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- PDB-4xmn: Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xmn
タイトルStructure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121
要素
  • Antibody 87 heavy chain
  • Antibody 87 light chain
  • Nucleoporin NUP120
  • Nucleoporin NUP145
  • Nucleoporin NUP84
  • Nucleoporin NUP85
  • Protein transport protein SEC13
キーワードPROTEIN TRANSPORT / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / COPII-mediated vesicle transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore localization / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / COPII-mediated vesicle transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore localization / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore central transport channel / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coat / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / cell periphery / protein import into nucleus / nuclear envelope / double-strand break repair / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoporin NUP120, helical domain / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region ...: / Nucleoporin NUP120, helical domain / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP145 / Nucleoporin NUP84 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Stuwe, T. / Correia, A.R. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Lu, V.T. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Nuclear pores. Architecture of the nuclear pore complex coat.
著者: Stuwe, T. / Correia, A.R. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Lu, V.T. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年2月3日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC13
B: Nucleoporin NUP145
F: Nucleoporin NUP84
E: Nucleoporin NUP120
D: Nucleoporin NUP85
L: Antibody 87 light chain
H: Antibody 87 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,5257
ポリマ－413,5257
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.130, 179.950, 441.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABFED

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC13


分子量: 33129.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC13, ANU3, YLR208W, L8167.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04491
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP145 / Nuclear pore protein NUP145


分子量: 75087.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP145, RAT10, YGL092W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49687, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 52434.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP84, YDL116W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52891
#4: タンパク質 Nucleoporin NUP120 / Nuclear pore protein NUP120


分子量: 121607.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP120, RAT2, YKL057C, YKL313, YKL314 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35729
#5: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 79188.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP85, RAT9, YJR042W, J1624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46673

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#6: 抗体 Antibody 87 light chain


分子量: 23461.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 解説: phage display library / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 Antibody 87 heavy chain


分子量: 28615.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 解説: obtained from phage display library / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 20000, ethanol, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.6→50 Å / Num. obs: 22082 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1809)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IKO, 3F7F, 3PGF

3iko

3f7f

3pgf


解像度: 7.6→49.606 Å / SU ML: 1.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 33.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3473 2193 9.94 %
Rwork0.3183 --
obs0.3212 22065 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.6→49.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19816 0 0 0 19816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00520176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12327431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8626928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
7.6-7.75690.43611300.36661198X-RAY DIFFRACTION94
7.7569-7.93660.34861330.33971236X-RAY DIFFRACTION100
7.9366-8.13420.30911390.32161217X-RAY DIFFRACTION100
8.1342-8.35320.32631410.30881270X-RAY DIFFRACTION100
8.3532-8.59780.3111340.29221254X-RAY DIFFRACTION100
8.5978-8.87370.2821320.2871228X-RAY DIFFRACTION100
8.8737-9.1890.31521420.27641261X-RAY DIFFRACTION100
9.189-9.55440.34531370.26441257X-RAY DIFFRACTION100
9.5544-9.98590.26641450.24841246X-RAY DIFFRACTION100
9.9859-10.50760.22161370.24241253X-RAY DIFFRACTION100
10.5076-11.1590.23291380.2621237X-RAY DIFFRACTION100
11.159-12.00930.28881370.24751253X-RAY DIFFRACTION100
12.0093-13.19710.31581420.2971239X-RAY DIFFRACTION100
13.1971-15.05980.35021370.32471239X-RAY DIFFRACTION100
15.0598-18.80050.41951350.38851248X-RAY DIFFRACTION100
18.8005-49.60730.52961340.43681236X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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