[日本語] English
万見
- PDB-4xru: Structure of Pnkp1/Rnl/Hen1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xru
タイトルStructure of Pnkp1/Rnl/Hen1 complex
要素
  • Hen1
  • Pnkp1
  • Rnl
キーワードPROTEIN BINDING / RNA repair / kinase / phosphatase / methyltransferase / ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / RNA methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / Vaccinia Virus protein VP39 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / Vaccinia Virus protein VP39 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Uncharacterized protein / Polynucleotide kinase / Polynucleotide kinase-phosphatase ligase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Wang, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Reconstitution and structure of a bacterial Pnkp1-Rnl-Hen1 RNA repair complex.
著者: Wang, P. / Selvadurai, K. / Huang, R.H.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pnkp1
B: Rnl
C: Hen1
D: Pnkp1
E: Rnl
F: Hen1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,58526
ポリマ－269,7876
非ポリマー3,79820
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24730 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area97150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.483, 187.245, 111.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Pnkp1


分子量: 36739.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
株: ATCC 33624 / 遺伝子: CAPGI0001_2485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2M8N3
#2: タンパク質 Rnl


分子量: 46592.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
株: ATCC 33624 / 遺伝子: CAPGI0001_2487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2M8N4
#3: タンパク質 Hen1


分子量: 51561.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
株: ATCC 33624 / 遺伝子: CAPGI0001_1566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2M7I7

-
非ポリマー , 7種, 112分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 65456 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 13.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.41→42.93 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 4285 3.78 %
Rwork0.176 --
obs0.179 56120 98.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 85.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15680 0 2941 92 18713
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.2319 Å / Origin y: 4.919 Å / Origin z: -23.1882 Å
111213212223313233
T0.5456 Å2-0.1253 Å2-0.0453 Å2-0.4341 Å20.0243 Å2--0.5095 Å2
L0.4561 °2-0.5367 °2-0.0923 °2-0.6156 °20.0821 °2--0.0456 °2
S0.0821 Å °0.1088 Å °-0.0424 Å °0.0013 Å °-0.0897 Å °-0.015 Å °0.0006 Å °-0.0218 Å °0.0089 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1allA142 - 312
3X-RAY DIFFRACTION1allA501
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 394
5X-RAY DIFFRACTION1allB501
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 377
7X-RAY DIFFRACTION1allC390 - 436
8X-RAY DIFFRACTION1allC501
9X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 122
10X-RAY DIFFRACTION1allD145 - 312
11X-RAY DIFFRACTION1allD501
12X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 394
13X-RAY DIFFRACTION1allE501
14X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 377
15X-RAY DIFFRACTION1allF390 - 436
16X-RAY DIFFRACTION1allF501
17X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 5
18X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 6
19X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 157
20X-RAY DIFFRACTION1allG1
21X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 3
22X-RAY DIFFRACTION1allG4 - 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る