PDB-4xsy: Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xsy

タイトル

Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

transcription/antibiotic / bacterial RNA polymerase antibiotic complex / transcription-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : ...
類似検索 - 分子機能

RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)

Citrobacter koseri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.007 Å

データ登録者

Bae, B. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: CBR antimicrobials inhibit RNA polymerase via at least two bridge-helix cap-mediated effects on nucleotide addition.
著者: Bae, B. / Nayak, D. / Ray, A. / Mustaev, A. / Landick, R. / Darst, S.A.

履歴

登録	2015年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2016年3月23日	Group: Other
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xsy.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xsy.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xsxC 4xszC 4ljzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kmu-2 5uaj-1 4kn4-1 5uah-1 6cux-2 5uac-1 4jk1-2 4jk2-1 4kmu-1 4xsx-1 5uag-1 5ual-2 6cux-1 5uag-2 5ual-1 4lk1-1 5uaj-2 4mex-2 4yfk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (26) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (9)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

861 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	185.394, 206.773, 310.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	3 - 30
1	2	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	140 - 150
1	3	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	445 - 455
1	4	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	513 - 713
1	5	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	786 - 832
1	6	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	1056 - 1295
2	1	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	3 - 30
2	2	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	140 - 150
2	3	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	445 - 455
2	4	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	513 - 713
2	5	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	786 - 832
2	6	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	1056 - 1295
1	1	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	31 - 139
1	2	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	456 - 512
2	1	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	31 - 139
2	2	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	456 - 512
1	1	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	151 - 225
1	2	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	340 - 444
2	1	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	151 - 225
2	2	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	340 - 444
1	1	4	chain C and resseq 226:339	C	226 - 339
2	1	4	chain I and resseq 226:339	I	226 - 339
1	1	5	chain C and resseq 714:785	C	714 - 785
2	1	5	chain I and resseq 714:785	I	714 - 785
1	1	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	833 - 937
1	2	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	1040 - 1055
2	1	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	833 - 937
2	2	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	1040 - 1055
1	1	7	chain C and resseq 938:1039	C	938 - 1039
2	1	7	chain I and resseq 938:1039	I	938 - 1039
1	1	8	(chain C and resseq 1296:1342) or (chain D and (resseq...	C	1296 - 1342
2	1	8	(chain I and resseq 1296:1342) or (chain J and (resseq...	I	1296 - 1342
1	1	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	128 - 167
1	2	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	212 - 236
1	3	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	242 - 374
2	1	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	128 - 167
2	2	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	212 - 236
2	3	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	242 - 374
1	1	10	chain F and resseq 445:550	F	445 - 550
2	1	10	chain L and resseq 445:550	L	445 - 550
1	1	11	chain A and resseq 9:231	A	9 - 231
2	1	11	chain G and resseq 9:231	G	9 - 231
1	1	12	chain B and resseq 9:234	B	9 - 234
2	1	12	chain H and resseq 9:234	H	9 - 234
1	1	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	809 - 931
1	2	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1127 - 1150
1	3	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1216 - 1344
1	4	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1410
2	1	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	809 - 931
2	2	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1127 - 1150
2	3	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1216 - 1344
2	4	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1410
1	1	14	chain D and resseq 1151:1215	D	0
2	1	14	chain J and resseq 1151:1215	J	0

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.391315, -0.008103, -0.920221), (-0.042075, -0.998758, 0.026686), (-0.919294, 0.04916, 0.390488)	-70.9254, -221.447006, -41.531799
2	given	(-0.448056, 0.035043, -0.893319), (-0.067718, -0.997691, -0.005173), (-0.891437, 0.058176, 0.449394)	-67.246002, -225.703003, -33.5499
3	given	(-0.324621, 0.09701, -0.940856), (-0.095011, -0.99304, -0.069609), (-0.94106, 0.066795, 0.331578)	-53.6143, -232.630005, -45.916
4	given	(-0.312144, 0.119991, -0.942427), (-0.10266, -0.990443, -0.092103), (-0.944472, 0.068, 0.321479)	-50.067001, -235.074005, -46.834702
5	given	(-0.392458, -0.015244, -0.919644), (-0.03628, -0.998828, 0.032039), (-0.919054, 0.045939, 0.391445)	-72.080299, -220.470001, -41.833599
6	given	(-0.430093, -0.014466, -0.902669), (-0.016525, -0.999578, 0.023892), (-0.902633, 0.025192, 0.429672)	-73.325203, -219.850998, -42.124901
7	given	(-0.386818, 0.002608, -0.922152), (-0.050536, -0.998553, 0.018375), (-0.92077, 0.053709, 0.386391)	-68.674301, -222.802002, -40.949501
8	given	(-0.396715, -0.00029, -0.917942), (-0.024332, -0.999645, 0.010832), (-0.917619, 0.026633, 0.396567)	-69.828499, -221.565994, -44.466499
9	given	(-0.377727, 0.042199, -0.924955), (0.055063, -0.996169, -0.067934), (-0.924278, -0.076592, 0.373956)	-62.641102, -226.179993, -64.916603
10	given	(-0.415004, -0.014956, -0.909697), (-0.008779, -0.999753, 0.020442), (-0.909777, 0.01647, 0.41477)	-72.5877, -220.029999, -44.658798
11	given	(-0.395711, -0.001339, -0.918374), (-0.042896, -0.998881, 0.01994), (-0.917373, 0.047285, 0.39521)	-70.172302, -221.710007, -41.281601
12	given	(-0.398658, -0.025395, -0.916748), (-0.046525, -0.997769, 0.047871), (-0.915919, 0.061736, 0.396588)	-73.516098, -220.932999, -39.547901
13	given	(-0.395278, -0.011609, -0.918488), (-0.039312, -0.99879, 0.029542), (-0.91772, 0.047785, 0.394344)	-71.4076, -221.016998, -41.599998
14	given	(-0.391059, -0.008371, -0.920328), (-0.045473, -0.998562, 0.028405), (-0.919242, 0.052958, 0.390115)	-71.050003, -221.386993, -41.214001

