[日本語] English
万見
- PDB-4xno: Crystal structure of 5'-CTTATPPPZZZATAAG -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xno
タイトルCrystal structure of 5'-CTTATPPPZZZATAAG
要素DNA (5'-D(*CP*TP*(BRU)P*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA)P*(1W5)P*(1W5)P*(1W5)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')
キーワードDNA / A-form DNA / non-natural nucleobase pair / synthetic biology
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.985 Å
データ登録者Georgiadis, M.M. / Singh, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111386 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for a six nucleotide genetic alphabet.
著者: Georgiadis, M.M. / Singh, I. / Kellett, W.F. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Richards, N.G.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*(BRU)P*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA)P*(1W5)P*(1W5)P*(1W5)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*(BRU)P*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA)P*(1W5)P*(1W5)P*(1W5)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2022
ポリマ－10,2022
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.019, 42.019, 140.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*(BRU)P*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA)P*(1W5)P*(1W5)P*(1W5)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5101.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91963 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91963 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10 % / 数: 105588 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.06 / D res high: 1.98 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.3710010.0410.8429.4
4.275.3710.0481.0819.7
3.734.2710.0551.41710.6
3.393.7310.0611.56410.8
3.143.3910.061.31111
2.963.1410.0711.35511
2.812.9610.1011.25311.2
2.692.8110.1281.04711.2
2.582.6910.1511.11111.2
2.492.5810.1821.02611.3
2.422.4910.2520.92511.4
2.352.4210.3170.93411.1
2.292.3510.3860.91511.1
2.232.2910.4750.88110.4
2.182.2310.5670.83710
2.132.1810.6270.919.5
2.092.1310.6430.8788.6
2.052.0910.6720.8397.7
2.012.0510.6720.8196.7
1.982.0110.7680.85.6
反射解像度: 1.98→100 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 27.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.061 / Net I/av σ(I): 29.47 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 105588
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.015.60.7685090.7280.3390.8430.898.8
2.01-2.056.70.6725030.8020.2740.7280.819100
2.05-2.097.70.6725150.8410.2530.7190.839100
2.09-2.138.60.6435240.890.2260.6830.878100
2.13-2.189.50.6275160.9190.2090.6620.91100
2.18-2.23100.5675120.9470.1840.5960.837100
2.23-2.2910.40.4755290.9640.1520.4990.881100
2.29-2.3511.10.3865070.9910.1190.4040.915100
2.35-2.4211.10.3175220.9790.0980.3320.934100
2.42-2.4911.40.2525170.9850.0760.2640.925100
2.49-2.5811.30.1825310.990.0550.191.026100
2.58-2.6911.20.1515190.9910.0470.1591.111100
2.69-2.8111.20.1285440.9920.040.1351.047100
2.81-2.9611.20.1015220.9950.0310.1061.253100
2.96-3.14110.0715260.9960.0230.0741.35599.8
3.14-3.39110.065320.9960.0190.0631.311100
3.39-3.7310.80.0615490.9960.0190.0641.564100
3.73-4.2710.60.0555560.9980.0180.0581.41799.8
4.27-5.379.70.0485570.9980.0160.0511.081100
5.37-1009.40.0415810.9980.0130.0430.84292.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.985→35.227 Å / FOM work R set: 0.8106 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 481 4.75 %
Rwork0.2125 9648 -
obs0.2137 10129 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.675 Å2 / ksol: 0.417 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 58.8 Å2 / Biso mean: 23.35 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4472 Å20 Å20 Å2
2---2.4472 Å20 Å2
3---4.6577 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.985→35.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 668 0 73 741
Biso mean---29.01 -
残基数----32
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8291078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.672426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9848-2.2720.29741420.26462883X-RAY DIFFRACTION88
2.272-2.86230.29581880.24243275X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-35.23230.19221510.18593490X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る