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- PDB-4xrq: Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrq
タイトルDisulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) in complex with PF-3450074
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1B0 / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Price, A.J. / James, L.C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: HIV-1 Resistance to the Capsid-Targeting Inhibitor PF74 Results in Altered Dependence on Host Factors Required for Virus Nuclear Entry.
著者: Zhou, J. / Price, A.J. / Halambage, U.D. / James, L.C. / Aiken, C.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8952
ポリマ－25,4691
非ポリマー4261
水1,67593
1
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,36912
ポリマ－152,8166
非ポリマー2,5536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area15360 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area59760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.350, 90.350, 56.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / Pr55Gag / CA


分子量: 25469.318 Da / 分子数: 1 / 変異: A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-1B0 / N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE


分子量: 425.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→78.245 Å / Num. all: 19460 / Num. obs: 19460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 8.914 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 118725
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.0660.6681.21696828420.2990.6682.4100
2.06-2.1860.39421598726570.1750.3944.4100
2.18-2.336.10.2622.91518725080.1160.2626.7100
2.33-2.526.10.1894.11429323380.0830.1899.1100
2.52-2.766.20.1315.81326721550.0570.13113100
2.76-3.086.20.0799.71214919600.0340.07919.5100
3.08-3.566.20.051141081517380.0220.05128.8100
3.56-4.366.20.03917.3910614580.0170.03938.1100
4.36-6.176.20.03220.5717011510.0140.03239.6100
6.17-39.1235.80.02817.637836530.0130.02839.999.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.12 Å
Translation2.5 Å39.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3h47

3h47


解像度: 1.95→39.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2099 / WRfactor Rwork: 0.1767 / FOM work R set: 0.8458 / SU B: 3.448 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / SU Rfree: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 995 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 18460 --
obs0.1906 18460 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.57 Å2 / Biso mean: 35.385 Å2 / Biso min: 17.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å2-0 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 32 93 1764
Biso mean--37.23 34.73 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.9772348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7393.0013768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8345217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6452568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.64215280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.902158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3734.471862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3694.468861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6787.5111075
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 79 -
Rwork0.275 1344 -
all-1423 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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