PDB-4xlc: Tailspike protein double mutant D339N/E372A of E. coli bacterioph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xlc

タイトル

Tailspike protein double mutant D339N/E372A of E. coli bacteriophage HK620

要素

Tail spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta helix / protein-carbohydrate complex / pectin lyase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Enthalpic cost of water removal from a hydrophobic glucose binding cavity on HK620 tailspike protein.
著者: Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Kunstmann, S. / Santer, M. / Heinemann, U. / Lipowski, R. / Seckler, R. / Barbirz, S.

履歴

登録	2015年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xlc.cif.gz	255.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xlc.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xkvC 4xkwC 4xl9C 4xlaC 4xleC 4xlfC 4xlhC 4xm3C 4xmyC 4xn0C 4xn3C 4xnfC 4xonC 4xopC 4xorC 4xotC 4xqfC 4xr6C 4yejC 4yelC 4avzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xle-1 2vji-1 4xop-1 4xnf-1 4xl9-1 4xor-1 4avz-1 6gvr-1 4xr6-1 4xkw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.176, 74.176, 174.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1440- HOH
2	1	A-1454- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y+1,x-y,z and -x+y+1,-x+1,z.

#1: タンパク質	Tail spike protein 分子量: 64531.246 Da / 分子数: 1 / 断片: head binding, unp residues 112-710 / 変異: D339N, E372A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK620 (ファージ) プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AYY6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 3.5 M Sodiumformate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→43.67 Å / Num. obs: 48154 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 292708

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.85-1.89	5.9	0.859	2	16414	2784	0.665	0.382	94.5
9.07-43.67	4.9	0.021	51.3	2378	488	1	0.01	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.94 Å	43.67 Å
Translation	5.94 Å	43.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AVZ

4avz

解像度: 1.85→43.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.1692 / WR_factor R_work: 0.1221 / FOM work R set: 0.8573 / SU B: 6.76 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1278 / SU R_free: 0.1268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	2407	5 %	RANDOM
R_work	0.1479	45746	-	-
obs	0.1505	48154	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.43 Å² / B_iso mean: 22.597 Å² / B_iso min: 11.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0.38 Å²	-0 Å²
2-	-	0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→43.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4543	0	27	555	5125
B_iso mean	-	-	30.66	31.79	-
残基数	-	-	-	-	599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	1.916	6523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	9742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.124	5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.625	24.386	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.538	15	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.786	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.667	1.023	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.668	1.023	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.974	1.531	3096

LS精密化シェル

解像度: 1.852→1.901 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	171	-
R_work	0.243	3230	-
all	-	3401	-
obs	-	-	96.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5017	-2.104	2.7344	18.1641	1.2664	34.857	0.2534	0.1101	-0.1058	-1.5771	0.0932	0.6857	0.1884	0.028	-0.3466	0.5068	-0.0314	-0.1131	1.0935	0.1861	0.3511	33.6139	25.8607	-24.1611
2	1.3948	2.0535	-0.7401	6.3832	-2.0529	2.7979	-0.0537	0.2533	0.0076	-0.3617	-0.0654	0.089	0.0964	-0.0211	0.1191	0.1668	0.0246	-0.015	0.2224	-0.0254	0.1085	31.002	18.5567	-7.6568
3	0.8674	0.0012	-0.1672	1.1075	0.3266	3.0368	-0.1218	0.111	0.0761	-0.0338	-0.0583	-0.0291	-0.3608	-0.0401	0.1801	0.2014	0.0142	-0.0803	0.1151	0.0347	0.1215	34.8674	41.6888	10.1929
4	14.6755	-8.1047	-3.5518	13.0544	2.7916	5.1451	0.1438	0.2207	0.3518	-0.0863	-0.3581	0.5189	-0.5516	-0.667	0.2143	0.2074	0.0624	-0.0617	0.341	0.0108	0.1952	18.4484	42.4252	21.9212
5	1.2498	0.1556	0.1493	0.4275	0.0386	1.5169	-0.0619	0.0812	0.1037	-0.0959	-0.0747	0.0189	-0.2968	-0.0073	0.1366	0.1133	0.0078	-0.0536	0.0372	0.0149	0.1004	36.202	39.7716	29.9348
6	3.4142	-0.4904	-0.0067	0.4536	0.2755	1.9896	-0.0089	0.101	0.1666	-0.0981	-0.1161	0.1268	-0.3169	-0.2922	0.125	0.0965	0.0434	-0.0447	0.0736	-0.0156	0.1187	28.2574	39.519	42.9896
7	1.8742	0.4252	-0.251	1.0399	0.2579	0.9249	-0.046	0.0096	0.1669	-0.0531	-0.0104	0.0183	-0.2052	-0.0148	0.0564	0.0526	0.0023	-0.0269	0.0016	0.0088	0.0827	37.9644	39.1592	52.1826
8	12.4718	5.628	1.9192	9.3711	-7.6296	11.1423	-0.4891	-0.3077	1.5323	0.5802	0.0393	0.2442	-1.384	-0.0913	0.4499	0.6455	-0.0747	0.1828	0.2027	-0.2709	0.7036	36.1762	50.3313	60.0216
9	0.962	-0.1042	0.0463	0.1617	-0.101	0.6634	-0.0156	-0.0668	0.1054	0.0544	-0.0208	-0.0325	-0.0696	0.0375	0.0365	0.0257	-0.0057	-0.0104	0.0145	-0.0062	0.1329	38.8411	37.5693	69.9914
10	1.0413	-0.1937	1.0139	0.1211	-0.1439	1.9764	0.0315	-0.0028	-0.0083	0.0422	-0.0067	-0.0406	-0.1073	0.0821	-0.0248	0.0586	-0.016	-0.0056	0.0516	-0.0109	0.1555	41.6788	30.5708	93.1471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	111 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	149 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	251 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	260 - 392
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	393 - 438
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	439 - 524
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	525 - 532
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	533 - 636
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	637 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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