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万見
- PDB-4xnh: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (IP6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnh
タイトルCrystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (IP6) in complex with a bisubstrate
要素
  • (N-terminal acetyltransferase A complex subunit ...) x 2
  • ACYH8
  • N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
キーワードTRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase / bisubstrate / inositol hexaxisphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / N-terminal protein amino acid propionylation / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone ...cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / N-terminal protein amino acid propionylation / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / Opioid Signalling / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / Androgen biosynthesis / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / regulation of appetite / N-terminal protein amino acid acetylation / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / Glucocorticoid biosynthesis / regulation of glycogen metabolic process / neuropeptide hormone activity / mitotic sister chromatid cohesion / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / neuropeptide signaling pathway / Endogenous sterols / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / G-protein activation / hormone activity / regulation of blood pressure / cell-cell signaling / ribosome binding / glucose homeostasis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / secretory granule lumen / signaling receptor binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain ...Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-acetyltransferase Ard1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Aminopeptidase / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / CARBOXYMETHYL COENZYME *A / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Pro-opiomelanocortin / N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / N-alpha-acetyltransferase NAT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (IP6) in complex with a bisubstrate
著者: Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
F: ACYH8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7927
ポリマ－147,4974
非ポリマー2,2953
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area49500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.475, 114.515, 146.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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N-terminal acetyltransferase A complex subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / NatA complex subunit NAT1 / Amino-terminal / alpha-amino / acetyltransferase 1


分子量: 99050.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12945
#3: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 / NatA complex subunit NAT5


分子量: 19753.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08689, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BF

#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / NatA complex subunit ARD1 / Arrest-defective protein 1


分子量: 27635.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07347, EC: 2.3.1.88
#4: タンパク質・ペプチド ACYH8


分子量: 1058.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01189*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 675分子

#5: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#6: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#7: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 400, 0.1 M MES, pH 6.0 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 82940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→40.595 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 3623 5.04 %
Rwork0.1682 --
obs0.1713 71932 85.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9292 0 138 672 10102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40813094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.043637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12760.2749530.18211035X-RAY DIFFRACTION34
2.1276-2.15680.2767730.17541228X-RAY DIFFRACTION41
2.1568-2.18760.2394810.17861357X-RAY DIFFRACTION46
2.1876-2.22030.2264680.1741500X-RAY DIFFRACTION49
2.2203-2.25490.2848880.18521596X-RAY DIFFRACTION53
2.2549-2.29190.2519930.18941852X-RAY DIFFRACTION61
2.2919-2.33140.26691120.18762135X-RAY DIFFRACTION71
2.3314-2.37380.27331410.18232537X-RAY DIFFRACTION84
2.3738-2.41950.26351440.19012872X-RAY DIFFRACTION94
2.4195-2.46880.26351460.1762940X-RAY DIFFRACTION98
2.4688-2.52250.22541630.17513015X-RAY DIFFRACTION99
2.5225-2.58120.27411520.17243033X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.64570.24991700.17313032X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.71720.26631560.17413047X-RAY DIFFRACTION100
2.7172-2.79720.2371480.18083058X-RAY DIFFRACTION100
2.7972-2.88750.25021740.1833024X-RAY DIFFRACTION100
2.8875-2.99060.24321550.18913065X-RAY DIFFRACTION100
2.9906-3.11030.26111720.19413060X-RAY DIFFRACTION100
3.1103-3.25180.29631420.1843084X-RAY DIFFRACTION100
3.2518-3.42320.23841740.18153034X-RAY DIFFRACTION100
3.4232-3.63750.21821640.16283082X-RAY DIFFRACTION100
3.6375-3.91820.21321830.15073060X-RAY DIFFRACTION100
3.9182-4.31210.19371660.13663106X-RAY DIFFRACTION100
4.3121-4.93510.18541550.12993131X-RAY DIFFRACTION100
4.9351-6.21410.20121710.16643150X-RAY DIFFRACTION100
6.2141-40.60210.18181790.17273276X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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