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- PDB-4xpf: X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpf
タイトルX-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) bound to RTI-55
要素
  • (ANTIBODY FRAGMENT ...) x 2
  • Dopamine transporter-protein
キーワードtransport protein/inhibitor / all alpha-helical integral membrane protein / transport protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / norepinephrine transport / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / norepinephrine transport / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / neuronal cell body membrane / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-42F / CHOLESTEROL / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.273 Å
Model detailsD.melanogaster DAT construct with mutations V74A, D121G, L415A, S426M, with N-terminal deletion 1- ...D.melanogaster DAT construct with mutations V74A, D121G, L415A, S426M, with N-terminal deletion 1-20, EL2 deletion between 164-206 and C-terminal thrombin insertion at residues 602-607. Molecule crystallized in complexed with antibody fragment-9D5 using hanging-drop vapour diffusion method.
データ登録者Penmatsa, A. / Wang, K.H. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Neurotransmitter and psychostimulant recognition by the dopamine transporter.
著者: Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Gouaux, E.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dopamine transporter-protein
L: ANTIBODY FRAGMENT HEAVY CHAIN-PROTEIN, 9D5-HEAVY CHAIN
H: ANTIBODY FRAGMENT LIGHT CHAIN-PROTEIN, 9D5-LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,57211
ポリマ－112,6883
非ポリマー1,8858
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.415, 140.312, 166.962
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 ANTIBODY FRAGMENT HEAVY CHAIN-PROTEIN, 9D5-HEAVY CHAIN


分子量: 25840.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: hybridoma cells / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 ANTIBODY FRAGMENT LIGHT CHAIN-PROTEIN, 9D5-LIGHT CHAIN


分子量: 25921.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: hybridoma cells / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Dopamine transporter-protein


分子量: 60925.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dDAT / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): GnTI-, HEK293s / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7K4Y6*PLUS
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 6種, 13分子

#5: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#6: 化合物 ChemComp-42F / methyl (1R,2S,3S,5S)-3-(4-iodophenyl)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octane-2-carboxylate / β-CIT


分子量: 385.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20INO2
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.11 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: PEG 400 39%, Bicine 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→50 Å / Num. obs: 32190 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 114.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 3.345 / Net I/av σ(I): 18.721 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 126634
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
3.27-3.393.432152.68691.3
3.39-3.523.832702.92792.3
3.52-3.683.832563.21291.80.838
3.68-3.883.832802.99691.50.743
3.88-4.123.932293.093910.432
4.12-4.44432533.23990.90.218
4.44-4.884.132203.45689.70.147
4.88-5.594.232013.45688.50.121
5.59-7.044.331683.56386.70.106
7.04-50430984.657810.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M48

4m48


解像度: 3.273→48.324 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Residue H CYS 134 and Residue H GLY 139 are not properly linked: distance between C and N is 10.88.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 1605 5.01 %
Rwork0.2412 30434 -
obs0.2439 32039 89.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 307.85 Å2 / Biso mean: 110.3196 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.273→48.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7385 0 141 6 7532
Biso mean--124.13 99.41 -
残基数----961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9210559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9072686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2733-3.37890.44221360.40772728286489
3.3789-3.49970.43631750.39292772294792
3.4997-3.63970.40091510.35262819297092
3.6397-3.80530.38721410.35782774291591
3.8053-4.00580.35451470.30792795294291
4.0058-4.25670.33091440.23392810295491
4.2567-4.58510.24991520.18852788294091
4.5851-5.04610.25411310.18092800293189
5.0461-5.77520.24541430.19962754289788
5.7752-7.27220.26931290.23342742287186
7.2722-48.32890.27051560.21482652280881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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