[日本語] English
万見
- PDB-4xvn: Crystal structure of the small terminase from thermophilic phage G20C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvn
タイトルCrystal structure of the small terminase from thermophilic phage G20C
要素Small terminase
キーワードVIRAL PROTEIN / Small terminase / DNA-recognition / Thermophilic phage G20C
機能・相同性: / : / Phage G20C small terminase, N-terminal domain / Phage G20C small terminase C-terminal domain / DNA binding / Terminase, small subunit
機能・相同性情報
生物種Thermus phage G20c (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Loredo-Varela, J. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 英国, メキシコ, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia de Mexico メキシコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the small terminase from thermophilic phage G20C
著者: Antson, A.A. / Loredo-Varela, J. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Greive, S.J.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Small terminase
B: Small terminase
C: Small terminase
D: Small terminase
E: Small terminase
F: Small terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2706
ポリマ－116,2706
非ポリマー00
水00
1
A: Small terminase
B: Small terminase
C: Small terminase

A: Small terminase
B: Small terminase
C: Small terminase

A: Small terminase
B: Small terminase
C: Small terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4059
ポリマ－174,4059
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area29490 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area60570 Å2
手法PISA
2
D: Small terminase
E: Small terminase
F: Small terminase

D: Small terminase
E: Small terminase
F: Small terminase

D: Small terminase
E: Small terminase
F: Small terminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4059
ポリマ－174,4059
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area33490 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area65200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.585, 152.585, 108.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F
13A
23B
33C
43D
53E
63F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A5 - 27
2116B5 - 27
3116C5 - 27
4116D5 - 27
5116E5 - 27
6116F5 - 27
1126A35 - 92
2126B35 - 92
3126C35 - 92
4126D35 - 92
5126E35 - 92
6126F35 - 92
1136A104 - 137
2136B104 - 137
3136C104 - 137
4136D104 - 137
5136E104 - 137
6136F104 - 137

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.752048, 0.651563, -0.099442), (-0.658925, 0.739684, -0.136691), (-0.015507, 0.168323, 0.98561)4.45862, 7.18148, -4.34535
3given(0.125544, 0.9796, -0.156913), (-0.973209, 0.090895, -0.211194), (-0.192623, 0.179223, 0.964767)6.73347, 12.38555, -5.77885
4given(-0.647947, -0.758072, -0.074098), (0.761678, -0.644452, -0.067287), (0.003256, -0.100037, 0.994978)-14.38138, 89.730888, 19.03977
5given(-0.066687, -0.995345, -0.06958), (0.997087, -0.063892, -0.041648), (0.037009, -0.072155, 0.996707)41.004181, 79.436859, 20.960239
6given(0.717292, -0.693451, -0.067956), (0.695082, 0.718931, 0.000499), (0.04851, -0.047593, 0.997688)84.92765, 24.78392, 21.36916
7given(1), (1), (1)
8given(0.763812, 0.644839, -0.027834), (-0.645433, 0.763288, -0.028424), (0.002916, 0.039676, 0.999208)0.94644, 1.09867, -0.47871
9given(0.089333, 0.995292, -0.037588), (-0.993491, 0.091722, 0.067542), (0.070671, 0.03131, 0.997008)-0.43356, -3.28953, 1.94806
10given(-0.660869, -0.750306, -0.017117), (0.750446, -0.660924, -0.003026), (-0.009042, -0.014845, 0.999849)-17.60424, 86.422859, 17.19212
11given(-0.030203, -0.999382, -0.018002), (0.999537, -0.030267, 0.003259), (-0.003802, -0.017895, 0.999833)41.60228, 77.621567, 17.85005
12given(0.65929, -0.751728, -0.015549), (0.751626, 0.658372, 0.040065), (-0.019881, -0.038102, 0.999076)82.203957, 26.912661, 18.50053
13given(1), (1), (1)
14given(0.76445, 0.643493, -0.039145), (-0.643581, 0.765284, 0.011992), (0.037674, 0.016026, 0.999162)1.3371, -0.53016, 0.36374
15given(0.185789, 0.98259, 0.00057), (-0.982415, 0.185745, 0.018965), (0.018529, -0.004083, 0.99982)0.0637, -0.68539, 0.15804
16given(-0.695652, -0.718379, 0.000447), (0.717798, -0.695114, -0.039786), (0.028892, -0.027356, 0.999208)-21.40324, 86.911926, 19.472481
17given(-0.058592, -0.998272, -0.004391), (0.998032, -0.058478, -0.022624), (0.022328, -0.005708, 0.999734)39.519939, 79.752502, 18.44894
18given(0.572531, -0.819882, 0.000859), (0.819357, 0.572126, -0.036411), (0.029361, 0.021551, 0.999337)80.328827, 38.83099, 17.54356

-
要素

#1: タンパク質
Small terminase


分子量: 19378.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Thermus thermophilus phage G20C / 由来: (組換発現) Thermus phage G20c (ファージ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L4BKP6*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.4 M ammonium acetate, 18 % (w/v) PEG 3.35 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.39 Å / Num. obs: 29032 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 62.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→45.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.2487 / FOM work R set: 0.7549 / SU B: 16.595 / SU ML: 0.34 / SU R Cruickshank DPI: 0.9064 / SU Rfree: 0.3416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.906 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2762 954 3.3 %RANDOM
Rwork0.249 28077 --
obs0.2499 29031 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.7 Å2 / Biso mean: 85.772 Å2 / Biso min: 54.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.36 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----2.31 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6209 0 0 0 6209
残基数----795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0196275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8572.0128465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.764314464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1685782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63623.916286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.656151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5851562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.438.6163167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.438.6163166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5712.9043936
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A359LOOSE POSITIONAL0.585
12B359LOOSE POSITIONAL0.885
13C359LOOSE POSITIONAL0.455
14D359LOOSE POSITIONAL0.485
15E359LOOSE POSITIONAL0.425
16F359LOOSE POSITIONAL0.645
11A359LOOSE THERMAL10.3810
12B359LOOSE THERMAL12.310
13C359LOOSE THERMAL2.8110
14D359LOOSE THERMAL3.5410
15E359LOOSE THERMAL5.110
16F359LOOSE THERMAL5.0110
21A887LOOSE POSITIONAL0.695
22B887LOOSE POSITIONAL0.655
23C887LOOSE POSITIONAL0.915
24D887LOOSE POSITIONAL0.555
25E887LOOSE POSITIONAL0.65
26F887LOOSE POSITIONAL0.615
21A887LOOSE THERMAL14.8710
22B887LOOSE THERMAL8.4410
23C887LOOSE THERMAL11.710
24D887LOOSE THERMAL9.0210
25E887LOOSE THERMAL11.5610
26F887LOOSE THERMAL8.6310
31A426LOOSE POSITIONAL0.55
32B426LOOSE POSITIONAL0.445
33C426LOOSE POSITIONAL0.525
34D426LOOSE POSITIONAL0.585
35E426LOOSE POSITIONAL0.585
36F426LOOSE POSITIONAL0.55
31A426LOOSE THERMAL8.1410
32B426LOOSE THERMAL8.1210
33C426LOOSE THERMAL8.3210
34D426LOOSE THERMAL6.9910
35E426LOOSE THERMAL6.1110
36F426LOOSE THERMAL11.5610
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 70 -
Rwork0.334 2070 -
all-2140 -
obs--99.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る