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- PDB-4xt3: Structure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xt3
タイトルStructure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1
要素
  • Fractalkine
  • G-protein coupled receptor homolog US28
キーワードVIRAL PROTEIN/SIGNALLING PROTEIN / GPCR / chemokine / membrane protein / complex / VIRAL PROTEIN-CYTOKINE complex / VIRAL PROTEIN-SIGNALLING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by virus of host cell division / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis ...positive regulation by virus of host cell division / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / negative regulation of neuron migration / negative regulation of microglial cell activation / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / microglial cell proliferation / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / integrin activation / angiogenesis involved in wound healing / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / negative regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive chemotaxis / positive regulation of neuroblast proliferation / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of cell migration / cell projection / response to ischemia / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / calcium-mediated signaling / microglial cell activation / regulation of synaptic plasticity / cytokine-mediated signaling pathway / defense response / positive regulation of neuron projection development / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / integrin binding / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of cell migration / neuron projection / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / host cell plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins ...CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / PHOSPHATE ION / Unknown ligand / G-protein coupled receptor homolog US28 / Fractalkine
類似検索 - 構成要素
生物種Cytomegalovirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.801 Å
データ登録者Burg, J.S. / Jude, K.M. / Waghray, D. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Structural basis for chemokine recognition and activation of a viral G protein-coupled receptor.
著者: Burg, J.S. / Ingram, J.R. / Venkatakrishnan, A.J. / Jude, K.M. / Dukkipati, A. / Feinberg, E.N. / Angelini, A. / Waghray, D. / Dror, R.O. / Ploegh, H.L. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_keywords / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_keywords.text
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein coupled receptor homolog US28
B: Fractalkine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8725
ポリマ－52,0552
非ポリマー8183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.900, 192.700, 94.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

PO4

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要素

#1: タンパク質 G-protein coupled receptor homolog US28 / HHRF3


分子量: 42041.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cytomegalovirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69332
#2: タンパク質 Fractalkine / C-X3-C motif chemokine 1 / CX3C membrane-anchored chemokine / Neurotactin / Small-inducible cytokine D1


分子量: 10013.487 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CX3CL1, FKN, NTT, SCYD1, A-152E5.2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78423
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 26

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 300, HEPES, ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→48.92 Å / Num. obs: 4834 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.937 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 55.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS, 1F2L, 3ONA

4mbs

1f2l

3ona


解像度: 3.801→48.92 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3221 484 10.03 %random selection
Rwork0.2835 ---
obs0.2878 4827 84.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.801→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 56 0 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8743912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.365942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8006-4.35030.36541200.30131079X-RAY DIFFRACTION64
4.3503-5.47980.34581740.30541571X-RAY DIFFRACTION94
5.4798-48.92430.29141900.26361693X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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