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- PDB-4xnz: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnz
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC06B in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120
要素
  • Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.389 Å
データ登録者Zhou, T. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection.
著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / Saunders, K.O. / Soto, C. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
A: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
B: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
C: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
D: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
E: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
F: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,18030
ポリマ－262,4879
非ポリマー5,69321
水00
1
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,39310
ポリマ－87,4963
非ポリマー1,8987
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
B: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
C: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,61511
ポリマ－87,4963
非ポリマー2,1198
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
E: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
F: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1729
ポリマ－87,4963
非ポリマー1,6776
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.314, 189.442, 219.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31
#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC06B


分子量: 25268.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC06B


分子量: 23015.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 7% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.389→50 Å / Num. obs: 35035 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 105.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.598 / Net I/av σ(I): 22.551 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 217360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.389-3.463.60.5619870.7140.2970.640.92551
3.46-3.524.10.56911070.7260.2840.6391.03856.4
3.52-3.594.60.45912560.8450.2160.510.97563.3
3.59-3.664.80.42413390.8630.1940.4691.04369.6
3.66-3.745.20.42415190.8810.190.4671.06677.1
3.74-3.835.50.39616430.910.1730.4341.05983.9
3.83-3.925.90.32517290.9480.1380.3551.08287.7
3.92-4.036.10.2918030.9560.1230.3161.10890.5
4.03-4.156.30.24817940.9710.1040.271.20192.2
4.15-4.286.40.20318710.980.0850.2211.29293.7
4.28-4.446.50.15918880.9860.0660.1731.3596.2
4.44-4.616.50.13619220.9890.0570.1481.47797
4.61-4.826.70.12619550.990.0530.1371.58598.4
4.82-5.086.80.11819770.9920.0490.1281.66199.3
5.08-5.46.90.11219890.9920.0460.1221.76199.5
5.4-5.817.10.11220170.9940.0460.1211.76100
5.81-6.47.20.09920080.9950.040.1071.773100
6.4-7.327.20.08220270.9960.0330.0891.86799.9
7.32-9.216.90.05920640.9980.0240.0632.28699.7
9.21-5060.05421400.9970.0240.0593.25897.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JB9

