PDB-4xsz: Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xsz

タイトル

Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

transcription/antibiotic / bacterial RNA polymerase antibiotic complex / transcription-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / : / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 ...Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / : / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.683 Å

データ登録者

Bae, B. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: CBR antimicrobials inhibit RNA polymerase via at least two bridge-helix cap-mediated effects on nucleotide addition.
著者: Bae, B. / Nayak, D. / Ray, A. / Mustaev, A. / Landick, R. / Darst, S.A.

履歴

登録	2015年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xsz.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xsz.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xsz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xsz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4xsz_validation.xml.gz	242.1 KB	表示
CIF形式データ	4xsz_validation.cif.gz	322.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xsxC 4xsyC 4ljzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uah-1 4zh3-1 5vsw-2 5ual-1 4kn7-1 4zh2-1 4llg-1 4ljz-1 4yfk-1 5uaq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (26) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (10) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (26)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (10)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

861 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.444, 206.331, 309.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	3 - 30
1	2	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	140 - 150
1	3	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	445 - 455
1	4	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	513 - 713
1	5	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	786 - 832
1	6	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	1056 - 1295
2	1	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	3 - 30
2	2	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	140 - 150
2	3	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	445 - 455
2	4	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	513 - 713
2	5	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	786 - 832
2	6	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	1056 - 1295
1	1	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	31 - 139
1	2	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	456 - 512
2	1	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	31 - 139
2	2	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	456 - 512
1	1	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	151 - 225
1	2	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	340 - 444
2	1	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	151 - 225
2	2	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	340 - 444
1	1	4	chain C and resseq 226:339	C	226 - 339
2	1	4	chain I and resseq 226:339	I	226 - 339
1	1	5	chain C and resseq 714:785	C	714 - 785
2	1	5	chain I and resseq 714:785	I	714 - 785
1	1	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	833 - 937
1	2	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	1040 - 1055
2	1	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	833 - 937
2	2	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	1040 - 1055
1	1	7	chain C and resseq 938:1039	C	938 - 1039
2	1	7	chain I and resseq 938:1039	I	938 - 1039
1	1	8	(chain C and resseq 1296:1342) or (chain D and (resseq...	C	1296 - 1342
2	1	8	(chain I and resseq 1296:1342) or (chain J and (resseq...	I	1296 - 1342
1	1	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	128 - 167
1	2	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	212 - 236
1	3	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	242 - 374
2	1	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	128 - 167
2	2	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	212 - 236
2	3	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	242 - 374
1	1	10	chain F and resseq 445:550	F	445 - 550
2	1	10	chain L and resseq 445:550	L	445 - 550
1	1	11	chain A and resseq 9:231	A	9 - 231
2	1	11	chain G and resseq 9:231	G	9 - 231
1	1	12	chain B and resseq 9:234	B	9 - 234
2	1	12	chain H and resseq 9:234	H	9 - 234
1	1	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	809 - 931
1	2	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1127 - 1150
1	3	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1216 - 1344
1	4	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1410
2	1	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	809 - 931
2	2	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1127 - 1150
2	3	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1216 - 1344
2	4	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1410
1	1	14	chain D and resseq 1151:1215	D	0
2	1	14	chain J and resseq 1151:1215	J	0

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.382031, -0.003792, -0.924142), (-0.042633, -0.998855, 0.021722), (-0.923165, 0.047698, 0.381432)	-69.613602, -221.403, -42.349602
2	given	(-0.443764, 0.035884, -0.895425), (-0.070062, -0.997529, -0.005254), (-0.893401, 0.060404, 0.445181)	-66.818001, -225.410995, -33.302799
3	given	(-0.337506, 0.090803, -0.936934), (-0.090204, -0.993876, -0.063828), (-0.936991, 0.062973, 0.34363)	-54.6488, -231.373993, -44.6022
4	given	(-0.332243, 0.111751, -0.93655), (-0.098457, -0.991641, -0.083397), (-0.938041, 0.064502, 0.340468)	-51.489601, -233.531998, -44.679699
5	given	(-0.376049, -0.002967, -0.926595), (-0.048308, -0.998572, 0.022802), (-0.92534, 0.053336, 0.375369)	-69.262802, -221.75, -42.033798
6	given	(-0.428465, -0.01722, -0.903394), (-0.01378, -0.999578, 0.025589), (-0.903453, 0.023413, 0.428046)	-73.672997, -219.076004, -42.542301
7	given	(-0.379774, -2.536, -0.903394), (-0.038989, -0.999111, 0.016009), (-0.924257, 0.042148, 0.379436)	-68.754303, -221.546997, -43.572399
8	given	(-0.39702, 0.005585, -0.917793), (-0.025285, -0.999668, 0.004855), (-0.917462, 0.025134, 0.39703)	-68.6073, -221.531998, -44.6595
9	given	(-0.366788, 0.049073, -0.929009), (0.053129, -0.995873, -0.073581), (-0.928786, -0.076346, 0.362667)	-61.457699, -226.110001, -65.714996
10	given	(-0.41274, -0.01507, -0.910724), (-0.007277, -0.999777, 0.019842), (-0.91082, 0.014817, 0.412538)	-72.291496, -219.626999, -45.097301
11	given	(-0.372124, 0.01162, -0.92811), (-0.053981, -0.9985, 0.009142), (-0.926612, 0.053503, 0.372194)	-66.715302, -222.889999, -42.202
12	given	(-0.438959, 0.036788, -0.897753), (-0.034081, -0.999124, -0.024278), (-0.89786, 0.01994, 0.439829)	-69.494202, -221.397995, -42.592899
13	given	(-0.391953, -0.006104, -0.919965), (-0.040048, -0.998917, 0.02369), (-0.919113, 0.046129, 0.391284)	-70.193604, -220.983994, -42.0611
14	given	(-0.382855, -0.005881, -0.92379), (-0.04862, -0.998466, 0.026507), (-0.922528, 0.055063, 0.381982)	-70.026398, -221.160995, -41.588799

