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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xlw | ||||||
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タイトル | Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2) | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / glycosylation / EGF domains / receptor-ligand complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis ...ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / retinal cone cell differentiation / venous endothelial cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / cardiac chamber formation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of transcription of Notch receptor target / positive regulation of viral transcription / cellular response to tumor cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cushion development / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell development / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / regulation of Notch signaling pathway / coronary vein morphogenesis / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / somatic stem cell division / left/right axis specification / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cell adhesion molecule production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / glial cell differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuron fate commitment / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of catalytic activity / cellular response to cholesterol / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / heart trabecula morphogenesis / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / luteolysis / prostate gland epithelium morphogenesis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luca, V.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural biology. Structural basis for Notch1 engagement of Delta-like 4. 著者: Luca, V.C. / Jude, K.M. / Pierce, N.W. / Nachury, M.V. / Fischer, S. / Garcia, K.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 612.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 520.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 13524.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 29150.729 Da / 分子数: 4 / Mutation: G28S, F107L, L206P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 22分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 糖 | ChemComp-BGC / #5: 糖 | ChemComp-FUC / #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 10分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-詳細
配列の詳細 | Delta-like protein had C-terminal tag CDQAAAHHHHHHHH which is either disordered or cleaved after ...Delta-like protein had C-terminal tag CDQAAAHHHH |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: PEG 3350, MgSO4, Tris-HCl p, D-(+)-Galactose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.39→84.064 Å / Num. obs: 27009 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 87.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Net I/σ(I): 6.12 |
反射 シェル | 解像度: 3.39→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 96.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 141.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.39→84.06 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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