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万見
- PDB-4xvp: X-ray structure of bGFP-C / EGFP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvp
タイトルX-ray structure of bGFP-C / EGFP complex
要素
  • BGFP-C
  • Green fluorescent protein
キーワードPROTEIN BINDING / ALPHAREP SCAFFOLD / COMPLEX / EGFP / PROTEIN ENGINEERING / HEAT-LIKE REPEAT / FLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chevrel, A. / Urvoas, A. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Van Tilbeurgh, H. / Minard, P. / Valerio-Lepiniec, M.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Specific GFP-binding artificial proteins ( alpha Rep): a new tool for in vitro to live cell applications.
著者: Chevrel, A. / Urvoas, A. / de la Sierra-Gallay, I.L. / Aumont-Nicaise, M. / Moutel, S. / Desmadril, M. / Perez, F. / Gautreau, A. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P. / Valerio-Lepiniec, M.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: BGFP-C
E: BGFP-C
F: BGFP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4906
ポリマ－148,4906
非ポリマー00
水00
1
A: Green fluorescent protein
D: BGFP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4972
ポリマ－49,4972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein
E: BGFP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4972
ポリマ－49,4972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
3
C: Green fluorescent protein
F: BGFP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4972
ポリマ－49,4972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.520, 71.550, 179.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23B
14A
24C
15B
25C
16B
26C
17D
27E
18D
28F
19E
29F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEUAA2 - 6423 - 85
21SERSERLEULEUBB2 - 6423 - 85
12SERSERLEULEUAA2 - 6423 - 85
22SERSERLEULEUCC2 - 6423 - 85
13VALVALLEULEUAA68 - 23187 - 250
23VALVALLEULEUBB68 - 23187 - 250
14VALVALLEULEUAA68 - 23187 - 250
24VALVALLEULEUCC68 - 23187 - 250
15SERSERLEULEUBB2 - 6423 - 85
25SERSERLEULEUCC2 - 6423 - 85
16VALVALLEULEUBB68 - 23187 - 250
26VALVALLEULEUCC68 - 23187 - 250
17HISHISLYSLYSDD9 - 1669 - 166
27HISHISLYSLYSEE9 - 1669 - 166
18HISHISLYSLYSDD9 - 1669 - 166
28HISHISLYSLYSFF9 - 1669 - 166
19HISHISLYSLYSEE9 - 1669 - 166
29HISHISLYSLYSFF9 - 1669 - 166

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 30641.279 Da / 分子数: 3 / 変異: F64L, S65T, H231L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: PQE81L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: タンパク質 BGFP-C


分子量: 18855.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PQE81L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 50 mM tricine pH 6.9, 25% PEG4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.7 Å / Num. obs: 17746 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDS13-Jan-2015データ削減
XSCALE13-Jan-2015データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EGFP PDB entry 1JBZ, 6-helix motif from alphaRep4 PDB entry 3LTJ

1jbz

3ltj


解像度: 3.4→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 43.77 / SU ML: 0.666 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.752 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2919 888 5 %RANDOM
Rwork0.20918 ---
obs0.21327 16858 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 118.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å26.92 Å2
2---3.86 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9144 0 0 0 9144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.028958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.97612558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.982320670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39951146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92524.797444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.268151665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9881554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.36711.3414611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.36711.344610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.46116.9935748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.45916.9935749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.26912.1564706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.26812.1574707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.91117.9096810
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined19.69789.83710547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other19.69689.84210548
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A30920.1
12B30920.1
21A31390.09
22C31390.09
31A96770.07
32B96770.07
41A96750.07
42C96750.07
51B31780.08
52C31780.08
61B96120.08
62C96120.08
71D102420.06
72E102420.06
81D102230.06
82F102230.06
91E102200.05
92F102200.05
LS精密化 シェル解像度: 3.396→3.484 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 46 -
Rwork0.397 876 -
obs--70.92 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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