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- PDB-4xmh: Crystal structure of nitrophorin 7 from Rhodnius prolixus at pH 7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xmh
タイトルCrystal structure of nitrophorin 7 from Rhodnius prolixus at pH 7.8 complexed with Gly-Gly-Gly
要素
  • GLY-GLY-GLY
  • Nitrophorin-7
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Heme / NO transporter / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated perturbation of biological process / modulation of process of another organism / nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / toxin activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitrophorin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Ogata, H.
引用ジャーナル: F1000Res / 年: 2015
タイトル: Structure and dynamics of the membrane attaching nitric oxide transporter nitrophorin 7.
著者: Knipp, M. / Ogata, H. / Soavi, G. / Cerullo, G. / Allegri, A. / Abbruzzetti, S. / Bruno, S. / Viappiani, C. / Bidon-Chanal, A. / Luque, F.J.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrophorin-7
B: GLY-GLY-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7714
ポリマ－21,0622
非ポリマー7092
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.374, 66.929, 38.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nitrophorin-7 / NP7 / Nitrite dismutase


分子量: 20872.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PQK2, nitrite dismutase
#2: タンパク質・ペプチド GLY-GLY-GLY


分子量: 189.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25%(w/v) PEG 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 7.8, 0.25%(w/v) Gly-Gly, 0.25%(w/v) Gly-Gly-Gly, 0.25%(w/v) Gly- Gly-Gly-Gly, 0.25%(w/v) pentaglycine, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→34.71 Å / Num. obs: 41095 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.29→1.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 64.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 2011_08_24_1020)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MVF

3mvf


解像度: 1.29→34.71 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 3737 5.02 %
Rwork0.1545 --
obs0.1559 41069 85.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.875 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5121 Å2-0 Å2-2.0129 Å2
2---4.4986 Å20 Å2
3----3.7017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 49 162 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0672138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.659578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2897-1.3060.2947290.3196544X-RAY DIFFRACTION18
1.306-1.32320.3245660.25641312X-RAY DIFFRACTION43
1.3232-1.34130.3133920.22771745X-RAY DIFFRACTION56
1.3413-1.36050.25031090.20971944X-RAY DIFFRACTION64
1.3605-1.38080.24961150.20142151X-RAY DIFFRACTION70
1.3808-1.40240.22631280.19032354X-RAY DIFFRACTION76
1.4024-1.42540.20511470.1812636X-RAY DIFFRACTION86
1.4254-1.44990.17381460.15892743X-RAY DIFFRACTION90
1.4499-1.47630.20131450.14422779X-RAY DIFFRACTION91
1.4763-1.50470.18971510.13792839X-RAY DIFFRACTION92
1.5047-1.53540.18471460.12992837X-RAY DIFFRACTION93
1.5354-1.56880.1711470.13252852X-RAY DIFFRACTION93
1.5688-1.60530.1431520.12762844X-RAY DIFFRACTION93
1.6053-1.64540.18581520.11732877X-RAY DIFFRACTION95
1.6454-1.68990.16331530.11252937X-RAY DIFFRACTION95
1.6899-1.73970.13871540.11912874X-RAY DIFFRACTION95
1.7397-1.79580.17351500.12392922X-RAY DIFFRACTION95
1.7958-1.860.16161520.12942924X-RAY DIFFRACTION95
1.86-1.93450.1521500.12842906X-RAY DIFFRACTION95
1.9345-2.02250.14481560.13742966X-RAY DIFFRACTION96
2.0225-2.12910.17851540.14592952X-RAY DIFFRACTION97
2.1291-2.26250.19181530.14832935X-RAY DIFFRACTION97
2.2625-2.43710.18781560.15482925X-RAY DIFFRACTION96
2.4371-2.68230.2021590.17092993X-RAY DIFFRACTION98
2.6823-3.07020.18511560.17872967X-RAY DIFFRACTION98
3.0702-3.86740.19071600.15692932X-RAY DIFFRACTION95
3.8674-34.72380.17421590.16442958X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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