詳細

biological unit is the same as asym.

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 26459.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZSI4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK2, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア) 株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 参照: UniProt: A8ARN6, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

#5: タンパク質

RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70

分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-42T / 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide / CBR-9379 / CBR-9379 分子量: 483.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₅Cl₂F₃N₄O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MES, calcium acetate, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4→40.37 Å / Num. obs: 97422 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 16.2 % / B_iso Wilson estimate: 195.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Χ²: 1.556 / Net I/av σ(I): 23.74 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 1579649

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs
4-4.14	14	9438	0.943	96.7
4.14-4.31	15.1	9494	0.982	97
4.31-4.5	15.8	9558	1.093	97.6
4.5-4.74	16.3	9608	1.09	97.8	0.959
4.74-5.04	16.7	9612	1.113	98.2	0.771
5.04-5.43	16.9	9713	1.124	98.7	0.616
5.43-5.97	17	9810	1.18	99.2	0.483
5.97-6.83	17.5	9868	1.429	99.7	0.301
6.83-8.59	17.7	10013	2.56	100	0.135
8.59-40	15.1	10308	3.827	99.9	0.058

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LJZ

4ljz

解像度: 4.007→40.363 Å / FOM work R set: 0.7239 / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	4847	5.03 %
R_work	0.2354	91591	-
obs	0.2372	96438	95.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 422.88 Å² / B_iso mean: 97.62 Å² / B_iso min: 0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.007→40.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55676	0	70	0	55746
B_iso mean	-	-	111.75	-	-
残基数	-	-	-	-	7078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	56555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	76323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	8680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	10005
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.16	21810

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	8086	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
1	2	I	8086	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	1	C	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	2	I	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
3	1	C	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
3	2	I	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
4	1	C	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
4	2	I	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
5	1	C	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
5	2	I	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
6	1	C	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
6	2	I	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
7	1	C	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
7	2	I	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
8	1	C	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
8	2	I	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
9	1	F	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
9	2	L	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
10	1	F	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
10	2	L	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
11	1	A	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
11	2	G	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
12	1	B	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
12	2	H	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
13	1	D	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
13	2	J	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
14	1	D	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
14	2	J	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
4.0069-4.0524	0.4373	44	0.4494	883	927	28
4.0524-4.1	0.428	162	0.3644	2868	3030	91
4.1-4.15	0.3836	164	0.3398	3053	3217	96
4.15-4.2025	0.3756	177	0.3312	3047	3224	97
4.2025-4.2577	0.3836	159	0.3268	3013	3172	97
4.2577-4.316	0.4216	163	0.3032	3067	3230	96
4.316-4.3776	0.3372	182	0.2917	3025	3207	98
4.3776-4.4428	0.3479	167	0.285	3068	3235	97
4.4428-4.5122	0.3224	153	0.2697	3084	3237	97
4.5122-4.586	0.295	163	0.285	3076	3239	98
4.586-4.665	0.3656	171	0.2763	3053	3224	97
4.665-4.7497	0.325	161	0.2707	3094	3255	98
4.7497-4.8409	0.3443	155	0.2684	3106	3261	99
4.8409-4.9396	0.2906	155	0.26	3116	3271	98
4.9396-5.0468	0.3556	166	0.2598	3113	3279	98
5.0468-5.1639	0.336	181	0.2508	3095	3276	98
5.1639-5.2928	0.3268	158	0.2527	3110	3268	99
5.2928-5.4356	0.3198	164	0.2457	3148	3312	99
5.4356-5.5951	0.3554	145	0.2445	3160	3305	99
5.5951-5.7752	0.3174	166	0.2408	3161	3327	99
5.7752-5.981	0.3074	189	0.2368	3133	3322	99
5.981-6.2197	0.2983	131	0.2277	3197	3328	99
6.2197-6.5016	0.2951	162	0.22	3170	3332	100
6.5016-6.8428	0.2627	158	0.2271	3226	3384	100
6.8428-7.2692	0.2793	172	0.2172	3173	3345	100
7.2692-7.8267	0.2446	165	0.1997	3233	3398	100
7.8267-8.6075	0.2189	182	0.1948	3231	3413	100
8.6075-9.8372	0.1979	181	0.1759	3234	3415	100
9.8372-12.3349	0.185	163	0.1819	3258	3421	99
12.3349-40.3647	0.2628	188	0.2749	3396	3584	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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