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万見
- PDB-4xiu: Binary complex structure of Klenow fragment of Taq DNA polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xiu
タイトルBinary complex structure of Klenow fragment of Taq DNA polymerase I707L mutant with DNA containing TTT overhang
要素
  • DNA polymerase I, thermostable
  • Synthetic oligonucleotide primer strand
  • Synthetic oligonucleotide template strand
キーワードTRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, E.Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: A Conservative Isoleucine to Leucine Mutation Causes Major Rearrangements and Cold Sensitivity in KlenTaq1 DNA Polymerase.
著者: Wu, E.Y. / Walsh, A.R. / Materne, E.C. / Hiltner, E.P. / Zielinski, B. / Miller, B.R. / Mawby, L. / Modeste, E. / Parish, C.A. / Barnes, W.M. / Kermekchiev, M.B.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Synthetic oligonucleotide primer strand
C: Synthetic oligonucleotide template strand
A: DNA polymerase I, thermostable
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8364
ポリマ－68,8123
非ポリマー241
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.030, 110.030, 90.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: DNA鎖 Synthetic oligonucleotide primer strand


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Synthetic oligonucleotide template strand


分子量: 4328.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60865.887 Da / 分子数: 1
Fragment: Klenow fragment of DNA polymerase I from Thermus aquatics
Mutation: I707L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21497 / Num. obs: 21497 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 2.684 / Net I/av σ(I): 21.394 / Net I/σ(I): 11.55 / Num. measured all: 102057
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.96 % / Num. unique all: 1322 / Χ2: 3.7 / Rejects: 0 / % possible all: 97.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.15 Å47.64 Å
Translation7.15 Å47.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KTQ

4ktq


解像度: 2.5→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.2965 / WRfactor Rwork: 0.2231 / FOM work R set: 0.777 / SU B: 12.317 / SU ML: 0.27 / SU R Cruickshank DPI: 1.0086 / SU Rfree: 0.3542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.009 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2861 1075 5 %RANDOM
Rwork0.223 20422 --
obs0.2261 20422 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.39 Å2 / Biso mean: 52.506 Å2 / Biso min: 22.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4191 530 1 1 4723
Biso mean--44.97 34 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0184873
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.8796720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.876310188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6235538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41222.461191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.36515712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7241547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021115
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 77 -
Rwork0.324 1478 -
all-1555 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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