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万見
- PDB-4xku: E coli BFR variant Y114F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xku
タイトルE coli BFR variant Y114F
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron Storage / diiron site
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Hemmings, A.M. / Le Brun, N.E. / Bradley, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/IO21884/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Three Aromatic Residues are Required for Electron Transfer during Iron Mineralization in Bacterioferritin.
著者: Bradley, J.M. / Svistunenko, D.A. / Lawson, T.L. / Hemmings, A.M. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2015年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,46527
ポリマ－222,02412
非ポリマー1,44115
水53,8112987
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,93054
ポリマ－444,04824
非ポリマー2,88230
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_776-y+2,-x+2,-z+11
Buried area80260 Å2
ΔGint-698 kcal/mol
Surface area132980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.560, 207.560, 142.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-502-

HOH

21E-376-

HOH

31E-459-

HOH

41L-394-

HOH

51L-440-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557


分子量: 18502.016 Da / 分子数: 12 / 変異: Y114F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: bfr, b3336, JW3298 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD3, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate 0.1M sodium citrate / PH範囲: 4.8-5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→102.271 Å / Num. obs: 287797 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
xia2データ削減
PHENIX(phenix.phaser-MR: 1.8.2_1309)位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y3Q

2y3q


解像度: 1.78→102.271 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 14123 5.01 %
Rwork0.1879 --
obs0.1894 282002 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→102.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15448 0 75 2987 18510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92122205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8366385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.80020.30614840.28819083X-RAY DIFFRACTION98
1.8002-1.82140.32494760.28019040X-RAY DIFFRACTION98
1.8214-1.84360.30444550.26599065X-RAY DIFFRACTION98
1.8436-1.8670.3124440.26679037X-RAY DIFFRACTION97
1.867-1.89150.29564460.24928714X-RAY DIFFRACTION95
1.8915-1.91750.28574520.23788975X-RAY DIFFRACTION97
1.9175-1.94480.26655020.22319003X-RAY DIFFRACTION98
1.9448-1.97390.26744930.21189052X-RAY DIFFRACTION98
1.9739-2.00470.2284810.20719006X-RAY DIFFRACTION98
2.0047-2.03760.22544370.21169046X-RAY DIFFRACTION97
2.0376-2.07270.23414570.20279007X-RAY DIFFRACTION98
2.0727-2.11040.22684620.19899055X-RAY DIFFRACTION98
2.1104-2.1510.21914810.18358958X-RAY DIFFRACTION97
2.151-2.19490.214590.1789010X-RAY DIFFRACTION97
2.1949-2.24270.21994430.17669036X-RAY DIFFRACTION97
2.2427-2.29480.20954730.17018971X-RAY DIFFRACTION97
2.2948-2.35220.21194780.18068809X-RAY DIFFRACTION95
2.3522-2.41580.20214540.17448730X-RAY DIFFRACTION94
2.4158-2.48690.21064940.17658945X-RAY DIFFRACTION97
2.4869-2.56720.20985050.17348906X-RAY DIFFRACTION96
2.5672-2.6590.21155010.18058928X-RAY DIFFRACTION96
2.659-2.76540.19725070.17828931X-RAY DIFFRACTION96
2.7654-2.89130.20414510.1718941X-RAY DIFFRACTION96
2.8913-3.04370.20964730.16858890X-RAY DIFFRACTION95
3.0437-3.23450.1934620.1718828X-RAY DIFFRACTION94
3.2345-3.48420.1974360.16198645X-RAY DIFFRACTION92
3.4842-3.83480.18094950.15798859X-RAY DIFFRACTION94
3.8348-4.38980.16764850.15228836X-RAY DIFFRACTION94
4.3898-5.53060.20724500.18248881X-RAY DIFFRACTION93
5.5306-102.44040.23134870.22668692X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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