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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xno | ||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of 5'-CTTATPPPZZZATAAG | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-form DNA / non-natural nucleobase pair / synthetic biology | Function / homology | DNA / DNA (> 10) | ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Georgiadis, M.M. / Singh, I. | Funding support | | ![]()
![]() ![]() Title: Structural basis for a six nucleotide genetic alphabet. Authors: Georgiadis, M.M. / Singh, I. / Kellett, W.F. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Richards, N.G. History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 31.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 21.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 388.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 397.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 5101.140 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91963 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 10 % / Number: 105588 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.06 / D res high: 1.98 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 99.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.98→100 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 27.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.061 / Net I/av σ(I): 29.47 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 105588 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.675 Å2 / ksol: 0.417 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.8 Å2 / Biso mean: 23.35 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.985→35.227 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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