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- PDB-4xlw: Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xlw
タイトルComplex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2)
要素
  • Delta-like protein
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / glycosylation / EGF domains / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis ...ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / retinal cone cell differentiation / venous endothelial cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / cardiac chamber formation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of transcription of Notch receptor target / positive regulation of viral transcription / cellular response to tumor cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cushion development / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell development / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / regulation of Notch signaling pathway / coronary vein morphogenesis / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / somatic stem cell division / left/right axis specification / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cell adhesion molecule production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / glial cell differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuron fate commitment / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of catalytic activity / cellular response to cholesterol / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / heart trabecula morphogenesis / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / luteolysis / prostate gland epithelium morphogenesis
類似検索 - 分子機能
: / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function ...: / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Delta-like protein 4 / Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Luca, V.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-1RO1-GM097015 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Structural basis for Notch1 engagement of Delta-like 4.
著者: Luca, V.C. / Jude, K.M. / Pierce, N.W. / Nachury, M.V. / Fischer, S. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Refinement description
改定 1.32015年6月10日Group: Refinement description
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Delta-like protein
C: Neurogenic locus notch homolog protein 1
D: Delta-like protein
E: Neurogenic locus notch homolog protein 1
F: Delta-like protein
G: Neurogenic locus notch homolog protein 1
H: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,24640
ポリマ－170,7008
非ポリマー4,54732
水00
1
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,72110
ポリマ－42,6752
非ポリマー1,0468
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA
2
C: Neurogenic locus notch homolog protein 1
D: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,72110
ポリマ－42,6752
非ポリマー1,0468
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
3
E: Neurogenic locus notch homolog protein 1
F: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,90210
ポリマ－42,6752
非ポリマー1,2278
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
4
G: Neurogenic locus notch homolog protein 1
H: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,90210
ポリマ－42,6752
非ポリマー1,2278
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.560, 95.570, 122.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN C
311CHAIN E
411CHAIN G
112CHAIN B
212CHAIN D
312CHAIN F
412CHAIN H

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1


分子量: 13524.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Notch1 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q07008
#2: タンパク質
Delta-like protein


分子量: 29150.729 Da / 分子数: 4 / Mutation: G28S, F107L, L206P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dll4, Dll4_predicted, rCG_26804 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3ZHH1

-
糖 , 3種, 22分子

#4: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 10分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

