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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xnf | |||||||||
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タイトル | Tailspike protein double mutant D339A/E372Q of E. coli bacteriophage HK620 | |||||||||
要素 | Tail spike protein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / beta helix / protein-carbohydrate complex / pectin lyase fold | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage HK620 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Enthalpic cost of water removal from a hydrophobic glucose binding cavity on HK620 tailspike protein. 著者: Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Kunstmann, S. / Santer, M. / Heinemann, U. / Lipowski, R. / Seckler, R. / Barbirz, S. #1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013 タイトル: Single amino acid exchange in bacteriophage HK620 tailspike protein results in thousand-fold increase of its oligosaccharide affinity. 著者: Broeker, N.K. / Gohlke, U. / Mueller, J.J. / Uetrecht, C. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xnf.cif.gz | 254.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xnf.ent.gz | 202 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xnf_validation.pdf.gz | 443.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xnf_full_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xnf_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xnf_validation.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4xkvC 4xkwC 4xl9C 4xlaC 4xlcC 4xleC 4xlfC 4xlhC 4xm3SC 4xmyC 4xn0C 4xn3C 4xonC 4xopC 4xorC 4xotC 4xqfC 4xr6C 4yejC 4yelC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y+1,x-y,z and -x+y+1,-x+1,z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64545.270 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 112-710 / 変異: D339A, E372Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK620 (ファージ) プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AYY6 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 3.5 M Sodiumformiate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→43.11 Å / Num. obs: 64123 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 19.9 / Num. measured all: 338047 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XM3 解像度: 1.68→43.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1692 / WRfactor Rwork: 0.1312 / FOM work R set: 0.8621 / SU B: 4.699 / SU ML: 0.077 / SU R Cruickshank DPI: 0.0949 / SU Rfree: 0.0978 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.62 Å2 / Biso mean: 21.294 Å2 / Biso min: 8.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→43.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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