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万見
- PDB-4xiz: Structure of a phospholipid trafficking complex with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xiz
タイトルStructure of a phospholipid trafficking complex with substrate
要素
  • Mitochondrial distribution and morphology protein 35
  • Protein UPS1, mitochondrial
キーワードLIPID TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / phospholipid / LIPID TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane ...TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRELI/MSF1 domain / Slowmo/Ups family / PRELI-like family / PRELI/MSF1 domain profile. / Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPP / Mitochondrial distribution and morphology protein 35 / Protein UPS1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yu, F. / He, F. / Wang, C. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of intramitochondrial phosphatidic acid transport mediated by Ups1-Mdm35 complex
著者: Yu, F. / He, F. / Yao, H. / Wang, C. / Wang, J. / Li, J. / Qi, X. / Xue, H. / Ding, J. / Zhang, P.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Refinement description
改定 1.32015年9月16日Group: Refinement description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein UPS1, mitochondrial
B: Protein UPS1, mitochondrial
M: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
N: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2366
ポリマ－54,9384
非ポリマー1,2982
水6,846380
1
A: Protein UPS1, mitochondrial
N: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1183
ポリマ－27,4692
非ポリマー6491
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
2
B: Protein UPS1, mitochondrial
M: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1183
ポリマ－27,4692
非ポリマー6491
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.022, 74.123, 87.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Protein UPS1, mitochondrial / Unprocessed MGM1 protein 1


分子量: 19493.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05776
#2: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量: 7975.900 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 6-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60200
#3: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2%(v/v)Tacsimate pH 6.0, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36740 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.394 / Net I/av σ(I): 15.354 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 150394
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.074.10.37536391.00499.9
2.07-2.154.10.30136951.02499.8
2.15-2.254.20.24137051.07499.9
2.25-2.374.20.18636621.11499.8
2.37-2.524.20.15436791.19299.8
2.52-2.714.20.12236571.21599.8
2.71-2.994.20.10636881.41199.9
2.99-3.424.10.10536951.96899.8
3.42-4.313.90.0936872.18298.8
4.31-503.90.08236331.88396

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9-1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.13 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1819 4.96 %
Rwork0.196 --
obs0.2018 36723 99.2 %
原子変位パラメータBiso max: 137.57 Å2 / Biso mean: 43.322 Å2 / Biso min: 16.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 88 380 4323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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