PDB-4xvo: L,D-transpeptidase from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xvo

タイトル

L,D-transpeptidase from Mycobacterium smegmatis

要素

L,D-transpeptidase

キーワード

TRANSFERASE / L / D-transpeptidase / Mycobacterium / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: L,D-transpeptidase from Mycobacterium smegmatis
著者: Osipiuk, J. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xvo.cif.gz	265.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xvo.ent.gz	215.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k73-d 4n4i-d 5vas-d 3hx1-d 5giz-2 4pup-1 2vzr-d 2h5z-d 6hoi-d 6p1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110730

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC110730

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L,D-transpeptidase

B: L,D-transpeptidase

C: L,D-transpeptidase

ヘテロ分子

72.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: L,D-transpeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L,D-transpeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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3

C: L,D-transpeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.390, 160.047, 209.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

biological unit is the same as asymmetric unit

#1: タンパク質	L,D-transpeptidase / ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein 分子量: 23933.105 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 71-290 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_3449 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I7G323
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1M sodium/potassium phosphate buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 47865 / Num. obs: 47865 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 52.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 1.958 / Net I/av σ(I): 25.413 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 307944

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.6-2.64	5.7	0.969	1.94	2328	0.758	0.424	0.949	95.8
2.64-2.69	6.2	0.787		2272	0.837	0.33	0.975	96	0.856
2.69-2.74	6.4	0.586		2331	0.879	0.238	1.031	96.7	0.634
2.74-2.8	6.5	0.522		2338	0.922	0.213	1.049	96.7	0.565
2.8-2.86	6.5	0.483		2310	0.938	0.196	1.074	96.9	0.522
2.86-2.93	6.4	0.391		2343	0.954	0.16	1.174	97.5	0.423
2.93-3	6.4	0.355		2361	0.95	0.145	1.154	97.6	0.384
3-3.08	6.5	0.258		2362	0.973	0.105	1.291	97.7	0.279
3.08-3.17	6.5	0.203		2360	0.98	0.083	1.441	98.7	0.22
3.17-3.28	6.4	0.164		2395	0.991	0.067	1.58	99	0.178
3.28-3.39	6.5	0.148		2394	0.99	0.061	1.771	98.9	0.16
3.39-3.53	6.5	0.125		2392	0.992	0.051	1.933	98.9	0.135
3.53-3.69	6.5	0.105		2409	0.992	0.043	2.1	99.3	0.114
3.69-3.88	6.6	0.091		2430	0.995	0.037	2.314	99.2	0.098
3.88-4.13	6.5	0.079		2400	0.997	0.033	2.392	99.6	0.086
4.13-4.45	6.5	0.071		2441	0.996	0.029	2.754	99.6	0.077
4.45-4.89	6.6	0.068		2463	0.997	0.028	3.116	99.6	0.074
4.89-5.6	6.6	0.073		2440	0.997	0.03	3.501	100	0.079
5.6-7.05	6.6	0.07		2496	0.997	0.029	3.396	100	0.076
7.05-50	6.3	0.052		2600	0.994	0.022	3.428	99.7	0.056

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→42.281 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	2410	5.04 %
R_work	0.198	45365	-
obs	0.1999	47775	97.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.81 Å² / B_iso mean: 53.9023 Å² / B_iso min: 14.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→42.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4899	0	20	174	5093
B_iso mean	-	-	82.2	46.37	-
残基数	-	-	-	-	651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.725	7136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	803
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.256	1842

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.583-2.6358	0.2966	122	0.265	2126	2248	79
2.6358-2.6931	0.3122	156	0.2563	2570	2726	96
2.6931-2.7557	0.2233	105	0.2308	2644	2749	96
2.7557-2.8246	0.2735	112	0.2411	2658	2770	97
2.8246-2.9009	0.3507	159	0.2569	2650	2809	97
2.9009-2.9863	0.3879	147	0.2824	2620	2767	97
2.9863-3.0826	0.2996	146	0.2727	2666	2812	98
3.0826-3.1928	0.3184	119	0.228	2722	2841	99
3.1928-3.3206	0.2867	140	0.2302	2674	2814	99
3.3206-3.4716	0.28	127	0.2159	2728	2855	99
3.4716-3.6546	0.279	209	0.2095	2640	2849	99
3.6546-3.8834	0.2161	160	0.188	2722	2882	99
3.8834-4.183	0.2251	114	0.1666	2751	2865	100
4.183-4.6035	0.1813	158	0.1473	2725	2883	99
4.6035-5.2685	0.1871	151	0.1464	2761	2912	100
5.2685-6.6337	0.2015	157	0.1853	2801	2958	100
6.6337-42.2865	0.1899	128	0.1997	2907	3035	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0595	0.0348	-0.0067	0.0333	-0.0237	0.0454	0.1165	-0.044	0.2949	0.0613	0.0622	0.0937	-0.1624	0.0836	0.1648	0.5152	-0.5453	0.0901	0.142	0.0568	0.4485	60.3435	32.4914	28.3855
2	0.0569	-0.0094	0.1297	0.1261	-0.0273	0.3178	-0.0659	0.0633	0.1022	-0.2257	-0.1857	-0.0608	0.1062	0.0688	-0.2106	0.4219	-0.0997	0.0148	0.1305	0.0461	0.174	52.0262	12.4544	10.3624
3	0.0397	0.032	0.0131	0.0585	-0.0547	0.1706	0.1013	-0.1097	0.2027	0.0178	0.0387	-0.2913	-0.0244	0.1595	0.1238	-0.1164	0.0411	0.0658	0.7213	-0.0372	0.4622	81.4139	4.001	63.387
4	0.1577	0.076	0.0172	0.1426	-0.154	0.3143	-0.2259	0.1522	-0.0062	-0.1805	0.0001	-0.1118	0.1288	-0.0569	-0.1938	0.109	-0.0599	0.0507	0.4603	0.0058	0.1684	59.9255	1.2089	45.3731
5	0.047	0.0058	-0.0487	0.0093	-0.0209	0.0715	0.0414	-0.0396	-0.0738	0.039	0.1088	-0.2671	0.1218	0.0787	0.1662	0.5003	0.4382	0.0528	0.0866	-0.0639	0.489	68.9565	-30.1863	96.5497
6	0.1782	-0.0745	-0.0974	0.1199	0.0557	0.0769	-0.0793	0.2815	-0.1086	0.0485	-0.0527	-0.0329	0.0453	-0.1096	-0.1854	0.3653	0.2176	0.0608	0.2001	-0.0501	0.1756	55.1873	-12.9874	83.6571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 128 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 259 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 43 through 128 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 129 through 259 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 43 through 106 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 107 through 259 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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