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- PDB-4xkz: Crystal structure of the C-terminal anticodon loop binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xkz
タイトルCrystal structure of the C-terminal anticodon loop binding domain of a valyl-tRNA synthetase from Pseudomonas aeruginosa
要素Valine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / structural genomics / aminoacylation / tRNA binding / protein synthesis / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


valine-tRNA ligase / valine-tRNA ligase activity / valyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Valine-tRNA ligase / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Valyl tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Valyl tRNA synthetase tRNA binding arm / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding ...Valine-tRNA ligase / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Valyl tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Valyl tRNA synthetase tRNA binding arm / Valyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Valine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal anticodon loop binding domain of a valyl-tRNA synthetase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Edwards, T.E. / Fox III, D. / Manoil, C.
履歴
登録2015年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Valine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5377
ポリマ－30,7291
非ポリマー8086
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.360, 103.360, 79.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Valine-tRNA ligase / Valyl-tRNA synthetase / ValRS


分子量: 30729.281 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal anticodon loop binding domain (UNP residues 639-898)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: valS, PA3834 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXH0, valine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PsaeA.18849.a.B4.PW37589 at 18 mg/mL against Morpheus screen condition B6 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M ...詳細: PsaeA.18849.a.B4.PW37589 at 18 mg/mL against Morpheus screen condition B6 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, crystal tracking ID 259627b6, unique puck ID oaf3-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 31655 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 31.84 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 20.8 / Num. measured all: 236363
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-20.9390.4693.7517404230923090.503100
2-2.060.960.3694.8116879224722430.39699.8
2.06-2.120.9750.2856.2616475218921870.30699.9
2.12-2.180.9820.2387.4616132214321420.256100
2.18-2.250.9880.1949.0215655208420820.20899.9
2.25-2.330.9910.16610.515150201320070.17899.7
2.33-2.420.9930.13313.0214576193419310.14299.8
2.42-2.520.9960.11414.5614037186618630.12399.8
2.52-2.630.9970.09318.0813464179617910.09999.7
2.63-2.760.9970.07621.9412899172017070.08299.2
2.76-2.910.9980.06724.3612370165116440.07299.6
2.91-3.080.9980.05728.7611553155315410.06199.2
3.08-3.30.9990.04933.4610913147514630.05399.2
3.3-3.560.9990.04140.610145137313640.04499.3
3.56-3.90.9990.03745.489292126812490.03998.5
3.9-4.360.9990.03348.478490117411550.03598.4
4.36-5.040.9990.03250.847422103710140.03597.8
5.04-6.170.9990.03447.3862568938730.03797.8
6.17-8.720.9990.0347.3248197146930.03397.1
8.720.9990.02850.9124324393970.0390.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.1842 / WRfactor Rwork: 0.1497 / FOM work R set: 0.8785 / SU B: 5.475 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1023 / SU Rfree: 0.1059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1934 1585 5 %RANDOM
Rwork0.1558 30043 --
obs0.1576 31655 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.54 Å2 / Biso mean: 35.286 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å20 Å20 Å2
2---1.81 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 24 274 2270
Biso mean--50.36 37.9 -
残基数----251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7751.952779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06134474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2535254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42123.77698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01415338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4161518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5422.5731007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5372.571006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2923.8441258
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 121 -
Rwork0.214 2182 -
all-2303 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.0327 Å / Origin y: 5.8399 Å / Origin z: 15.7221 Å
111213212223313233
T0.0193 Å2-0.0229 Å2-0.005 Å2-0.04 Å2-0.005 Å2--0.0357 Å2
L1.7463 °20.434 °20.1816 °2-0.5991 °20.0747 °2--0.451 °2
S0.0945 Å °-0.2331 Å °0.1199 Å °0.0756 Å °-0.078 Å °-0.01 Å °-0.0299 Å °0.0064 Å °-0.0165 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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