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万見
- PDB-4xj5: Crystal structure of Vibrio cholerae DncV 3'-deoxy GTP bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xj5
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae DncV 3'-deoxy GTP bound form
要素Cyclic AMP-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / Cyclic GMP-AMP synthase / Bacterial virulence / nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Cyclic GMP-AMP synthase DncV-like, nucleotidyltransferase domain / Cyclic GMP-AMP synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.552 Å
データ登録者Kato, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of DncV, Bacterial Homolog of Cyclic GMP-AMP Synthase
著者: Kato, K. / Ishii, R. / Hirano, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,02016
ポリマ－44,3141
非ポリマー1,70715
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.950, 50.060, 72.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV


分子量: 44313.566 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-215,242-412 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KVG7, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 255分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GH3 / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dGTP


タイプ: RNA linking / 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG3350, sodium fluoride, Bis-Tris propane / PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 60205 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4XJ1

4xj1


解像度: 1.552→46.997 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 3018 5.02 %
Rwork0.1748 --
obs0.1757 60174 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.552→46.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 97 240 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3384221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4871158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5518-1.5760.35291290.30522234X-RAY DIFFRACTION85
1.576-1.60180.28521330.25872466X-RAY DIFFRACTION94
1.6018-1.62950.23931430.24752592X-RAY DIFFRACTION99
1.6295-1.65910.24991190.2192600X-RAY DIFFRACTION100
1.6591-1.6910.26351520.21062632X-RAY DIFFRACTION100
1.691-1.72550.24711370.20642613X-RAY DIFFRACTION100
1.7255-1.76310.23651320.20662604X-RAY DIFFRACTION100
1.7631-1.80410.25461460.2012621X-RAY DIFFRACTION100
1.8041-1.84920.22571290.19882629X-RAY DIFFRACTION100
1.8492-1.89920.23551450.19382611X-RAY DIFFRACTION100
1.8992-1.95510.2361320.18342652X-RAY DIFFRACTION100
1.9551-2.01820.261470.17872565X-RAY DIFFRACTION99
2.0182-2.09030.17281270.17052654X-RAY DIFFRACTION100
2.0903-2.1740.20981460.16572619X-RAY DIFFRACTION100
2.174-2.27290.18281400.16512632X-RAY DIFFRACTION100
2.2729-2.39280.18881320.16852615X-RAY DIFFRACTION100
2.3928-2.54270.19271310.17362647X-RAY DIFFRACTION100
2.5427-2.7390.1891440.17142623X-RAY DIFFRACTION100
2.739-3.01460.17061420.18482651X-RAY DIFFRACTION100
3.0146-3.45070.19681360.16922648X-RAY DIFFRACTION100
3.4507-4.3470.16421370.15022652X-RAY DIFFRACTION99
4.347-47.0190.15951390.1662596X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11421.4009-2.55342.3105-3.92765.34380.2026-0.2951-0.11450.3881-0.2656-0.0374-0.51920.46770.04120.3676-0.1082-0.01740.33680.03490.197141.45828.215870.424
20.45990.4727-0.89780.8731-1.52263.11330.0144-0.248-0.19590.2412-0.1012-0.02740.00010.19780.08480.2664-0.0272-0.01770.25180.06540.232539.875624.176662.6597
31.9951.1415-0.4351.7675-0.30630.9430.0380.0942-0.05580.0034-0.03930.05240.0328-0.07190.00070.14380.0111-0.02570.1711-0.01680.139438.416535.077638.2762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 293 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 412 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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