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- PDB-4xoh: Mechanistic insights into anchorage of the contractile ring from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xoh
タイトルMechanistic insights into anchorage of the contractile ring from yeast to humans
要素Division mal foutue 1 protein
キーワードCELL CYCLE / Mid1
機能・相同性
機能・相同性情報


polo box domain specific binding / mitotic cytokinesis, division site positioning / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / septin ring organization / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex ...polo box domain specific binding / mitotic cytokinesis, division site positioning / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / septin ring organization / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actomyosin contractile ring assembly / cytoskeletal protein-membrane anchor activity / actomyosin contractile ring / mitotic cytokinesis / protein-membrane adaptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / molecular condensate scaffold activity / nuclear envelope / lipid binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anillin-related medial ring protein mid1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Chen, Z. / Wu, J.-Q. / Wang, J. / Guan, R. / Sun, L. / Lee, I.-J. / Liu, Y. / Chen, M.
資金援助 中国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31270762 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086546 米国
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2015
タイトル: Mechanistic insights into the anchorage of the contractile ring by anillin and mid1
著者: Sun, L. / Guan, R. / Lee, I.J. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, J. / Wu, J.Q. / Chen, Z.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Division mal foutue 1 protein
A: Division mal foutue 1 protein
B: Division mal foutue 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5473
ポリマ－108,5473
非ポリマー00
水00
1
C: Division mal foutue 1 protein

C: Division mal foutue 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3652
ポリマ－72,3652
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
2
A: Division mal foutue 1 protein
B: Division mal foutue 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3652
ポリマ－72,3652
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.941, 80.941, 314.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Division mal foutue 1 protein


分子量: 36182.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 579-680 and 710-920 from Division mal foutue 1 protein (MID1_SCHPO), linked by GGSTGSSGG
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mid1, dmf1, SPCC4B3.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78953