4jb9


解像度: 3.389→39.895 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 1735 4.97 %
Rwork0.244 33159 -
obs0.2469 34894 85.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 343.54 Å2 / Biso mean: 144.9489 Å2 / Biso min: 59.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.389→39.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17768 0 366 0 18134
Biso mean--143.77 --
残基数----2294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55825243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0232870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9896713
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3889-3.48860.3738860.30831547163349
3.4886-3.60110.4005990.29831938203761
3.6011-3.72970.30981120.29122284239672
3.7297-3.87890.33851440.29732600274483
3.8789-4.05530.36521520.27342836298889
4.0553-4.26890.29751420.2512955309792
4.2689-4.5360.27751520.21212973312594
4.536-4.88560.26341710.19783075324696
4.8856-5.37620.25711570.21143121327898
5.3762-6.15170.27061580.24123237339599
6.1517-7.74130.32611770.2832533430100
7.7413-39.89780.30031850.23433340352597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5797-1.1335-0.95444.1975-1.07675.4765-0.01141.2675-0.2316-0.1892-0.4543-0.43770.1690.96440.33180.88870.01920.10452.1596-0.2920.61922.4396224.23588.0057
24.3619-1.0830.65693.4375-0.95328.12990.14941.7234-0.844-0.2695-0.2910.50751.43550.16730.11981.1208-0.05510.06151.9952-0.61560.7894-0.1606221.95617.0099
34.6471-2.9214-0.87836.1150.71288.9608-0.85790.62180.20510.240.2384-0.4775-0.2199-0.25370.45370.8129-0.1093-0.05881.8746-0.15350.4171-5.1603240.696626.6796
47.99852.14081.61558.0965-2.12846.70421.29891.24172.45620.6904-0.40320.3706-1.1799-0.52250.25560.54370.3893-0.4811.7971-0.37580.9749-23.9987258.212353.4846
59.19641.0403-0.70957.88170.36095.9021-0.7834-1.1232-0.31140.11010.2302-0.5865-0.18260.07660.50220.69280.1063-0.14651.1799-0.03190.47073.0251233.394747.1152
68.4457-5.36622.06915.6231-1.7057.72230.00430.1843-1.03210.1020.23651.297-0.20480.819-0.21820.5778-0.1003-0.11421.0269-0.03420.8181-27.5478244.65761.9685
75.7878-1.49981.385.3937-3.29914.2462-0.36131.6219-0.48420.0205-0.0302-0.36160.04050.57910.37971.0168-0.22270.07651.5932-0.4810.780315.4736162.68094.325
85.03450.5061-0.96143.9909-1.62969.0768-0.60251.6421-1.6757-0.66020.54240.30960.5337-0.29860.03180.8478-0.42630.04521.4086-0.54430.9877-7.2032160.41393.265
98.515-1.8544-1.81297.2576-1.54972.6684-0.76970.3153-0.11780.19360.3214-0.3575-0.3860.22270.35910.6579-0.06-0.21991.1895-0.12720.5482-11.6787176.383325.0231
101.91721.3023-0.8369.2402-6.80585.11330.97621.75010.11831.7439-0.88621.4382-2.30080.81450.21690.82020.2214-0.37552.0433-0.52191.6691-23.7755193.097553.1535
118.7838-0.4842.06228.53860.87682.3253-0.0467-1.2572-0.17070.19560.3421-0.71940.6680.9456-0.32160.64630.0826-0.15161.18750.21460.7791-2.7328165.716943.6903
127.7109-6.8012-0.22916.4875-2.71639.14210.57080.129-0.64220.6940.35391.8596-0.8555-0.4902-0.82390.8149-0.13450.33390.9528-0.02471.4723-28.4463181.003362.6304
135.8125-2.00791.22186.3918-2.73464.3515-0.20430.719-0.1726-0.0894-0.2089-0.31450.89250.23640.43110.96110.30820.1151.5882-0.31580.694116.2225285.22469.3542
147.24030.2508-1.21756.6829-2.66684.5824-0.57970.6083-1.2042-0.11570.34271.06130.77480.01570.25890.8850.18630.24771.3751-0.39821.1187-5.9278283.01669.3725
158.0398-1.5324-4.86485.01170.77753.0339-0.32010.2038-0.45370.1097-0.4444-0.1688-0.0812-0.71460.77260.90610.226-0.06811.1744-0.32090.7791-11.5436300.652529.5273
165.07271.20633.8117.9485-1.56993.66180.40170.93230.25880.5979-1.86620.8172-0.8303-0.92351.17520.49590.2671-0.10761.7051-0.57321.0075-28.0142319.20855.5242
179.21513.81843.42383.93462.90389.7215-0.5479-0.9107-0.20650.1297-0.0394-0.2582-0.1310.16320.56351.17570.47550.1191.08770.28570.7487-2.6624293.481349.4798
186.6796-2.06354.66.9155-1.33284.7387-0.2743-0.7314-0.93890.98620.17461.4886-0.3483-0.48030.18940.8936-0.01650.32441.2107-0.18070.9763-30.5317306.129765.7776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44:252 or resid 477:492)G44 - 252
2X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44:252 or resid 477:492)G477 - 492
3X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 253:476 )G253 - 476
4X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1:122 )H1 - 122
5X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 123:230 )H123 - 230
6X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1:102)L1 - 102
7X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 103:230)L103 - 230
8X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 44:252 or resid 477:492)A44 - 252
9X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 44:252 or resid 477:492)A477 - 492
10X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 253:476 )A253 - 476
11X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1:122)B1 - 122
12X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 123:230)B123 - 230
13X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1:102)C1 - 102
14X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 103:231 )C103 - 231
15X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 44:252 or resid 477:492)D44 - 252
16X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 44:252 or resid 477:492)D477 - 492
17X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 253:476 )D253 - 476
18X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1:122)E1 - 122
19X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 123:231)E123 - 231
20X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 1:102 )F1 - 102
21X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 103 through 213 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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