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- PDB-4xul: Crystal structure of M. chilensis Mg662 protein complexed with GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xul
タイトルCrystal structure of M. chilensis Mg662 protein complexed with GTP
要素mg662
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyl transferase / GTP complex / ORFan
機能・相同性: / : / L544, nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyl transferase L544, helical domain / transferase activity / GTP binding / metal ion binding / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Nucleotidyl transferase
機能・相同性情報
生物種Megavirus chiliensis (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Lartigue, A. / Priet, S. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M. chilensis Mg662 protein complexed with GTP
著者: Lartigue, A. / Priet, S. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mg662
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7615
ポリマ－46,1661
非ポリマー5954
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.360, 99.360, 168.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 mg662


分子量: 46165.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Megavirus chiliensis (ウイルス) / 遺伝子: mg662 / プラスミド: MODIFIED PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: G5CQN7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Protein concentration: 5-12 mg/mL in 10 mM CAPS, 150 mM NaCl, pH 10.5 Reservoir solution: 0.05 M MES, 0.08 M Ammonium acetate pH 6.4 Soaking 0.5 mM GTP, UV treatment 5 minutes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→168.99 Å / Num. obs: 40442 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 54.56 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 529090
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
2.26-2.6113.30.6894184276139060.9330.195
4.52-168.9912.20.109246583553900.990.033

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.3.5データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4AMS

4ams


解像度: 2.26→38.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 2017 5 %
Rwork0.1908 38331 -
obs0.1922 40348 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.14 Å2 / Biso mean: 62.9484 Å2 / Biso min: 35.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 35 211 3300
Biso mean--55.55 68.48 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7524278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7521206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2601-2.31660.28431350.270226832818
2.3166-2.37920.31211390.254926862825
2.3792-2.44920.28641280.240126952823
2.4492-2.52820.24441340.225627002834
2.5282-2.61860.29351190.220527372856
2.6186-2.72340.23231530.215126682821
2.7234-2.84730.21591540.218127192873
2.8473-2.99740.25221500.22227052855
2.9974-3.18510.25131530.208327132866
3.1851-3.43090.24021430.204327472890
3.4309-3.77590.21351420.190127392881
3.7759-4.32160.19291620.167527652927
4.3216-5.44240.17051500.16128062956
5.4424-38.88540.21641550.180929683123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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