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万見
- PDB-4xos: ANP32A LRR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xos
タイトルANP32A LRR domain
要素Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
キーワードANTITUMOR PROTEIN / leucine rich repeat tumor suppressor / Component of the SET complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / regulation of apoptotic process / histone binding / intracellular signal transduction / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.559 Å
データ登録者Zamora-Caballero, S. / Bravo, J.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBES-2010-030116 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSAF2012-31405 スペイン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of the leucine-rich repeat domain of the human tumour suppressor PP32A (ANP32A).
著者: Zamora-Caballero, S. / Siauciunaite-Gaubard, L. / Bravo, J.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
B: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8006
ポリマ－34,5452
非ポリマー2554
水2,936163
1
A: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4003
ポリマ－17,2731
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4003
ポリマ－17,2731
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.040, 50.880, 63.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A / Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / pp32 / Leucine-rich acidic nuclear protein / LANP / Mapmodulin ...Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / pp32 / Leucine-rich acidic nuclear protein / LANP / Mapmodulin / Potent heat-stable protein phosphatase 2A inhibitor I1PP2A / Putative HLA-DR-associated protein I / PHAPI


分子量: 17272.689 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32A, C15orf1, LANP, MAPM, PHAP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon + RIPL / 参照: UniProt: P39687
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 % / 解説: 2D plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3000, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.559→45.088 Å / Num. obs: 36978 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 7 / Net I/σ(I): 45.06
反射 シェル解像度: 1.559→1.615 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2je0

2je0


解像度: 1.559→45.088 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 1853 5.01 %
Rwork0.1603 --
obs0.162 36950 90.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.559→45.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 14 163 2597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0663378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.128992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.559-1.60120.28231530.25162459X-RAY DIFFRACTION84
1.6012-1.64830.26521340.23622687X-RAY DIFFRACTION90
1.6483-1.70150.26781390.22642665X-RAY DIFFRACTION89
1.7015-1.76230.25411200.20542671X-RAY DIFFRACTION90
1.7623-1.83290.22531250.18742657X-RAY DIFFRACTION89
1.8329-1.91630.21061400.16442701X-RAY DIFFRACTION91
1.9163-2.01730.19131450.15482719X-RAY DIFFRACTION91
2.0173-2.14370.20061400.15012688X-RAY DIFFRACTION91
2.1437-2.30920.18771260.14872711X-RAY DIFFRACTION90
2.3092-2.54160.19581520.15432757X-RAY DIFFRACTION92
2.5416-2.90930.19661560.16192736X-RAY DIFFRACTION92
2.9093-3.66520.19531570.14922831X-RAY DIFFRACTION94
3.6652-45.10690.14991660.14162815X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0991-0.0388-0.02690.2521-0.01830.07170.0258-0.088-0.09120.10420.0796-0.0540.16130.01560.00490.16070.0206-0.01480.18160.03040.14596.9592-10.4678-21.9769
20.2393-0.10810.12570.2156-0.00760.266-0.0173-0.1031-0.07740.04260.00850.12080.0978-0.15590.00060.1335-0.02180.00270.15320.00640.1349-0.0919-4.9037-27.044
30.06620.0899-0.02020.2061-0.01280.08570.0863-0.0845-0.00570.0302-0.06760.1464-0.0363-0.27910.01570.12980.0058-0.0110.1583-0.00540.13230.03583.3293-28.6983
40.41390.0904-0.09450.77320.02110.37260.03340.02980.1218-0.04240.04820.2164-0.1201-0.1910.06560.12490.0290.00010.16660.00830.1696-3.867712.8934-32.1857
50.03430.0313-0.00610.0508-0.00940.01850.0174-0.0120.26570.24280.0676-0.0666-0.1044-0.04180.00050.13920.02320.00920.1389-0.02790.190.861819.9906-28.1408
60.3125-0.176-0.1730.6303-0.15910.21740.0363-0.0398-0.12820.04790.02680.23560.0688-0.09960.00560.1645-0.0136-0.00740.14790.01260.150415.4703-5.61743.1377
70.08170.01840.04950.2557-0.03990.072-0.00680.0102-0.0298-0.01310.04260.2360.0935-0.24930.01290.17280.01470.00640.13740.00580.14313.51464.8629-1.5398
80.2144-0.0476-0.01470.4649-0.05830.57580.01750.0169-0.0024-0.00530.03880.3021-0.0336-0.220.01670.14150.0161-0.00170.14230.01760.17129.327211.1986-3.8474
90.49730.2709-0.34780.4196-0.06490.32870.07750.10090.2234-0.0932-0.04780.1139-0.2829-0.203-0.0340.16780.0464-0.00810.1230.00640.138113.332621.7555-7.3548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -2 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 79 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 80 through 123 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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