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- PDB-4xih: Crystal structure of the R116A mutant AhpE from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xih
タイトルCrystal structure of the R116A mutant AhpE from Mycobacterium tuberculosis
要素AhpC/TSA family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxins
機能・相同性
機能・相同性情報


mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / response to nitrosative stress / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AhpC/TSA family protein / Alkyl hydroperoxide reductase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Tamu Dufe, V. / van Molle, I. / Pallo, A. / Messens, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G030512N ベルギー
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: The active site architecture in peroxiredoxins: a case study on Mycobacterium tuberculosis AhpE.
著者: Pedre, B. / van Bergen, L.A. / Pallo, A. / Rosado, L.A. / Dufe, V.T. / Molle, I.V. / Wahni, K. / Erdogan, H. / Alonso, M. / Proft, F.D. / Messens, J.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32016年8月24日Group: Database references
改定 2.02020年3月25日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AhpC/TSA family protein
B: AhpC/TSA family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6302
ポリマ－33,6302
非ポリマー00
水1,08160
1
A: AhpC/TSA family protein

B: AhpC/TSA family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6302
ポリマ－33,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_564-x+1/2,-y+3/2,z-1/21
Buried area1450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.260, 147.260, 33.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 AhpC/TSA family protein / Peroxiredoxin AhpE


分子量: 16814.902 Da / 分子数: 2 / 変異: R116A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CCDC5079) (結核菌)
遺伝子: ahpE, CCDC5079_2075, CFBS_2371 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7WEJ6, UniProt: P9WIE3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Na-malonate, 0.1 M Na-acetate, pH 4.5 / PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→104 Å / Num. obs: 17069 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.73 % / Biso Wilson estimate: 45.05 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 10.93 / Num. measured all: 74903
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.25-2.310.70.8161.834291127011050.93287
2.31-2.370.7190.7072.395328125912190.80296.8
2.37-2.440.8010.6022.785141119311760.68498.6
2.44-2.510.8240.5743.045439119511820.64898.9
2.51-2.590.8710.4613.844932111211030.52299.2
2.59-2.690.9150.3564.774923112211120.40499.1
2.69-2.790.9390.2855.914888108210650.32198.4
2.79-2.90.9640.2067.644420101510000.23498.5
2.9-3.030.9690.1758.81436610169960.298
3.03-3.180.9740.13811.9142189239160.15899.2
3.18-3.350.9850.10614.4541689099080.1299.9
3.35-3.550.990.08117.4636548408340.09299.3
3.55-3.80.9940.06620.2336368158010.07698.3
3.8-4.10.9950.05821.7832307557430.06698.4
4.1-4.490.9960.04824.2828276996830.05597.7
4.49-5.030.9960.04924.8126936386330.05699.2
5.03-5.80.9970.0522.4823565695600.05798.4
5.8-7.110.9960.05123.4820244764680.05798.3
7.11-10.050.9980.03927.4715293813640.04495.5
10.050.9980.03528.248402332010.03986.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.4 Å36.81 Å
Translation6.4 Å36.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X0X

4x0x


解像度: 2.25→104 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2122 / WRfactor Rwork: 0.1927 / FOM work R set: 0.8058 / SU B: 14.934 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3025 / SU Rfree: 0.2022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 962 5.6 %RANDOM
Rwork0.2095 16096 --
obs0.2104 16096 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.87 Å2 / Biso mean: 40.799 Å2 / Biso min: 17.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 0 60 2436
Biso mean---38.13 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9333351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7235257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6745310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.29623.884121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.05815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9273.2451231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9273.2441230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7044.8651538
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.309 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 54 -
Rwork0.256 1100 -
obs--91.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5177 Å / Origin y: 121.1007 Å / Origin z: -35.7148 Å
111213212223313233
T0.0615 Å20.0022 Å20.0178 Å2-0.0637 Å2-0.0249 Å2--0.0332 Å2
L0.5903 °20.4783 °2-0.1123 °2-0.6289 °20.0719 °2--0.5138 °2
S0.0908 Å °-0.0427 Å °0.0672 Å °-0.0302 Å °-0.022 Å °0.0229 Å °-0.0897 Å °-0.0537 Å °-0.0688 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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