PDB-4xox: Structure of beta-ketoacyl-ACP synthase I (FabB) from Vibrio Cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xox

タイトル

Structure of beta-ketoacyl-ACP synthase I (FabB) from Vibrio Cholerae

要素

3-oxoacyl-ACP synthase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / FabB / beta-ketoacyl-(acyl carrier protein) synthase I

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Hou, J. / Grabowski, M. / Cymborowski, M. / Zheng, H. / Cooper, D.R. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of beta-ketoacyl-ACP synthase I (FabB) from Vibrio Cholerae
著者: Hou, J. / Grabowski, M. / Cymborowski, M. / Zheng, H. / Cooper, D.R. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Data collection
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xox.cif.gz	307.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xox.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xox_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xox_full_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示
XML形式データ	4xox_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	4xox_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xox	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3oytS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ek4-2 2buh-1 2bui-1 3mqd-1 2byw-1 1g5x-2 2aq7-1 2byx-2 2byx-1 2aq7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95463

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (11) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-ACP synthase

B: 3-oxoacyl-ACP synthase

85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.756, 88.654, 167.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 404 / Label seq-ID: 1 - 404

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

The biological assembly is a dimer.

#1: タンパク質	3-oxoacyl-ACP synthase / beta-ketoacyl-ACP synthase I (FabB) 分子量: 42725.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: CD57_00425, DA44_04160, DA72_05820, KV36_05090 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: A0A071LMG6, UniProt: Q7WUU8*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-ACP synthase / beta-ketoacyl-ACP synthase I (FabB)

分子量: 42725.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: CD57_00425, DA44_04160, DA72_05820, KV36_05090 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: A0A071LMG6, UniProt: Q7WUU8*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6 M Ammonium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.9 % / 数: 254989 / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.79 / D res high: 2 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 51875 / % possible obs: 94.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.41	27	1	0.034	0.741	5.2
4.3	5.41	1	0.032	0.788	5.7
3.76	4.3	1	0.035	0.896	5.8
3.42	3.76	1	0.039	0.867	5.8
3.17	3.42	1	0.043	0.827	5.6
2.99	3.17	1	0.048	0.746	5.5
2.84	2.99	1	0.052	0.663	5.4
2.71	2.84	1	0.066	0.779	5.2
2.61	2.71	1	0.07	0.711	5.2
2.52	2.61	1	0.076	0.705	5
2.44	2.52	1	0.083	0.756	4.9
2.37	2.44	1	0.086	0.729	4.8
2.31	2.37	1	0.091	0.804	4.7
2.25	2.31	1	0.098	0.805	4.7
2.2	2.25	1	0.108	0.839	4.5
2.15	2.2	1	0.117	0.829	4.5
2.11	2.15	1	0.121	0.844	4.3
2.07	2.11	1	0.122	0.849	3.9
2.03	2.07	1	0.128	0.87	3.5
2	2.03	1	0.134	0.853	3.1

反射

解像度: 2→27 Å / Num. obs: 51875 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.79 / Net I/av σ(I): 26.706 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 254989

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.1	0.134	2125	0.97	0.077	0.155	0.853	79
2.03-2.07	3.5	0.128	2274	0.966	0.068	0.145	0.87	83
2.07-2.11	3.9	0.122	2314	0.975	0.061	0.137	0.849	85.7
2.11-2.15	4.3	0.121	2378	0.976	0.057	0.134	0.844	88
2.15-2.2	4.5	0.117	2419	0.975	0.054	0.129	0.829	89.1
2.2-2.25	4.5	0.108	2457	0.972	0.051	0.12	0.839	90.3
2.25-2.31	4.7	0.098	2493	0.969	0.046	0.109	0.805	92.3
2.31-2.37	4.7	0.091	2526	0.975	0.044	0.102	0.804	92.4
2.37-2.44	4.8	0.086	2620	0.978	0.042	0.097	0.729	96.6
2.44-2.52	4.9	0.083	2619	0.98	0.041	0.093	0.756	96.3
2.52-2.61	5	0.076	2677	0.977	0.037	0.085	0.705	97.4
2.61-2.71	5.2	0.07	2688	0.982	0.034	0.078	0.711	98.2
2.71-2.84	5.2	0.066	2713	0.98	0.033	0.074	0.779	99.3
2.84-2.99	5.4	0.052	2735	0.985	0.025	0.058	0.663	99.5
2.99-3.17	5.5	0.048	2742	0.987	0.023	0.053	0.746	99.7
3.17-3.42	5.6	0.043	2773	0.988	0.02	0.047	0.827	99.9
3.42-3.76	5.8	0.039	2772	0.992	0.018	0.043	0.867	100
3.76-4.3	5.8	0.035	2793	0.994	0.016	0.038	0.896	99.9
4.3-5.41	5.7	0.032	2850	0.995	0.015	0.036	0.788	100
5.41-27	5.2	0.034	2907	0.993	0.017	0.039	0.741	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OYT

