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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xmd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of nitrophorin 7 from Rhodnius prolixus at pH 7.8 | ||||||
要素 | Nitrophorin-7 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Heme (ヘム) / NO transpoter / oxidoreductase (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular nitric oxide homeostasis / vasodilation in another organism / response to histamine / nitrite dismutase / negative regulation of coagulation / histamine binding / nitric oxide binding / 血小板 / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ogata, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: F1000Res / 年: 2015 タイトル: Structure and dynamics of the membrane attaching nitric oxide transporter nitrophorin 7. 著者: Knipp, M. / Ogata, H. / Soavi, G. / Cerullo, G. / Allegri, A. / Abbruzzetti, S. / Bruno, S. / Viappiani, C. / Bidon-Chanal, A. / Luque, F.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xmd.cif.gz | 100.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xmd.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xmd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xmd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20759.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PQK2, nitrite dismutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25%(w/v) PEG 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 7.8, 0.02 M HEPES pH 6.8, 0.25%(w/v) naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.25%(w/v) 2,6-naphthalenedisulfonic acid disodium ...詳細: 25%(w/v) PEG 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 7.8, 0.02 M HEPES pH 6.8, 0.25%(w/v) naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.25%(w/v) 2,6-naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25%(w/v) 4-aminobenzoic acid, 0.25%(w/v) 5-sulfosalicylic acid dehydrate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30.42 Å / Num. obs: 23143 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MVF 解像度: 1.6→30.42 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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