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- PDB-4xkf: Crystal structure of hemagglutinin from Taiwan (2013) H6N1 influe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xkf
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from Taiwan (2013) H6N1 influenza virus in complex with LSTa
要素
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin HA2 chain / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.446 Å
データ登録者Tzarum, N. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2015
タイトル: Structure and Receptor Binding of the Hemagglutinin from a Human H6N1 Influenza Virus.
著者: Tzarum, N. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Yu, W. / McBride, R. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2015年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,89113
ポリマ－173,8896
非ポリマー2,0027
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31310 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area61290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.735, 99.271, 133.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37331.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Taiwan/2/2013(H6N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A0J9X268*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20631.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Taiwan/2/2013(H6N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A0J9X267*PLUS
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10mM NiCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 20% (w/v) MPEG 2000 and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.446→50 Å / Num. obs: 71296 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.439 / Net I/av σ(I): 16.673 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 249206
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.446-2.492.90.44832960.7760.2940.5390.66893
2.49-2.543.20.41934200.830.2640.4970.6996
2.54-2.593.30.41535060.8130.260.4910.73497
2.59-2.643.40.39335260.8680.2440.4640.76398.9
2.64-2.73.40.34635800.8980.2150.4090.77899.4
2.7-2.763.40.31135490.9020.1940.3670.84499.8
2.76-2.833.50.27435940.9260.170.3230.88899.9
2.83-2.93.30.24435710.9310.1560.2911.00299.9
2.9-2.993.50.21535610.9450.1340.2541.09399.9
2.99-3.093.50.18336010.9550.1140.2171.201100
3.09-3.23.70.16435990.9670.0990.1921.327100
3.2-3.323.70.14535660.9730.0870.171.48799.9
3.32-3.483.70.12635830.9770.0760.1481.64499.9
3.48-3.663.60.1135860.9790.0670.1291.90999.7
3.66-3.893.40.09636030.9840.0610.1142.07799.9
3.89-4.193.70.08336190.9870.0510.0982.17699.9
4.19-4.613.80.07335990.9910.0430.0852.34799.9
4.61-5.283.70.06836010.9920.0410.082.19899.9
5.28-6.653.50.06536430.9930.040.0761.96699.8
6.65-503.60.05536930.9950.0320.0652.10199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000705bデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XKD

4xkd


解像度: 2.446→49.636 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 3599 5.05 %
Rwork0.2107 67675 -
obs0.2129 71268 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.46 Å2 / Biso mean: 47.8726 Å2 / Biso min: 17.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.446→49.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11894 0 130 140 12164
Biso mean--79.91 47.54 -
残基数----1498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56716682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0162159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1474486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4461-2.47830.3481120.29212281239386
2.4783-2.51220.35131210.26812491261295
2.5122-2.54810.34241300.26662532266296
2.5481-2.58610.32571410.27732529267098
2.5861-2.62660.35131370.2622594273199
2.6266-2.66960.3281350.25652587272299
2.6696-2.71560.35141380.253126072745100
2.7156-2.7650.3071210.233626712792100
2.765-2.81820.26881550.231325802735100
2.8182-2.87570.28141220.225326212743100
2.8757-2.93820.27871530.229626142767100
2.9382-3.00660.2721490.22326202769100
3.0066-3.08180.26841430.224926182761100
3.0818-3.16510.3171270.220326252752100
3.1651-3.25820.29011550.223626022757100
3.2582-3.36330.25441210.217626402761100
3.3633-3.48350.27131360.217526682804100
3.4835-3.62290.25111300.199826372767100
3.6229-3.78780.261360.191926162752100
3.7878-3.98740.21461450.18426222767100
3.9874-4.23710.2261490.168626312780100
4.2371-4.5640.17781480.157426352783100
4.564-5.02290.18781410.160426582799100
5.0229-5.74880.24811410.194426372778100
5.7488-7.23930.25321460.235726622808100
7.2393-49.64570.24281670.244626912858100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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