3oyt

解像度: 2.01→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.689 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1767	2492	4.8 %	RANDOM
R_work	0.149	49221	-	-
obs	0.1503	49221	93.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.05 Å² / B_iso mean: 26.701 Å² / B_iso min: 10.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5936	0	0	468	6404
B_iso mean	-	-	-	34.28	-
残基数	-	-	-	-	808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.955	8174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.308	3	13242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.218	24.746	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.193	15	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.525	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.867	1.484	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.867	1.483	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	2.22	4046

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 47228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.009→2.061 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	156	-
R_work	0.153	2863	-
all	-	3019	-
obs	-	-	75.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4879	0.0039	-0.0624	0.6954	0.2347	0.5393	0.0093	0.0497	-0.0032	-0.0894	-0.0308	0.0592	0.0106	-0.0231	0.0215	0.0782	-0.0057	-0.0146	0.0553	-0.009	0.1123	24.1657	57.3314	21.216
2	0.2633	0.0623	0.0215	0.3091	0.0442	0.3721	0.0062	0.028	-0.0065	-0.0431	-0.0258	0.0143	0.0012	0.0102	0.0196	0.074	-0.005	-0.008	0.0684	-0.0086	0.113	32.4405	58.468	21.5231
3	0.8821	0.208	0.0896	0.5564	0.0443	0.2475	0.0391	-0.0823	-0.0778	0.068	-0.0475	-0.0533	0.0277	0.0988	0.0084	0.0943	-0.017	-0.0092	0.0635	0.0178	0.094	34.8611	47.7016	36.697
4	0.7694	-0.1511	-0.5043	1.5597	0.2554	1.1841	0.0336	-0.041	-0.0528	0.1732	-0.0413	0.1245	0.0564	0.0173	0.0077	0.0788	-0.0225	-0.0195	0.0523	0.017	0.0959	31.3845	44.9986	39.5145
5	0.642	0.2085	0.3355	0.5807	0.039	1.1881	-0.0196	0.0619	-0.0447	-0.0755	0.0436	-0.0626	-0.0446	0.0974	-0.024	0.0889	-0.0187	0.0122	0.0639	-0.0171	0.1206	56.9337	71.4531	17.2326
6	0.4927	0.128	0.2387	0.6425	0.2346	0.9949	-0.0112	0.0428	-0.0223	-0.0568	0.0124	-0.0231	-0.0438	0.0142	-0.0013	0.079	-0.0079	0.0083	0.0709	-0.0037	0.1232	48.2365	68.6164	20.8603
7	4.6208	0.1798	0.6086	4.1582	0.3177	4.7814	-0.0892	-0.1467	0.3154	-0.0503	0.0159	0.0272	-0.3624	0.062	0.0733	0.1242	0.0352	0.0132	0.1005	-0.0057	0.1453	33.1696	83.8346	26.6587
8	1.1097	0.2164	0.0126	1.4051	0.0753	1.5572	-0.091	0.0435	0.1966	-0.0661	0.0162	0.0223	-0.3649	-0.0728	0.0748	0.1485	0.0023	-0.0299	0.0085	-0.0031	0.0813	46.8176	88.8967	22.6789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	113 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	250 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	359 - 404
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	90 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	259 - 287
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	288 - 404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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