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% PEG 10000, 100mM MES, 1M LiCl, 2mM DTT, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→68.4 Å / Num. obs: 26437 / % possible obs: 86.66 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 3.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.801→68.4 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1317 4.98 %
Rwork0.2349 --
obs0.2366 26437 86.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.925 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.591 Å2-0 Å2-0 Å2
2--15.591 Å2-0 Å2
3----31.1821 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→68.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6475 0 0 0 6475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6698961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9322446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031141
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8007-2.91280.3666520.3471984X-RAY DIFFRACTION31
2.9128-3.04540.3492880.29931696X-RAY DIFFRACTION54
3.0454-3.20590.33741570.29393026X-RAY DIFFRACTION96
3.2059-3.40680.31481660.27863162X-RAY DIFFRACTION100
3.4068-3.66980.28851710.25993201X-RAY DIFFRACTION100
3.6698-4.03910.29661660.25593190X-RAY DIFFRACTION100
4.0391-4.62340.27281650.20123205X-RAY DIFFRACTION100
4.6234-5.82450.23481760.21013273X-RAY DIFFRACTION100
5.8245-68.43790.24271760.22513383X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01933.0598-5.16990.7853-0.93024.5675-0.12690.68560.0270.3901-0.57860.5916-0.0151-0.46980.29070.78610.41920.16562.2461-0.29021.1254-26.56948.5889-27.437
21.98933.12610.98485.4728-0.67565.5976-0.076-0.3448-0.37050.1162-0.1205-0.9558-0.52020.57190.16710.82910.2631-0.09661.33160.01670.8144-1.80789.4715-21.0725
33.59234.2942-1.99927.29321.10585.52130.4062-0.33540.5590.5317-0.50690.1310.17430.09550.08810.70850.4158-0.01741.398-0.09360.7066-9.267810.0927-23.6209
46.09494.45323.18045.2392.14315.0302-0.00960.0840.8090.71570.10730.2698-0.4014-0.61340.01860.72190.4523-0.03281.2912-0.01560.8936-10.457812.6956-29.1569
54.35132.1075-0.49622.01427.25199.8989-0.54450.6021-3.95441.57430.115-1.26541.88680.20720.16080.60550.37830.17151.72460.22191.2347-16.5419-4.8415-34.0201
63.6794-1.69693.51795.7707-3.1345.025-0.3163-0.73231.3873-0.86640.0347-0.5064-1.14271.41210.43770.5805-0.4628-0.21342.134-0.00370.9687-37.670915.3419-53.186
75.9885-2.3356-0.03226.4685-3.23116.5415-0.471-0.21080.48780.62440.3598-0.2891-0.92020.71320.00640.5664-0.1755-0.07261.4977-0.06140.8311-42.042215.8924-51.1943
85.5305-2.2418-0.88546.2083-0.270210.003-0.2053-0.7669-0.3211-0.1769-0.33320.2023-0.1509-0.64540.60370.5022-0.2943-0.04481.4344-0.10810.9161-42.38899.6128-52.7015
96.44941.93740.89674.51191.7547.7598-0.31840.4166-0.83220.2456-0.0797-0.12730.85531.93440.25970.8590.334-0.00232.0605-0.42671.0888-25.2156-6.9945-45.0585
100.2893-0.6303-0.96754.41494.65298.2927-0.1093-0.1825-0.59941.2067-0.1261.64061.4736-1.07330.33190.4644-0.34560.08952.2736-0.31871.1127-27.5611-4.7278-36.6679
114.1841-4.04181.13318.1435-1.19786.1193-1.1008-0.59790.52911.15560.708-0.48390.22370.47330.35710.74170.247-0.04441.2399-0.0620.5334-9.1519-2.1745-12.2754
129.883-5.11212.03268.1666-7.37092.0237-0.3644-1.7862.00950.1372-0.1171-2.464-0.3680.14140.80130.78220.3376-0.12611.497-0.06331.22810.2826-1.4971-15.2997
138.9109-3.7415-2.43248.54462.24458.2456-0.1919-0.0762-0.3754-0.1430.0096-0.04330.4179-0.17670.22930.81980.2705-0.07811.1908-0.03970.4352-7.8371-5.8917-13.3488
143.5226-2.8835-1.48238.69010.61624.202-0.397-0.8001-0.21730.33340.56810.623-0.4307-0.4807-0.16830.74550.4276-0.01651.548-0.01970.6514-15.7568-1.1826-4.0946
159.38362.247-4.55374.8435.23852.0375-1.0317-1.48721.4580.17920.6708-0.099-0.44470.99880.11.20180.6735-0.27921.2687-0.13631.0285-13.613514.96921.9293
161.2036-1.1349-1.95148.71881.49929.3643-0.51760.8056-1.11730.5803-0.03641.3111.91240.60660.52261.20040.3596-0.08621.6162-0.41480.9659-38.137814.97432.4601
174.8752-1.35180.80469.387-1.00245.5170.82871.5879-0.4788-0.7008-1.07111.6770.7123-0.94630.30891.05890.432-0.22061.6495-0.49911.2539-38.31913.483625.5601
183.8837-2.0301-2.68077.14351.7012.1762-0.070.8030.3748-0.3528-1.32661.88160.1327-1.40351.37671.30460.7291-0.14091.8786-0.47851.4394-42.91722.16527.5809
193.44491.21090.13863.28561.56722.01891.26382.24350.1378-0.47220.0336-1.191-1.5522-1.1403-1.1921.01620.6009-0.05541.83450.15991.2456-30.24621.999623.5492
205.2749-0.0392-0.96023.5941-2.40312.05811.07240.61730.58230.049-0.96181.4485-1.52780.308-0.12681.63140.69380.00361.5554-0.16990.984-21.276318.93895.1799
210.90330.0055-1.92144.3489-0.94014.5322-0.4443-0.8504-0.54040.22670.34120.2973-0.32890.46080.03590.4710.0626-0.0051.31140.05520.68348.53615.736-42.4071
229.6162-1.9164-1.93099.25641.03252.41631.28960.7977-2.1070.2446-0.03580.5421-0.7290.6068-1.26170.7385-0.0071-0.12771.10360.13070.69352.35075.9971-55.3524
236.4151-1.0464-7.05334.23592.94478.535-1.39050.9172-0.8902-0.2172-0.10411.40360.2482-3.59411.20980.56130.0468-0.10371.42280.15381.1278-9.0284.7777-47.3731
242.09497.20313.83259.68371.1964.28680.59671.49731.62530.70070.19290.01530.83321.5496-0.68910.5188-0.13370.01911.56420.06990.682612.61153.9376-45.7315
251.8051-1.2516-1.86776.0379-0.22856.6181-0.328-0.14420.264-0.08360.08320.0022-1.0937-0.19380.17780.48-0.0359-0.01241.08080.05550.72434.280812.934-44.551
266.89850.43192.12938.42631.21352.1459-0.3478-1.1684-0.32120.17770.2609-0.30540.6143-0.22780.05010.58760.10330.05221.39210.11640.698314.2449-6.646-32.6728
270.2327-1.18490.51364.7391-2.21011.0392-1.4546-1.85781.82370.71931.0902-0.6028-0.91850.56860.17581.3176-0.1283-0.42282.844-0.52932.208827.83717.7987-9.5748
285.8372.9193-4.11644.0685-2.00912.92431.09570.2508-0.3725-0.6159-1.04020.6225-0.314-0.843-0.35370.83980.1167-0.24842.1857-0.10851.578521.258113.1183-14.516
293.98642.66241.19042.5974-0.13211.2179-0.91840.13260.02310.09990.2305-1.3128-0.83741.37440.65331.2771-0.1327-0.12032.2119-0.02812.03832.101415.3549-17.1179
309.4957-2.23560.02112.26550.61225.8138-0.5066-0.66270.12810.9145-0.4572-0.84280.1465-0.47770.75670.97670.39060.03461.82560.25990.72920.175-7.7667-27.5506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:11)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:49)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 50:75)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 76:186)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 187:201)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 202:222)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 223:279)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 280:304)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 305:312)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 313:324)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 5:40)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 41:51)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 52:124)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 125:186)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 187:205)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 206:226)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 227:262)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 263:290)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 291:304)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 305:324)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 1:25)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 26:43)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 44:54)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 55:67)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 68:179)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 180:206)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 207:225)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 226:236)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 237:303)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 304:324)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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