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- PDB-4xum: PPARgamma ligand binding domain in complex with indomethacin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xum
タイトルPPARgamma ligand binding domain in complex with indomethacin
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSLATION / PPARgamma / Nuclear receptor / transcription factor / NSAIDs / indomethacin
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell fate commitment / positive regulation of DNA binding / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / negative regulation of signaling receptor activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / placenta development / regulation of circadian rhythm / lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INDOMETHACIN / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Puhl, A.C. / Webb, P. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Nucl Recept Signal / 年: 2015
タイトル: Mechanisms of peroxisome proliferator activated receptor gamma regulation by non-steroidal anti-inflammatory drugs.
著者: Puhl, A.C. / Milton, F.A. / Cvoro, A. / Sieglaff, D.H. / Campos, J.C. / Bernardes, A. / Filgueira, C.S. / Lindemann, J.L. / Deng, T. / Neves, F.A. / Polikarpov, I. / Webb, P.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5435
ポリマ－63,4702
非ポリマー1,0733
水1,18966
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4503
ポリマ－31,7351
非ポリマー7162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0932
ポリマ－31,7351
非ポリマー3581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.040, 62.140, 118.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 207 - 477 / Label seq-ID: 8 - 278

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31734.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-IMN / INDOMETHACIN / インドメタシン


分子量: 357.788 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClNO4 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.95 M sodium citrate and 0.1 M HEPES pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→115.893 Å / Num. all: 26080 / Num. obs: 26080 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 51.11 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.069 / Net I/av σ(I): 6.683 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 116570
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.534.40.5021.51684837990.2730.5022.8100
2.53-2.684.40.3312.31598935970.1790.3314100
2.68-2.874.50.2113.51486333300.1150.2116100
2.87-3.14.50.1435.11421231700.0770.1438.4100
3.1-3.394.50.08281295728790.0450.08213.3100
3.39-3.794.50.0639.11184126180.0340.06318.2100
3.79-4.384.50.06191057223380.0330.06122.4100
4.38-5.374.50.05810.1892919790.0310.05823.8100
5.37-7.594.50.04711.9689615350.0250.04724.1100
7.59-36.3374.10.03915.434638350.0220.03926.594.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→36.337 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 1322 5.08 %random
Rwork0.1878 24714 --
obs0.1905 26036 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 209.14 Å2 / Biso mean: 74.8187 Å2 / Biso min: 35.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→36.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 75 66 4124
Biso mean--102.51 57.9 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0765660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2151494
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2154X-RAY DIFFRACTION9.925TORSIONAL
12B2154X-RAY DIFFRACTION9.925TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49610.31021510.256427182869100
2.4961-2.60970.3461500.241227132863100
2.6097-2.74720.25641510.225527292880100
2.7472-2.91930.3151370.217627382875100
2.9193-3.14450.31891270.240827462873100
3.1445-3.46080.30251430.215827722915100
3.4608-3.9610.24621440.172227552899100
3.961-4.98840.19371630.150827472910100
4.9884-36.34080.19871560.17282796295299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1872-0.2168-1.34532.196-1.2097.0739-0.1888-0.3609-0.11520.21710.4480.4378-0.1482-0.6312-0.23970.39810.1084-0.00260.60560.08710.46390.6967-6.002213.7797
24.8854.00056.87976.40515.69869.74070.05682.13730.49430.2480.1560.4193-0.5918-0.0002-0.06890.59-0.05320.02510.78140.01220.442311.32775.2232-3.8404
38.07462.32414.99976.43691.23917.1686-0.51130.71910.7502-0.29810.16130.0046-1.87350.85880.24221.5667-0.45220.13440.86250.03540.774719.47116.8230.5109
44.19933.958-5.57435.7626-4.16058.3553-0.22340.06030.8841-0.0620.42840.3935-0.96530.1651-0.23050.74510.0897-0.12130.71330.01590.499312.29819.274317.4346
52.51961.0898-1.7342.3576-0.79516.7045-0.2656-0.3663-0.22350.02740.1067-0.3082-0.23280.87620.1670.44270.0984-0.0130.58350.04110.407216.57060.904915.539
62.18871.3569-0.05051.6544-0.64146.8008-0.2033-0.6721-0.25470.350.2227-0.29890.34990.73050.11790.46640.240.02830.63330.14840.49838.7432-7.35425.0928
73.02650.74441.54735.01721.39962.3847-0.1469-0.5361-0.69830.63790.5581-0.09931.2633-0.0974-0.45730.63270.20570.0430.63950.22430.70074.828-16.547323.8766
85.85394.83010.0484.1720.43362.1312-0.0195-0.589-0.87960.3228-0.014-1.38280.31380.82290.16040.52490.1976-0.02890.81060.13830.650522.738-3.247121.5802
97.79414.5899-1.36487.61521.60441.3970.5498-1.3890.40711.2708-0.34140.0441-0.130.7436-0.01640.74430.0447-0.0670.984-0.09530.538521.010112.02525.7967
106.23971.61343.67871.83040.67539.47280.107-0.6295-0.62660.3183-0.001-0.12880.5663-0.5707-0.14540.77210.14470.04360.45180.11860.534322.7705-34.910633.4443
114.36171.05651.68852.220.2043.58860.0372-1.007-0.00630.7696-0.1138-0.1334-0.10191.00870.02340.88510.11220.02731.14110.04460.584841.1082-23.719343.1892
125.22281.132-0.93481.0113-2.01186.73-0.0626-0.1243-0.29160.16860.0389-0.0201-0.35340.1689-0.02870.56130.2060.00940.41780.04010.480131.8793-25.284923.5238
137.9174.825-2.57994.8413-3.692.22970.3-1.0170.52150.5405-0.21220.0779-1.03691.1746-0.11431.281-0.0260.08370.9841-0.06040.512634.9524-16.053646.5613
142.80370.1106-0.22632.2618-1.2645.7573-0.0334-0.2216-0.17710.1143-0.00280.4728-0.1828-0.40150.03990.55560.21330.04550.48720.05550.569420.1105-24.538227.0862
152.77463.3934-1.34974.599-1.61988.38450.5075-0.07130.81790.6327-0.2638-0.153-2.01040.447-0.18860.81750.0447-00.53570.00730.794527.9759-13.34229.8209
165.8934-4.8655-5.42584.51284.65885.1094-0.0883-0.72880.9963-0.31060.67140.7482-2.10661.3551-0.61731.2284-0.04710.06560.95640.02980.718850.8396-17.447231.7603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 207 through 238 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 239 through 251 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 252 through 276 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 277 through 302 )A0
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 460 through 477 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 207 through 237 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 238 through 302 )B0
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 430 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 431 through 459 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 460 through 477 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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