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- PDB-4xlq: Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xlq
タイトルCrystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • DNA (26-MER)
  • DNA (30-MER)
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードtranscription/DNA / protein-DNA complex / Bacterial transcription initiation complex / transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.6 Å
Model details5' end of template strand is at -11
データ登録者Bae, B. / Darst, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053759 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure of a bacterial RNA polymerase holoenzyme open promoter complex.
著者: Bae, B. / Feklistov, A. / Lass-Napiorkowska, A. / Landick, R. / Darst, S.A.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor SigA
O: DNA (30-MER)
P: DNA (26-MER)
R: DNA (30-MER)
S: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)869,24522
ポリマ－868,93516
非ポリマー3106
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
O: DNA (30-MER)
P: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,62311
ポリマ－434,4688
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52490 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area149450 Å2
手法PISA
2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor SigA
R: DNA (30-MER)
S: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,62311
ポリマ－434,4688
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53330 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area142650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)288.230, 288.230, 535.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' or chain 'B' or (chain 'C' and (resseq...
211chain 'G' or chain 'H' or (chain 'I' and (resseq...
112chain 'C' and (resseq 22:130 or resseq 336:392)
212chain 'I' and (resseq 22:130 or resseq 336:392)
113chain 'C' and (resseq 143:324)
213chain 'I' and (resseq 143:324)
114(chain 'C' and resseq 703:830) or (chain 'F' and resseq 335:423)
214(chain 'I' and resseq 703:830) or (chain 'L' and resseq 335:423)
115(chain 'C' and resseq 1058:1119) or (chain 'D' and (resseq...
215(chain 'I' and resseq 1058:1119) or (chain 'J' and (resseq...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細biological unit is a hetero 6-mer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains ABCDEFOP and GHIJKLRS

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 34830.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU8, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 124930.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 171187.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU6, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11642.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9EVV4, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 39864.730 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: sigA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EZJ8

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ORPS

#6: DNA鎖 DNA (30-MER) / DNA non-template strand


分子量: 9235.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA non-template strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (26-MER) / DNA template strand


分子量: 7945.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 135196 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 154.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Χ2: 1.058 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 1.8 / Num. measured all: 1367979
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
4.5-4.669.9133310.86799.8
4.66-4.8510.1133140.8799.9
4.85-5.0710.2133470.88299.9
5.07-5.3310.3133700.87699.9
5.33-5.6710.4134310.999.9
5.67-6.1110.3134510.92799.9
6.11-6.7210.3135000.94499.9
6.72-7.6910.2135450.9881000.805
7.69-9.6710137241.3081000.257
9.67-509.5141832.0381000.113

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.6→49.807 Å / SU ML: 0.85 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 6221 5.04 %
Rwork0.2449 --
obs0.2467 123358 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.6→49.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54208 2263 6 0 56477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00557731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12178487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.90322411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059912
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A15542X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12G15542X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.421
21C1279X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22I1279X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
31C1431X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32I1431X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
41C1714X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42I1714X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.105
51C5258X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52I5258X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.6-4.65220.36241690.3493308X-RAY DIFFRACTION84
4.6522-4.70690.37861850.34423526X-RAY DIFFRACTION91
4.7069-4.76430.37771990.34813656X-RAY DIFFRACTION94
4.7643-4.82450.39232070.33283805X-RAY DIFFRACTION97
4.8245-4.8880.37981940.34393853X-RAY DIFFRACTION98
4.888-4.95490.39242090.34453867X-RAY DIFFRACTION99
4.9549-5.02560.38291920.35243847X-RAY DIFFRACTION99
5.0256-5.10050.38122080.34613886X-RAY DIFFRACTION99
5.1005-5.18020.38021930.34213900X-RAY DIFFRACTION99
5.1802-5.2650.35552080.33263906X-RAY DIFFRACTION99
5.265-5.35570.40032280.32863888X-RAY DIFFRACTION100
5.3557-5.45290.35852180.32143893X-RAY DIFFRACTION100
5.4529-5.55770.34892130.31153917X-RAY DIFFRACTION100
5.5577-5.6710.33731770.30413963X-RAY DIFFRACTION100
5.671-5.79410.342040.30413912X-RAY DIFFRACTION100
5.7941-5.92870.35782340.30853904X-RAY DIFFRACTION100
5.9287-6.07670.34321970.30583969X-RAY DIFFRACTION100
6.0767-6.24070.3512050.29233939X-RAY DIFFRACTION100
6.2407-6.4240.32452090.27913941X-RAY DIFFRACTION100
6.424-6.63090.27642050.25213940X-RAY DIFFRACTION100
6.6309-6.86730.30822340.23313973X-RAY DIFFRACTION100
6.8673-7.14150.27212160.21583948X-RAY DIFFRACTION100
7.1415-7.46550.20872230.19293924X-RAY DIFFRACTION100
7.4655-7.85760.21061910.1724028X-RAY DIFFRACTION100
7.8576-8.34780.19872070.14813982X-RAY DIFFRACTION100
8.3478-8.98890.18232130.13834017X-RAY DIFFRACTION100
8.9889-9.88710.15862180.13584022X-RAY DIFFRACTION100
9.8871-11.30320.15492050.13064048X-RAY DIFFRACTION100
11.3032-14.18610.17422160.16364103X-RAY DIFFRACTION100
14.1861-49.81020.32642440.30724272X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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