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- PDB-4xq3: Crystal structure of Sso-SmAP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xq3
タイトルCrystal structure of Sso-SmAP2
要素Like-Sm ribonucleoprotein core
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Archael proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Like-Sm ribonucleoprotein core
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Martens, B. / Kreuter, M.J. / Grishkovskaya, I. / Manica, M. / Arkhipova, V. / Blasi, U. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Life / 年: 2015
タイトル: The Heptameric SmAP1 and SmAP2 Proteins of the Crenarchaeon Sulfolobus Solfataricus Bind to Common and Distinct RNA Targets.
著者: Martens, B. / Bezerra, G.A. / Kreuter, M.J. / Grishkovskaya, I. / Manica, A. / Arkhipova, V. / Djinovic-Carugo, K. / Blasi, U.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Like-Sm ribonucleoprotein core
B: Like-Sm ribonucleoprotein core
C: Like-Sm ribonucleoprotein core
D: Like-Sm ribonucleoprotein core
E: Like-Sm ribonucleoprotein core
F: Like-Sm ribonucleoprotein core
G: Like-Sm ribonucleoprotein core


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2307
ポリマ－71,2307
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area23900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.214, 197.214, 38.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Like-Sm ribonucleoprotein core


分子量: 10175.745 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain 98/2) (古細菌)
株: 98/2 / 遺伝子: Ssol_1181 / プラスミド: pPROEX-Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW4130 deltahfq / 参照: UniProt: D0KRQ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M citric acid, 25% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.36
反射解像度: 2.6→98.607 Å / Num. all: 17319 / Num. obs: 17319 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.141 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 4.815 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 91134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.745.10.990.71277025190.490.992.1100
2.74-2.915.40.6431.11297123970.3040.6433.3100
2.91-3.115.30.4131.71187322490.1980.4134.8100
3.11-3.3650.23431054421010.1160.2347.2100
3.36-3.685.40.16441041319170.0770.16410.5100
3.68-4.115.30.1215.5929917390.0580.12113.1100
4.11-4.755.20.0817.9802615430.0390.08118.5100
4.75-5.815.50.0788.5709313000.0370.07817.2100
5.81-8.225.20.06910.1527310080.0330.06915.899.9
8.22-49.3045.30.05810.828725460.0280.05820.299.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å49.3 Å
Translation2.6 Å49.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jri

1jri


解像度: 2.6→49.303 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.78 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1775 878 5.07 %
Rwork0.1409 16430 -
obs0.1442 17319 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.17 Å2 / Biso mean: 55.0035 Å2 / Biso min: 24.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4334 0 0 50 4384
Biso mean---48.08 -
残基数----552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0915885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4641700
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6003-2.76310.32531640.25982699286394
2.7631-2.97620.24981450.21652773291895
2.9762-3.27530.20791480.17712735288395
3.2753-3.74830.16831380.15142724286295
3.7483-4.7190.15181420.11282749289195
4.719-28.46710.14331410.1122750289195
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 134.3083 Å / Origin y: 148.0233 Å / Origin z: 95.0828 Å
111213212223313233
T0.3982 Å2-0.0295 Å20.0455 Å2-0.3251 Å20.1046 Å2--0.1619 Å2
L2.1943 °2-0.1531 °20.2541 °2-0.8179 °20.7661 °2--0.2909 °2
S-0.0622 Å °-0.0117 Å °-0.0237 Å °-0.02 Å °0.0077 Å °-0.034 Å °-0.0241 Å °-0.0814 Å °0.0577 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 82
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 82
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 82
5X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 82
6X-RAY DIFFRACTION1allF5 - 87
7X-RAY DIFFRACTION1allG5 - 85
8X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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