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- PDB-4xuw: Structure of the hazelnut allergen, Cor a 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xuw
タイトルStructure of the hazelnut allergen, Cor a 8
要素Non-specific lipid-transfer protein
キーワードALLERGEN / plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extraorganismal space / seed development / nutrient reservoir activity / lipid transport / lipid binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Non-specific lipid-transfer protein Cor a 8.0101
類似検索 - 構成要素
生物種Corylus avellana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Perdue, M.L. / Bublin, M. / Pfeifer, S. / Dubiela, P. / Hoffmann-Sommergruber, K. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Hazelnut Allergen Cor a 8.
著者: Offermann, L.R. / Bublin, M. / Perdue, M.L. / Pfeifer, S. / Dubiela, P. / Borowski, T. / Chruszcz, M. / Hoffmann-Sommergruber, K.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein
B: Non-specific lipid-transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0693
ポリマ－18,9742
非ポリマー951
水5,549308
1
A: Non-specific lipid-transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5822
ポリマ－9,4871
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-specific lipid-transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4871
ポリマ－9,4871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.678, 30.816, 56.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 115 / Label seq-ID: 1 - 92

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein / Cor a 8


分子量: 9487.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Corylus avellana (植物) / 参照: UniProt: Q9ATH2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M potassium phosphate dibasic, pH 6.9
PH範囲: 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. all: 47711 / Num. obs: 47711 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 8.51 / % possible all: 49.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ALG

2alg


解像度: 1.1→23.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.273 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17696 2433 5.1 %RANDOM
Rwork0.1424 45211 --
obs0.14419 45211 90.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å2-0.38 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→23.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 5 308 1621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3492.011928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3353.013262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7235204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.50425.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36515245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.54157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.45631395
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.67751358
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5070 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 100 -
Rwork0.195 1845 -
obs--50.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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