詳細

biological unit is the same as asym.

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 26459.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZSI4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK2, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks) (大腸菌) 株: ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks / 参照: UniProt: B1IYV1, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

#5: タンパク質

RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70

分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-42U / 4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-2-(trifluoromethyl)aniline / CBR-9393 / CBR-9393 分子量: 433.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃F₄N₅
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MES, calcium acetate, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.68→40 Å / Num. obs: 113807 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 18.3 % / B_iso Wilson estimate: 139.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.148 / Χ²: 1.392 / Net I/av σ(I): 15.068 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 2086355

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs
3.68-3.83	16.8	10864	0.947	86.4
3.83-3.99	18.2	11012	0.964	87.6
3.99-4.17	18.9	11096	0.999	87.9
4.17-4.39	19.1	11134	1.073	88	0.841
4.39-4.66	19.3	11091	1.14	87.9	0.574
4.66-5.02	19.3	11188	1.18	88.1	0.429
5.02-5.52	19	11354	1.196	89.5	0.358
5.52-6.32	18.6	11749	1.281	91.9	0.267
6.32-7.95	18	12046	1.983	93.6	0.137
7.95-40	16.3	12273	3.179	92.7	0.052

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LJZ

4ljz

解像度: 3.683→39.934 Å / FOM work R set: 0.7167 / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2861	5685	5.02 %
R_work	0.24	107492	-
obs	0.2424	113177	88.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 269.43 Å² / B_iso mean: 97.91 Å² / B_iso min: 8.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.683→39.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55676	0	68	0	55744
B_iso mean	-	-	83.79	-	-
残基数	-	-	-	-	7078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	56555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	76323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	8680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	10001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.803	21826

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	8085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015
1	2	I	8085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015
2	1	C	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	2	I	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
3	1	C	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
3	2	I	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
4	1	C	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
4	2	I	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
5	1	C	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
5	2	I	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
6	1	C	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
6	2	I	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
7	1	C	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
7	2	I	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
8	1	C	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
8	2	I	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
9	1	F	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
9	2	L	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
10	1	F	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
10	2	L	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
11	1	A	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
11	2	G	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
12	1	B	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
12	2	H	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
13	1	D	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
13	2	J	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
14	1	D	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
14	2	J	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.6827-3.7245	0.3903	160	0.3517	2680	2840	68
3.7245-3.7683	0.4213	163	0.3416	3372	3535	83
3.7683-3.8142	0.4106	181	0.3308	3398	3579	86
3.8142-3.8625	0.3718	192	0.3133	3493	3685	87
3.8625-3.9132	0.4299	179	0.3206	3540	3719	87
3.9132-3.9668	0.4031	178	0.3217	3520	3698	88
3.9668-4.0234	0.3683	193	0.3112	3441	3634	87
4.0234-4.0834	0.373	200	0.3047	3527	3727	88
4.0834-4.1472	0.3385	191	0.2803	3530	3721	88
4.1472-4.2151	0.3575	194	0.2967	3505	3699	88
4.2151-4.2877	0.3565	195	0.2845	3533	3728	88
4.2877-4.3656	0.3671	204	0.2772	3492	3696	88
4.3656-4.4494	0.3384	186	0.2646	3530	3716	88
4.4494-4.5401	0.3376	177	0.2574	3532	3709	87
4.5401-4.6387	0.3142	176	0.2533	3534	3710	88
4.6387-4.7464	0.3128	195	0.2453	3495	3690	87
4.7464-4.8649	0.3565	188	0.248	3576	3764	88
4.8649-4.9962	0.3435	192	0.2415	3529	3721	88
4.9962-5.1429	0.3325	196	0.2413	3585	3781	89
5.1429-5.3086	0.3167	179	0.2302	3629	3808	90
5.3086-5.4979	0.312	176	0.2268	3646	3822	90
5.4979-5.7174	0.3049	174	0.23	3757	3931	91
5.7174-5.9768	0.2918	228	0.2287	3665	3893	92
5.9768-6.2907	0.2795	176	0.2274	3845	4021	93
6.2907-6.6832	0.2909	182	0.2243	3803	3985	93
6.6832-7.1964	0.2857	196	0.2257	3832	4028	94
7.1964-7.9155	0.2388	206	0.2057	3854	4060	94
7.9155-9.0493	0.2279	202	0.1915	3844	4046	93
9.0493-11.3575	0.1728	209	0.1779	3850	4059	93
11.3575-39.9365	0.2463	217	0.2532	3955	4172	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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