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- PDB-4xrf: Crystal structure of MepR like protein complexed with pseudoligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrf
タイトルCrystal structure of MepR like protein complexed with pseudoligands
要素Transcriptional regulator, MarR family
キーワードTRANSCRIPTION / WINGED HELIX TURN HELIX TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / ISOQUINOLINE / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Hong, M. / Kim, M.I. / Cho, M.U.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of MepR like protein complexed with pseudoligands
著者: Hong, M. / Kim, M.I. / Cho, M.U.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,58011
ポリマ－16,5311
非ポリマー1,04810
水1,18966
1
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,31844
ポリマ－66,1254
非ポリマー4,19340
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area17640 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.172, 111.172, 67.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

PO4

21A-208-

PO4

31A-322-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -X+Y, Y, -Z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MarR family / MepR-like transcription factor


分子量: 16531.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_0657 / プラスミド: pET49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81HX3

-
非ポリマー , 7種, 76分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ISQ / ISOQUINOLINE / イソキノリン


分子量: 129.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M phosphate citrate, 2.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日 / 詳細: certical focusing toroidal, rhodium coated
放射モノクロメーター: DCM Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 13502 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 5.479 / Net I/av σ(I): 83.969 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 277710
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.16-2.218.10.3376462.33798.9
2.2-2.2420.80.3316742.706100
2.24-2.2821.50.2846603.058100
2.28-2.3321.30.276693.215100
2.33-2.3821.50.2396513.71100
2.38-2.4321.20.2296653.831100
2.43-2.4921.40.2156843.873100
2.49-2.5621.40.1936514.157100
2.56-2.6421.30.1766814.537100
2.64-2.7221.10.1576675.258100
2.72-2.8221.30.1456725.376100
2.82-2.9321.20.136746.036100
2.93-3.0621.20.1216736.745100
3.06-3.2321.10.1086817.154100
3.23-3.43210.1036778.309100
3.43-3.6920.80.0916938.746100
3.69-4.0620.50.0826929.197100
4.06-4.6519.70.0696987.85599.3
4.65-5.8619.30.0637147.08899.7
5.86-5015.90.0566805.98586.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→26.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.708 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 670 5 %RANDOM
Rwork0.2131 12815 --
obs0.2144 12822 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.63 Å2 / Biso mean: 45.695 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.43 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→26.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 62 69 1287
Biso mean--60.49 52 -
残基数----142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.782.0171661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0795147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.24124.18255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.41215235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.581159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.447576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6522.154720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6442.037658
LS精密化 シェル解像度: 2.162→2.219 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 53 -
Rwork0.255 912 -
all-965 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8910.9093-0.91071.09090.41651.3144-0.3032-0.0447-0.18250.05060.2634-0.10710.22390.10870.03980.46420.05310.03440.3267-0.03160.0293-46.361-14.1680.175
22.3344-0.0474-0.57733.14660.86273.2166-0.32210.3066-0.1307-0.39190.4494-0.2799-0.09850.1105-0.12720.4871-0.11040.12820.4662-0.16810.0955-35.234-9.713-15.843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 34
2X-RAY DIFFRACTION1A35 - 53
3X-RAY DIFFRACTION1A99 - 146
4X-RAY DIFFRACTION2A54 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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