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- PDB-4xq7: The crystal structure of the OAS-like domain (OLD) of human OASL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xq7
タイトルThe crystal structure of the OAS-like domain (OLD) of human OASL
要素2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein
キーワードTRANSFERASE / OAS / oligoadenylate synthetase / oligoadenylate synthetase-like / OASL / 2'-5' oligoadenylate synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RIG-I signaling pathway / interleukin-27-mediated signaling pathway / OAS antiviral response / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of viral genome replication / nucleotidyltransferase activity / response to virus / Interferon gamma signaling / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling ...positive regulation of RIG-I signaling pathway / interleukin-27-mediated signaling pathway / OAS antiviral response / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of viral genome replication / nucleotidyltransferase activity / response to virus / Interferon gamma signaling / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / innate immune response / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain ...2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ibsen, M.S. / Gad, H.H. / Andersen, L.L. / Hornung, V. / Julkunen, I. / Sarkar, S.N. / Hartmann, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis reveals that human OASL binds dsRNA to enhance RIG-I signaling.
著者: Ibsen, M.S. / Gad, H.H. / Andersen, L.L. / Hornung, V. / Julkunen, I. / Sarkar, S.N. / Hartmann, R.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8081
ポリマ－41,8081
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 57.620, 64.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein / 2'-5'-OAS-related protein / 2'-5'-OAS-RP / 59 kDa 2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein / ...2'-5'-OAS-related protein / 2'-5'-OAS-RP / 59 kDa 2'-5'-oligoadenylate synthase-like protein / Thyroid receptor-interacting protein 14 / TRIP-14 / p59 OASL / p59OASL


分子量: 41807.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OASL, TRIP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15646
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM LiSO4 and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350.
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.51 Å / Num. obs: 52563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07312 / Net I/σ(I): 13.97
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7549 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. measured obs: 19682 / Num. unique all: 5258 / CC1/2: 0.636 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1px5

1px5


解像度: 1.6→35.505 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 1577 3 %
Rwork0.1671 --
obs0.1679 52556 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2749 0 0 402 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2033827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6031051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.65170.29891430.24924629X-RAY DIFFRACTION100
1.6517-1.71070.23911420.22434586X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.77920.25341420.20494599X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.86020.23051430.19044633X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.95830.20641430.16664614X-RAY DIFFRACTION100
1.9583-2.08090.21241420.16094605X-RAY DIFFRACTION100
2.0809-2.24160.18261440.15584637X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.46710.17711420.15184614X-RAY DIFFRACTION100
2.4671-2.8240.19031450.15534667X-RAY DIFFRACTION100
2.824-3.55740.16741440.16444654X-RAY DIFFRACTION100
3.5574-35.5140.17251470.15464741X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1241-1.4326-3.15540.90821.65393.33910.1535-0.23780.256-0.12070.0194-0.1828-0.429-0.0422-0.15870.1599-0.02080.04290.0987-0.01690.151641.13356.609349.7977
22.22452.78940.74327.35552.78162.2516-0.0840.2483-0.0536-0.40480.0750.1276-0.02590.026-0.00260.08480.0218-0.0160.1098-0.00340.095838.810832.463426.8214
31.09060.0503-0.05861.35940.39670.75990.0357-0.0197-0.07120.002-0.0690.1130.0043-0.10680.01550.06930.00120.01030.0802-0.00080.083237.281428.823635.1727
44.0923.6291-0.11826.25091.30641.27540.01790.0174-0.34360.0318-0.1552-0.08030.1875-0.25530.12550.1054-0.01430.03110.1685-0.02340.115321.59730.987442.2104
53.2631-2.4811.26287.5606-3.53833.40830.1447-0.06130.0476-0.2393-0.1475-0.25140.28040.16340.00690.0970.00880.01730.0976-0.00850.049637.869743.28853.0606
61.64440.90910.10312.2210.93121.18360.0963-0.30220.08290.1878-0.1820.20070.0469-0.21570.06050.1077-0.00890.01630.1926-0.00420.092324.809542.678156.7046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 170 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 203 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 204 through 232 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 233 through 348 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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