配列の詳細Delta-like protein had C-terminal tag CDQAAAHHHHHHHH which is either disordered or cleaved after ...Delta-like protein had C-terminal tag CDQAAAHHHHHHHH which is either disordered or cleaved after treatment with carboxypeptidase prior to crystallization.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: PEG 3350, MgSO4, Tris-HCl p, D-(+)-Galactose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→84.064 Å / Num. obs: 27009 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 87.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Net I/σ(I): 6.12
反射 シェル解像度: 3.39→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 96.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.99 Å47.83 Å
Translation3.99 Å47.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV-1839精密化
XDSデータ削減
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.39→84.06 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1330 4.95 %Random selection
Rwork0.257 ---
obs0.26 26865 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 141.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→84.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11507 0 266 0 11773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71916606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2244448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032179
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A2189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C2189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13E2189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14G2189X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B4803X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D4803X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
23F4803X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
24H4803X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3912-3.5270.4581370.39252706X-RAY DIFFRACTION95
3.527-3.68750.40031520.3552799X-RAY DIFFRACTION99
3.6875-3.88190.36041470.32782854X-RAY DIFFRACTION99
3.8819-4.12510.3111510.29582830X-RAY DIFFRACTION99
4.1251-4.44360.32521480.25612832X-RAY DIFFRACTION99
4.4436-4.89070.29381490.2132858X-RAY DIFFRACTION100
4.8907-5.59830.25971440.21482874X-RAY DIFFRACTION100
5.5983-7.05270.28441540.25082887X-RAY DIFFRACTION100
7.0527-84.08960.27741480.20962895X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8601-4.1919-3.22944.16953.39252.7089-0.1288-0.7765-0.59251.60570.45992.04240.66070.3016-0.32331.58510.36160.36771.09280.19141.9271-0.0596.324146.284
23.9586-5.1625-0.71056.78771.38728.4467-0.3604-0.12190.65581.56010.74612.49080.2261-0.1688-0.16161.04510.13910.23350.9191-0.20421.59345.635-0.221141.388
35.4027-1.4015-2.01078.29393.50124.1933-1.5332-0.43330.0712.86091.3051.48250.30970.40140.12672.00870.41750.01080.89590.21651.20495.2411.494146.382
46.4674-5.3389-0.93429.6537-0.54780.5798-0.4515-0.12520.28690.33160.8505-0.55110.21470.0105-0.42411.1420.2386-0.29550.95760.0111.063532.331-49.929138.165
52.01071.4061-1.53292.4839-0.22343.5998-0.322-0.22060.4895-2.15090.50790.71960.0181-0.041-0.15061.16570.1444-0.16180.85310.03460.644211.759-14.876185.281
65.1862-6.81223.28598.9693-4.40332.31621.0222-0.56180.2239-1.07780.11860.85310.75081.0762-1.16682.38120.14520.02421.05740.21812.10555.10528.735176.999
73.45730.6281-2.15952.64090.27754.9733-0.06180.56290.10120.3544-0.69761.5798-1.1424-0.3232-0.30420.1550.24550.36821.1617-0.23740.5321-6.0546.485204.815
84.4203-3.7299-1.12245.89123.51752.7381-0.0045-0.3307-0.57070.4470.4091.4050.67720.0685-0.280.66340.02330.25680.82770.08211.176-5.668-3.529205.101
97.327-2.07570.53238.8261.94463.4466-0.7784-0.55510.01450.08350.3008-1.2263-0.4998-0.02410.05060.488-0.00160.31610.8372-0.04460.3716-3.4030.391206.2
104.1481-2.8276-0.64634.94330.2469-0.0033-0.1203-0.1374-0.69670.64130.4410.75470.20850.1176-0.33021.50350.2365-0.22720.9590.03981.198824.075-51.679199.174
117.1839-0.76441.35939.0094-0.98962.34590.07690.01290.39661.49650.0712-0.5576-0.02280.6272-0.1911.40710.1975-0.431.0635-0.04181.137816.68323.645143.445
122.0359-0.87031.68262.9029-1.3993.2905-0.6103-0.38620.70931.7140.45721.4673-0.43490.27610.27311.50450.3402-0.30161.2306-0.1641.88042.90143.691145.31
135.1054-4.05140.72937.0629-4.13363.7999-0.6342-0.2074-0.17482.3101-0.1932.241-1.191-0.18590.79161.96920.4801-0.06041.2443-0.18662.5013-14.29278.526139.592
142.74040.83211.40572.9381-2.08063.11850.38851.2137-0.68350.0501-1.3036-2.06510.60390.08170.81761.54370.26680.20071.07820.08052.345-30.56598.871134.334
154.8989-3.363-0.17838.1741-4.29944.2019-0.39460.12240.09751.88350.43981.2027-0.61490.1751-0.06210.7501-0.0322-0.4560.866-0.14520.79929.56219.679209.386
168.2233-3.98891.12398.759-2.70088.25280.60110.23380.8743-0.2263-0.3039-0.2848-0.54170.1849-0.28780.69120.02050.16870.5829-0.07560.7049.64820.692204.096
176.95544.96010.86084.25612.26075.44380.7262-0.4368-0.03571.5997-0.12220.6193-0.2102-0.3283-0.71361.26280.1787-0.37380.94320.38351.36591.13530.642200.722
188.2926-3.83723.3326.4824-2.91673.2698-0.5411-0.30941.2949-0.11490.1456-0.1016-0.5167-0.33310.29961.05010.0103-0.21130.6592-0.05010.75385.12424.439206.107
191.82640.444-1.6345.5507-0.07671.39460.3854-0.0892-0.51141.22130.7330.4813-0.3473-0.1524-1.08621.61750.3984-0.11521.1023-0.15061.31-13.8462.947201.416
203.3366-1.75524.00255.2907-3.40355.3756-1.1276-0.52-0.44010.93391.13310.20820.1716-0.2982-0.01831.41170.23960.20970.87320.011.6536-31.89691.49198.024
211.9507-0.3949-0.99187.8534-1.5333.30370.53190.37080.947-2.4494-0.37020.09410.10180.2344-0.16451.40750.1639-0.26410.97790.26411.577418.692-13.084124.938
223.12062.98810.27963.08050.04810.0240.21830.56481.9312-1.1843-1.0106-0.8613-0.61970.97450.95242.49580.26390.21091.34050.46951.743713.39723.041117.053
232.17061.25040.41943.65310.66432.5760.73440.4805-0.1162-1.1133-0.94660.1498-0.350.00220.14461.47040.28-0.38291.05960.06942.8016-3.35841.661125.354
247.6003-2.4074-0.28077.24984.73773.3143-0.8954-0.44370.8662-1.72450.59821.4253-1.6943-1.08620.27621.64680.1584-0.06041.05640.15781.74932.971-1.863116.686
251.7838-2.42071.29734.38510.47074.8020.59950.38810.3116-1.5465-0.43030.5792-0.0790.1947-0.13450.87230.11920.02760.7657-0.14861.3345-10.03840.221185.614
268.0666-6.0816-1.25684.55350.94940.32430.3333-0.53070.1473-0.8721-0.0711-1.757-0.4796-1.3294-0.29421.93680.262-0.131.0696-0.13621.2744-3.037-3.079176.189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 26:95 )B26 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 96:123 )B96 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 124:185 )B124 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 186:284 )B186 - 284
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 482:482 )C482
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 493:530 )C493 - 530
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 26:76 )D26 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 77:117 )D77 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 118:185 )D118 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 186:283 )D186 - 283
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 26:148 )F26 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 149:213 )F149 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN F AND RESID 214:255 )F214 - 255
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN F AND RESID 256:283 )F256 - 283
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND RESID 26:48 )H26 - 48
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN H AND RESID 49:95 )H49 - 95
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN H AND RESID 96:117 )H96 - 117
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 118:185 )H118 - 185
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN H AND RESID 186:234 )H186 - 234
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN H AND RESID 236:283 )H236 - 283
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN A AND RESID 414:492 )A414 - 492
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN A AND RESID 493:526 )A493 - 526
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 414:492 )E414 - 492
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 493:530 )E493 - 530
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN G AND RESID 414:492 )G414 - 492
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN G AND RESID 493:530 )G493 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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