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- PDB-4xk1: Crystal Structure of a Phosphoserine/phosphohydroxythreonine Amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xk1
タイトルCrystal Structure of a Phosphoserine/phosphohydroxythreonine Aminotransferase (PSAT) from Pseudomonas aeruginosa with cofactor Pyridoxal Phosphate and bound Glutamate
要素Phosphoserine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / Phosphoserine aminotransferase / Phosphohydroxythreonine aminotransferase / PSAT / Aminotransferase class-V / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxine biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Phosphoserine aminotransferase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GLUTAMIC ACID / Phosphoserine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Phosphoserine/phosphohydroxythreonine Aminotransferase (PSAT) from Pseudomonas aeruginosa with cofactor Pyridoxal Phosphate and bound Glutamate
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年10月11日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell / software / struct_keywords
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_keywords.text
改定 2.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine aminotransferase
B: Phosphoserine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7846
ポリマ－82,4992
非ポリマー2854
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.220, 72.220, 268.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細biological unit is a dimer, same as the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine aminotransferase / Phosphohydroxythreonine aminotransferase / PSAT


分子量: 41249.352 Da / 分子数: 2 / 断片: PsaeA.00980.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: serC, PA3167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZ66, phosphoserine transaminase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PsaeA.00980.a.B1.PW37585 at 22 mg/ml mixed 1:1 with Morpheus(g9): 10% PEG-20,000, 20% PEG-MME-550, 0.1M bicine/ trizma base, pH=8.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium ...詳細: PsaeA.00980.a.B1.PW37585 at 22 mg/ml mixed 1:1 with Morpheus(g9): 10% PEG-20,000, 20% PEG-MME-550, 0.1M bicine/ trizma base, pH=8.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 45360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 42.66 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 26.24 / Num. measured all: 328897
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.15-2.217.40.8870.5433.5424398329132940.584100
2.21-2.270.9350.4174.6123866323732370.449100
2.27-2.330.9650.3165.9223225314231420.339100
2.33-2.40.9740.2617.2322459303630360.28100
2.4-2.480.9860.2029.2821827294529450.217100
2.48-2.570.9890.16311.2921131285728570.175100
2.57-2.670.9950.12414.3820346276127610.133100
2.67-2.780.9960.0981819778268726870.106100
2.78-2.90.9970.07822.3218832255925580.084100
2.9-3.040.9980.06626.2517830243324330.07100
3.04-3.210.9990.0533.7917174234723460.054100
3.21-3.40.9990.0441.3216069221522150.043100
3.4-3.630.9990.03447.5415085210821080.037100
3.63-3.930.9990.0354.9913845195319530.032100
3.93-4.30.9990.02957.7712779182418210.03199.8
4.3-4.810.9990.02662.1511612166716700.028100
4.81-5.5510.0246210254146614650.02699.9
5.55-6.810.02161.348723125912590.023100
6.8-9.620.9990.01864.386670101710160.0299.9
9.620.9990.01860.4529946095570.01991.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→40.741 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2199 4.98 %
Rwork0.1793 41983 -
obs0.1813 44182 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.48 Å2 / Biso mean: 57.2411 Å2 / Biso min: 25.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→40.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5356 0 19 233 5608
Biso mean--76.26 50.66 -
残基数----702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1117522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1681917
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1501-2.19680.28051120.22642430254291
2.1968-2.24790.30981260.21622453257993
2.2479-2.30410.24841450.20852445259093
2.3041-2.36640.31581230.20842541266495
2.3664-2.4360.24931410.20362516265796
2.436-2.51470.25761460.19852574272097
2.5147-2.60450.23391260.19712621274798
2.6045-2.70880.23081850.19152561274699
2.7088-2.8320.27761130.20322672278599
2.832-2.98130.2711360.21252682281899
2.9813-3.1680.2481360.21252660279699
3.168-3.41250.22841490.199326922841100
3.4125-3.75570.2361380.174727222860100
3.7557-4.29870.17521400.150627212861100
4.2987-5.41380.17061490.14327832932100
5.4138-40.74850.19721340.172910304498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3628-2.79155.71063.9769-4.00546.52180.09140.52-0.30450.9662-0.11250.1214-0.55970.71420.04120.60350.0413-0.00440.34660.01920.272915.796512.315515.6232
21.53460.3816-0.57942.448-1.73632.42150.09990.285-0.0096-0.08240.05450.1876-0.02060.0737-0.17450.54240.1039-0.08540.3208-0.01860.2903-3.081710.610711.7674
38.0231-1.19641.82293.6071-0.20972.5067-0.2883-0.64490.16760.17880.33820.3115-0.247-0.3051-0.0030.60870.12260.03660.2410.04140.3647-5.86390.011836.7023
44.2078-1.07860.21320.8023-0.1811.05980.3063-0.0318-0.6051-0.0627-0.10630.18050.3102-0.0244-0.18230.63090.0783-0.0380.19460.00960.4439-0.6239-8.617533.3125
56.0086-0.9806-0.77730.823-0.51642.9947-0.01070.18510.0045-0.1655-0.04060.07510.0767-0.00480.06490.49990.0693-0.02730.2056-0.01710.3-5.26152.560321.2244
62.8855-1.03772.14172.1556-1.60884.02940.16550.2687-0.2153-0.1082-0.2112-0.00840.22840.63210.0360.45430.08110.0410.304-0.02150.285113.36480.623421.312
73.5819-0.1842.2321.90260.49115.6461-0.08260.17650.3663-0.2099-0.14950.0518-1.55130.910.12290.7912-0.1310.11710.50220.05020.386922.8776.968931.7005
88.31871.56913.98474.55431.84526.86940.38180.16810.2340.06740.093-0.4526-0.48262.1543-0.51580.4904-0.0760.090.7964-0.04650.433331.72641.226926.8297
94.4507-1.6207-2.36897.2637-0.26885.27420.4581-0.1150.2678-0.0811-0.478-0.4418-0.71920.9591-00.6486-0.1501-0.01980.4207-0.08150.35799.820225.529815.8086
101.918-0.90060.30132.05290.15371.2819-0.0701-0.08780.02780.21160.1690.3033-0.5647-0.0326-0.09360.80660.12870.03220.2832-0.02060.4634-13.877329.720928.3381
114.1076-1.01641.08032.8319-0.79611.3285-0.07840.31410.4512-0.23970.10770.0891-0.5221-0.05790.03060.98820.01380.01580.36940.03780.3607-7.131837.501114.1675
125.0974-0.05173.28456.01910.21682.158-0.47810.9210.24-0.93410.02050.36040.91420.50.39651.416-0.17240.18561.0368-0.18010.5535-14.03431.2046-2.6745
134.6195-0.1423.34311.70571.47153.8739-0.59070.77030.4925-0.25760.4637-0.1642-0.7393-0.18540.11771.0101-0.16430.06330.57250.11250.5421-6.908939.61174.7359
142-6.63395.71135.479-1.89034.7026-0.5646-1.4662.47510.32830.1922-1.8777-0.62341.70840.43460.9208-0.2263-0.34420.87590.06140.802721.749614.600216.3765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 88 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 113 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 173 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 174 through 232 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 233 through 305 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 306 through 342 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 343 through 360 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 6 through 44 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 45 through 232 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 233 through 305 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 306 through 332 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 333 through 352 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 401 through 401 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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