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- PDB-4xoj: Structure of bovine trypsin in complex with analogues of sunflowe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xoj
タイトルStructure of bovine trypsin in complex with analogues of sunflower inhibitor 1 (SFTI-1)
要素
  • Cationic trypsin
  • Trypsin inhibitor 1
キーワードHYDROLASE / trypsin / SFTI / inhibitor / splicing / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.91 Å
データ登録者Golik, P. / Malicki, S. / Grudnik, P. / Karna, N. / Debowski, D. / Legowska, A. / Wladyka, B. / Gitlin, A. / Brzozowski, K. / Dubin, G. / Rolka, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Investigation of Serine-Proteinase-Catalyzed Peptide Splicing in Analogues of Sunflower Trypsin Inhibitor 1 (SFTI-1).
著者: Karna, N. / Legowska, A. / Malicki, S. / Debowski, D. / Golik, P. / Gitlin, A. / Grudnik, P. / Wladyka, B. / Brzozowski, K. / Dubin, G. / Rolka, K.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Trypsin inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,88515
ポリマ－27,2272
非ポリマー65813
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.390, 63.050, 69.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 25806.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド Trypsin inhibitor 1 / SFTI-1


分子量: 1420.741 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 40-52 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: UniProt: Q4GWU5

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非ポリマー , 6種, 373分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium acetate trihydrate, PEG 8000, ammonium sulphate
PH範囲: 4.3 - 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.91→23.3 Å / Num. obs: 193298 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 0.91→0.96 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I8G backbone model

4i8g


解像度: 0.91→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.305 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11426 9713 5 %RANDOM
Rwork0.10329 ---
obs0.10384 183491 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.91→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 38 360 2116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.021996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1281.9632721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.74934379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.4495.152297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.09425.69265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.83515331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.836153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.551.041028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.5471.0311027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6141.5351298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6171.5431299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.1761.195968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.1721.202969
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.7721.6791397
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.90110.6012637
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.90610.6082632
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.98433870
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.043585
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.14454111
LS精密化 シェル解像度: 0.908→0.932 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 719 -
Rwork0.225 13449 -
obs--98.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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