 )A3 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 21:63 )A21 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 64:88 )A64 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 89:120 )A89 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 121:166 )A121 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 167:183 )A167 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 184:230 )A184 - 230
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 231:254 )A231 - 254
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 2:30 )B2 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 31:120 )B31 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 121:235 )B121 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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