PDB-4xqn: Crystal structure of AgrA LytTR domain in complex with promoters

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xqn

タイトル

Crystal structure of AgrA LytTR domain in complex with promoters

要素

Accessory gene regulator A
DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

キーワード

DNA/DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gopal, B. / Rajasree, K.

引用

ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2016
タイトル: Conformational features of theStaphylococcus aureusAgrA-promoter interactions rationalize quorum-sensing triggered gene expression.
著者: Rajasree, K. / Fasim, A. / Gopal, B.

履歴

登録	2015年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4xqn_full_validation.pdf.gz	501.7 KB	表示
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CIF形式データ	4xqn_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xqjC 4xqqC 4xxeC 4xyoC 4xyqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xqj-2 4xqj-1 3bkt-2 3v8o-2 2vaj-1 2qwu-1 1k95-d 3bkt-3 6zb6-4 2qwu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

E: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

F: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

H: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

I: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

K: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

L: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

A: Accessory gene regulator A

D: Accessory gene regulator A

G: Accessory gene regulator A

J: Accessory gene regulator A

ヘテロ分子

78.7 kDa, 12 ポリマー
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1

B: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

A: Accessory gene regulator A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 3 ポリマー
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2

E: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

F: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

D: Accessory gene regulator A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 3 ポリマー
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3

H: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

I: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

G: Accessory gene regulator A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 3 ポリマー
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4

K: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')

L: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')

J: Accessory gene regulator A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.170, 61.320, 64.100
Angle α, β, γ (deg.)	91.09, 97.48, 94.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	DA	DA	DT	DT	B	A	5 - 16	1 - 12
2	1	DA	DA	DT	DT	E	C	5 - 16	1 - 12
1	2	DA	DA	DT	DT	B	A	5 - 16	1 - 12
2	2	DA	DA	DT	DT	H	E	5 - 16	1 - 12
1	3	DA	DA	DT	DT	C	B	1 - 13	1 - 13
2	3	DA	DA	DT	DT	F	D	1 - 13	1 - 13
1	4	DA	DA	DG	DG	C	B	2 - 12	2 - 12
2	4	DA	DA	DG	DG	I	F	2 - 12	2 - 12
1	5	DA	DA	DG	DG	C	B	2 - 12	2 - 12
2	5	DA	DA	DG	DG	L	H	2 - 12	2 - 12
1	6	DA	DA	DT	DT	E	C	5 - 16	1 - 12
2	6	DA	DA	DT	DT	H	E	5 - 16	1 - 12
1	7	DA	DA	DG	DG	F	D	2 - 12	2 - 12
2	7	DA	DA	DG	DG	I	F	2 - 12	2 - 12
1	8	DA	DA	DG	DG	F	D	2 - 12	2 - 12
2	8	DA	DA	DG	DG	L	H	2 - 12	2 - 12
1	9	DA	DA	DT	DT	I	F	2 - 13	2 - 13
2	9	DA	DA	DT	DT	L	H	2 - 13	2 - 13
1	10	GLU	GLU	LYS	LYS	A	I	141 - 236	2 - 97
2	10	GLU	GLU	LYS	LYS	D	J	141 - 236	2 - 97
1	11	GLU	GLU	LYS	LYS	A	I	141 - 236	2 - 97
2	11	GLU	GLU	LYS	LYS	G	K	141 - 236	2 - 97
1	12	GLU	GLU	LYS	LYS	A	I	141 - 236	2 - 97
2	12	GLU	GLU	LYS	LYS	J	L	141 - 236	2 - 97
1	13	GLU	GLU	ILE	ILE	D	J	141 - 238	2 - 99
2	13	GLU	GLU	ILE	ILE	G	K	141 - 238	2 - 99
1	14	GLU	GLU	ILE	ILE	D	J	141 - 238	2 - 99
2	14	GLU	GLU	ILE	ILE	J	L	141 - 238	2 - 99
1	15	GLU	GLU	ILE	ILE	G	K	141 - 238	2 - 99
2	15	GLU	GLU	ILE	ILE	J	L	141 - 238	2 - 99

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPAPGPTPTPAPAPGPAPAPT)-3') 分子量: 3694.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPAPTPTPCPTPTPAPAPCPTPGPT)-3') 分子量: 3940.595 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質	Accessory gene regulator A 分子量: 11910.455 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 140-238 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: agrA, SACOL2026 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q5HEG2
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% 2-propanol, 20% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→44.69 Å / Num. obs: 29349 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
SCALA		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→44.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 7.815 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2475	1465	5 %	RANDOM
R_work	0.21127	-	-	-
obs	0.21303	27875	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.04 Å²	-1.73 Å²	-0.65 Å²
2-	-	1.04 Å²	0.67 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3223	1983	36	93	5335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.016	5544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.601	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.761	3	9601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.93	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.834	23.089	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.551	15	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.597	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.857	3.944	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.854	3.942	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.388	5.898	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.387	5.902	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.567	4.796	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.566	4.796	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.725	7.143	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.521	42.227	22868
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.521	42.228	22869
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	3822	0.01
1	2	E	3822	0.01
2	1	B	3820	0.01
2	2	H	3820	0.01
3	1	C	4094	0.05
3	2	F	4094	0.05
4	1	C	3396	0.05
4	2	I	3396	0.05
5	1	C	3416	0
5	2	L	3416	0
6	1	E	3828	0.01
6	2	H	3828	0.01
7	1	F	3428	0.01
7	2	I	3428	0.01
8	1	F	3402	0.05
8	2	L	3402	0.05
9	1	I	3738	0.05
9	2	L	3738	0.05
10	1	A	23572	0.07
10	2	D	23572	0.07
11	1	A	23484	0.04
11	2	G	23484	0.04
12	1	A	23650	0.04
12	2	J	23650	0.04
13	1	D	23550	0.06
13	2	G	23550	0.06
14	1	D	23976	0.05
14	2	J	23976	0.05
15	1	G	24074	0.05
15	2	J	24074	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	120	-
R_work	0.255	2054	-
obs	-	-	96.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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